團藏是猿飛日斬的勁敵，爭奪第三代火影的位置，但敗給了猿飛日斬。他非常具有軍國主義和邏輯性，認為情感具有破壞性。他為火影提供建議。他創建了一個名為根的暗部，他把孤兒變成了無情的機器。
在第二次忍界大戰期間，木葉和其他忍者村莊之間的戰爭彙集在雨隱村，領導者是山椒魚半藏。半藏和團藏達成協議，半藏將幫助團藏成為火影，而團藏將幫助半藏鞏固雨隱村的領導。
在九尾襲擊了木葉之後，宇智波一族被追究責任，導致宇智波一族領袖宇智波富嶽的叛亂。三代火影和宇智波富嶽談判但無法達成協議。團藏和其他長老擔心會發生叛亂，認為這會削弱木葉並導致另一場戰爭，所以他們反對三代火影的意思，並讓宇智波鼬消滅宇智波一族。然而，鼬不能殺死他的弟弟佐助，並請求三代火影照顧他，同時威脅團藏，如果佐助發生任何事情，他會向其他忍者村透露木葉的秘密。
當佩恩入侵木葉時，綱手下令讓鳴人從妙木山回來，但團藏秘密地試圖阻止這種情況發生，讓佩恩無法得到鳴人。鳴人最終返回木葉並擊敗了佩恩，但是綱手陷入昏迷，試圖保護村民並治癒他們。團藏在火之國會議中指責綱手不能履行職責，應選擇下一任火影，團藏表示自己才是是最理想的人選，最終成為“第六代火影”。在五影峰會期間，團藏提出了這樣一個事實，即死亡的斑可能是曉的領導者，曉可能起源於霧隱村。團藏說出自己像效仿初代火影統一忍者世界，並且會不惜代價完成這個目的，這樣忍者世界才能實現真正的和平。
佐助因為宇智波帶土而知道鼬的真相，打算殺死團藏，並潛入五影會談的現場刺殺團藏。佐助被在場的忍者和武士阻止，團藏趁機逃跑。佐助被宇智波帶土救走，之後和帶土一起追上團藏。團藏利用之前獲得的寫輪眼施展伊邪那岐，讓佐助的攻擊無效，最後佐助用寫輪眼破解了團藏的伊邪那岐，團藏身受重傷，為了保存實力而挾持了香磷打算逃跑，但只想復仇的佐助完全不在乎香磷的性命，用雷切將團藏和香磷一起貫穿。團藏死之前發動四象封印術打算與佐助、帶土同歸於盡，最終失敗。
你是沐浴陽光的木葉，我是深埋地下的根。
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