琉球群島歷史上曾有琉球國等國家，琉球群島的特殊地理位置使其成為東北亞和東南亞鄰近國家的貿易樞杻。古琉球國與明、清及古代日本均有朝貢關係。17世紀末期，琉球國被位於日本九州島南部的薩摩藩侵略，失去奄美群島之領土。日本明治維新之後，1871年將琉球國編入日本的令制國，次年改設為琉球藩，正式納入日本版圖。1879年琉球藩被廢除，奄美群島除外的其餘島嶼群均納入沖繩縣管轄，奄美群島則分屬鹿兒島縣轄下。
太平洋戰爭期間，琉球群島為交戰雙方重要的軍事據點，1945年發生沖繩島戰役。之後美國治理琉球時期，美軍最高治理機構名為琉球列島美國民政府，管轄的範圍包括奄美群島（1945年至1953年），沖繩群島、宮古群島和八重山群島（1945年至1972年）。
琉球國時期
琉球群島原本是中國的屬地。中國史書最早把這裡稱為流虯，意思是該群島漂浮於大海之上，有如虯龍。按漢語“琉”的意思是“石之有光者”，而“球”的意思是磨圓的美玉，琉球即指這一串島嶼宛如發光的美玉。
1372年，明太祖朱元璋時期，琉球成為中國的藩屬，後來歷代琉球王都由中國中央政府冊封任命。
日本帝國時期
日本明治維新後，日本出兵佔領琉球群島，於1871年先強制“冊封”琉球國王為藩王（當時琉球國尚屬清日兩國的附屬國），使琉球成為日本的令制國，1872年改置琉球藩，1879年琉球藩被廢除，3月先編入鹿兒島縣，4月又改置沖繩縣，原琉球藩奄美群島除外的其餘島嶼群均納入沖繩縣管轄，奄美群島則分屬鹿兒島縣轄下。清政府雖對此於1877年至1880年提出交涉，但隨著清朝國勢的衰弱而無疾而終。這段日本琉球合併的歷史被稱為“琉球處分”。
美國治理時期
第二次世界大戰太平洋戰爭期間，琉球群島為交戰雙方重要的軍事據點。1945年發生沖繩島戰役，美軍登陸沖繩本島，4月成立美國海軍政府，管轄的範圍包括奄美群島（1945年至1953年），沖繩群島、宮古群島和八重山群島（1945年至1972年）。1946年7月轉為美國陸軍政府管轄，1950年12月改組為琉球列島美國民政府。美國治理琉球時期，曾在琉球群島設立奄美群島政府、沖繩群島政府、宮古群島政府、八重山群島，後來1952年4月改為地方廳，由琉球群島美國民政府設立的琉球政府管轄。
戰後，根據《波茨坦公告》第8條的補充規定：“開羅宣言之條件必將實施，而日本之主權必將限於本州，北海道，九州，四國及吾人所決定其他小島之內。”，但未明確哪些小島；1947年4月，聯合國依照《關於前日本委任統治島嶼的協定》，把琉球群島和釣魚臺列嶼（釣魚臺列嶼在日本和美國被認為是琉球群島的一部分）交給美國託管。
日本時期
美國在1952年代表同盟國與日本簽定《舊金山和約》 ，確定日本擁有琉球群島主權，但中國政府聲明，“舊金山對日和約由於沒有中華人民共和國參加準備、擬製和簽訂，中央人民政府認為是非法的，無效的，因而是絕對不能承認的。”
美國在1953年與1972年先後將奄美群島與沖繩群島主權移交日本，直至今日。琉球群島分屬日本國的鹿兒島縣轄下與沖繩縣全縣：北部的奄美群島成為鹿兒島縣的一部分，而餘下的群島均隸屬於沖繩縣。
琉球是美軍在太平洋重要的基地，扼中國東海與西太平洋之"咽喉"，駐紮了美軍海陸空和海軍陸戰隊四大軍種，大約2萬名士兵，佔駐日美軍數量的三分之二。自二戰以來，駐琉球基地一直為美軍"太平洋的基石"與"亞洲的戰略樞紐。琉球的軍事基地群，其面臨東亞大陸，背靠廣闊西太平洋，既可支援陸地作戰，又可馳援海上作戰需求，戰略位置十分重要。是封鎖中國的第一島鏈重要主成部分。
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