在前一天的文章中提到拿破崙在意北的大勝，讓奧地利不得不簽訂了和約，其中撒丁王國的皮埃蒙特平原成了法國的一個行政區，倫巴第及其毗連的幾個公爵領地構成了一個臣屬於法國的西沙爾平共和國。萊因河以西的奧屬尼德蘭也歸於法國，因此拿破崙的聲望在法國國內大漲，而督政府不願意看到一個軍事強人入主政權，因此為這位青年常勝將軍找到了一個新差使，即征討剩下的唯一勁敵英國。
1797年10月27日，法奧和約簽訂後的第十天，拿破崙被任命為新的英吉利軍團司令，準備組建軍隊進攻英國。1798年2月，拿破崙通過巡視英吉利海峽的幾個港口和分析了法國海軍的能力之後，作出了無法遠征英國的報告。而在3月，拿破崙與塔列朗曾討論出兵遠征馬耳他和埃及的計劃，因為這樣可以切斷英國與其屬地印度之間的交通線。所以在4月報告督政府之後，拿破崙於4月21日開始密秘組建遠征東方的東方軍團。
東方軍團組建工作進展的很快，5月9日，拿破崙由巴黎到達土倫，檢查三萬七千官兵登船的最後準備工作。在登船前夕，拿破崙在次向部隊發表套路般的動人心絃的演說，答應在他們回國時每人分給六英畝土地。
這次遠征的保密工作做得很好，僅有少數幾位高級軍官知道他們正駛往埃及。直到最後一刻官方還宣稱這是駛往熱那亞的軍團，其航行的消息直到兩週後才被英國人知曉。但是在西地中海的英國納爾遜艦隊還是比較警惕，納爾遜率領軍艦開始追擊海軍。
6月9日，拿破崙平安抵達馬耳他島。登陸部隊在該島分數處上岸，並立即圍攻設防的瓦萊塔港。馬耳他的騎士團只作了象徵性的抵抗便於6月12日上午三時放棄了這座堅不可摧的要塞。在其後六天裡，拿破崙極為繁忙，他視該島為法國的一個屬國，重整那裡的政府和經濟。他留下沃布瓦將軍的四千法軍鎮守馬耳他，並於6月19日繼續航行。6月30日，拿破崙抵達埃及水域。
當遠征船隊駛近埃及海岸時，拿破崙派了一艘快速帆船先行，以偵察亞歷山大港。這艘快速帆船於6月29日駛抵該港，找到了法國領事馬戛龍，並於次日把他帶回旗艦。從這位領事的口中，拿破崙得知納爾遜的一艘艦船在兩天前曾到過亞歷山大。拿破崙聽說納爾遜的艦隊就在附近遊弋，心中十分不安，便決定立即在港西的開闊灘頭登陸。軍中的布律埃斯將軍力勸他不要這樣做，因為岸邊水淺，運輸船隻能在離岸三英里遠的水面拋錨而當時又正颳著北風。他指出在亞歷山大港以東十四英里處的阿布基爾灣有一個隱蔽的錨地和灘頭，是一個合適得多的登陸地點。然而拿破崙擔心英國艦隊會隨時來襲，便拒絕了這位海軍將領的忠告，並堅持立即在小漁村馬拉布特附近登陸。7月1日中午，儘管颳著北風，部隊還是開始在馬拉布特登陸。其中首先登岸的三個師立即向亞歷山大前進，結果只遇到了微弱、零星的抵抗。中午時分，法軍以傷亡三百人的代價佔領了亞歷山大，不過其中兩位師長也負了傷。
進入亞歷山大的拿破崙在次做起了宣傳工作，這次沒有用演講而是用了阿拉伯文告示向當地的居民作了宣告。聲稱法國人不是來打埃及人，而只是打擊壓迫他們的馬穆魯克統治者。最能忽悠人的是他還宣稱法國人是真穆斯林，並早已廢黜了“經常挑唆基督徒與穆斯林打仗”的教皇。因此，他要求所有真正的埃及人應幫助法國人驅逐馬穆魯克。但是這次的宣傳戰的效果如何下文我會在介紹。
6天之後，所有的部隊和物資都上岸了。克萊貝爾率二千人留守亞歷山大並任總督，梅努受命佔領羅塞塔（今拉希德）後也留任總督。拿破崙則率德塞、雷尼埃、邦和維埃的四個師抄近路，穿沙漠，經達曼胡爾向尼羅河上的拉曼尼亞進軍。
從亞歷山大出發的主力部隊走的全是陸路，又因為法軍沒有給部隊提供熱帶服裝和水壺。部隊乾渴難熬，跟不上大部隊的士兵都會遭到貝督因人的凌辱和肢解。因此部隊不敢歇息一氣一直走到尼羅河邊，在那裡又因暴食西瓜而普遍腹瀉。法軍部隊士氣低落，而師長們也紛紛在拿破崙面前叫苦不迭。在拉馬尼亞與延尼羅河進軍的杜高師會合後，準備向開羅進軍。7月12日，法軍抵達舒卜拉基特。此時，馬穆魯克的騎兵約一萬多人也作好了戰鬥準備，但是馬穆魯克的騎兵衝鋒遭到了滑膛槍和霰彈的迎頭痛擊。拿破崙立即乘勝追擊潰退之敵，7月20日傍晚，法軍抵達離開羅只有12英里遠的尼羅河分叉處。而馬穆魯克組織了三個集團軍，分別是穆拉德在左岸的因巴拜，而易卜拉欣則在右岸的布拉克，中路還有一支馬穆魯克的武裝船隊守衛在河上。
法軍於21日凌晨2時開始進發，大約到下午2時，就碰上了在因巴拜掘壕據守的穆拉德軍，在進攻中穆拉德軍損失了八百多人，最後穆拉德軍向尼羅河上游退去，而易卜拉欣則率右岸的部隊朝東北方向的西奈沙漠逃去。
但是7月31日，留在亞歷山大的法國艦隊被英國納爾遜的艦隊發現，經過一天多的戰鬥，法國艦隊司令布律埃斯將軍戰死，此時的局勢頗像第七次十字軍東征時的情景，法軍因為亞歷山大的海軍被消滅與國內的聯繫被英國切斷，而馬穆魯克人的主力並未被消滅，易卜拉欣已越過西奈半島退往巴勒斯坦，而穆拉德則往南退到了上埃及據守。此時更壞的消息傳來，土耳其在9月2日向法國宣戰。而拿破崙對壞的局勢視而不見，仍然分兵沿尼羅河追擊穆拉德。
來到1798年的12月，奧斯曼帝國的敘利亞地區的總督傑查在阿克附近集結一支土耳其軍隊準備入侵埃及。拿破崙決定先發制人。他計劃進軍阿克，擊敗傑查，然後率領新召募的五萬大軍(包括少量法國人，阿拉伯人和努比亞人)逼迫蘇丹言和，打破局面。次年2月，五萬軍隊從開羅出發向阿克進軍。2月24日攻陷加沙，3月3日攻陷雅法，3月10日到達了阿克港外。但是法軍運送攻城重炮的船隻被英國海軍俘獲。導致在拿破崙攻城時不僅沒有用上這些重炮，反倒遭到了這些重炮的轟擊，因為它們被英軍轉給了守城的土耳其軍。經過一個多月的圍攻戰，法軍未能攻破阿克港，5月10日，拿破崙終於決定放棄圍城。
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