北京大学创办于1898年，初名京师大学堂。尽管她诞生在中国最后一个封建王朝风雨飘摇的末期，但京师大学堂一开始就是改革维新、兴学图强的产物。1895年，中国在甲午战争中失败后，为了救亡图存，康有为、梁启超、谭嗣同等发起变法维新的改良运动，特别提出维新变法须从废科举、兴学校开始。1896年6月，刑部左侍郎李端在给清政府的奏折中，第一次正式提出在京师设立大学堂。1898年6月，光绪皇帝下《明定国是诏》，宣布变法，诏书中强调京师大学堂“尤应首先举办”。于是由梁启超草拟了京师大学堂章程，规定了“中学为体，西学为用，中西并用，观其会通”的办学方针，还规定“各省学堂皆归大学堂统辖”。这样，京师大学堂不仅是全国的最高学府，而且是全国最高教育行政机关。光绪派吏部尚书孙家鼐为管理大学堂事务大臣。京师大学堂是中国近代第一所国立综合性大学，是中国现代高等教育全面兴起的标志。虽然戊戌变法运动很快失败，所有新政措施几乎全部被废除，但京师大学堂却成为仅存的变法成果得以保留，并于1898年12月正式开学，当时有学生近百人。
1900年，八国联军侵占北京，京师大学堂遭到破坏，一度停办。1902年恢复后，设速成、预备两科。速成科分仕学、师范两馆，预备科分政、艺两科。1903年，增设医学馆、译学馆和进士馆，同时办分科大学，设有经、法、文、格致（理科）、农、工、商、医八科。
辛亥革命推翻了清王朝的统治。1912年5月，京师大学堂改名为北京大学，严复为北京大学第一任校长。
1917年1月，著名学者、教育家、民主主义革命家蔡元培被任命为北京大学校长，这是一项对北大有至关重要影响的任命。蔡元培一上任就开始对北京大学进行整顿和改革，他延聘陈独秀担任文科学长，李大钊为图书馆主任，鲁迅、胡适等一大批国内一流学者先后来北大任教，毛泽东也曾在北大图书馆任职。这一时期是北大历史上非常辉煌的时期，也是当时中国进步运动和革命运动的一个中心。当时的北京大学不仅成为中国新文化运动的中心，也是伟大的“五四”爱国运动的策源地，是在中国传播马克思主义和民主、科学思想的最初基地。中国共产党在北方的第一个支部是在北大建立的，参加中共一大的13位代表中有5位是曾在北大学习或任职过的。可以说在中国近现代没有任何一所学校像北京大学那样对历史进程产生过重要影响，为中国的革命和进步事业做出了重大的贡献。
1927年，奉系军阀统治北京时，悍然决定取消北京大学，将北京的国立9所学校合并，成立所谓京师大学校。国民党新军阀统治后，又将京师大学校改为中华大学，不久又改为北平大学。由于北大师生的强烈反对，1929年8月，恢复了北京大学。抗日战争爆发后，北京大学师生辗转南下，与清华大学、南开大学共同组成长沙临时大学。1938年4月，又由长沙迁到昆明，将校名改为国立西南联合大学，设立文、理、工、法、师范5个学院26个学系。在抗日战争的艰苦环境下，西南联大仍继续坚持着教育、科学、文化事业，每年在校学生一般保持在3000人左右。抗日战争胜利后，西南联合大学于1946年5月宣告结束，北京大学在北平复校，同年10月正式开学。当时北京大学设有文、理、法、医、农、工6个学院和一个文科研究所，学生总数为3400多人。
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