给虾池进行消毒、底改是小龙虾养殖过程中必须要经常进行的一个事情，目的是为了维持水体的状态良好，让小龙虾能够在一个好的生态环境下生长，从而获得更高的产量。
通常，池塘底改都是在消毒杀菌之后进行的。因为杀菌消毒时会将池塘中的病菌等微生物杀灭掉，所以后面进行底改就是促进之前池塘底部沉积的有机质进行分解，同时将杀菌消毒时杀灭的有机微生物等一并加速分解掉。
在虾池使用的底改剂有化学药剂，也有生物制剂的。底改剂不同于消毒剂，消毒剂能够将池塘中的病菌、细菌等杀灭，同时也可以将有益菌给杀灭掉，而底改剂是促进有机质分解，净化水质，增加水体溶氧的。所以，使用底改剂并不会对水中的藻类、有益菌类造成伤害。这也就谈不上使用底改剂需要补充藻类、菌类一说。
不过，由于经过杀菌消毒，池塘中的有益菌同样的被杀灭掉，为了培养池塘中有益菌群体，在杀菌消毒后投放有益菌倒是很有必要的。最为经典的做法就是杀菌消毒后使用EM菌泼洒水面，这样既可以起到底改作用，又能够起到补充有益菌的作用。
对于是否需要补充藻类，一般自然水域中都会含有充足的藻类，换水后池塘中藻类可以通过肥水重新繁殖起来。除非池塘、外河水域藻种特别少，这时候就需要通过泼洒藻种来补藻了。
所以，在池塘底改后，补藻应当根据池塘情况进行，一般情况下补藻是不需要的。不过补菌倒是很有必要，这样可以让池塘中有益菌群体始终处于一个优势群体，这样有利于池塘水体的质量调节。
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