1923年，厦门大学美籍生物学教授莱德在厦门同安刘五店海域发现文昌鱼，从此这“奇妙的生灵”开始闻名于世并成了厦门近百年来的生物学名片。迄今为止世界上惟有中国厦门市的刘五店形成文昌鱼渔场。刘五店海域自上世纪30年代就是世界海洋生物学家们研究文昌鱼的基地。
事实上文昌鱼不是鱼，只是外形像小鱼，是比鱼类低等的动物，属于古老的脊索动物。文昌鱼已经在地球上存在了5亿年之久，被称为“鱼类的祖先”。其大部分特征类似无脊椎动物，所不同的是文昌鱼的背部存在脊索，但历经亿万年之久仍然没有升级为脊椎。文昌鱼的脊索被视为无脊椎动物向脊椎动物进化的证据，一直是生物演化领域的明星物种。1874年，德国著名生物学家恩斯特·海克尔在《人类进化》一书中提出，文昌鱼是最接近脊椎动物的无脊椎动物，是脊椎动物的祖先；因为缺乏骨骼，已灭绝的无脊椎动物都没有留下化石，所以“活化石”文昌鱼非常珍贵，他力劝读者“怀着特别敬重之情”看待文昌鱼。
文昌鱼没头没脑，没心没肺，没有耳眼鼻，也没有鳍鳞和脊椎，皮肤仅由一层单细胞构成，但腹部大动脉十分强劲具有搏动的功能，靠一条动脉取代了心脏
厦门刘五店有个名叫鳄鱼屿的无人岛，附近海域早年海底是一片浅沙滩，沙粒间生长着一种半透明的小鱼，两头尖细，当地人称“扁担鱼”，即是在学术界大名鼎鼎的文昌鱼。在莱德发现之前，刘五店渔民捕捞文昌鱼已经有300余年历史了。文昌鱼有点像银鱼，体长从2厘米到5厘米不等，差不多1万条才凑成一公斤。从前，刘五店人摇着小船，用铁铲从海底捞起一堆沙，倒在漂浮于水面的木板上，再舀海水冲走沙子，留下细细小小的文昌鱼，然后用煮酱油水或炒蛋下饭，一点不觉得稀奇。上世纪50年代，在夏季经常可见渔民挑担叫卖文昌鱼，每斤几毛钱，在厦门的传统名贵鱼类里，虾米般的文昌鱼根本排不上号。20世纪50年代刘五店最高年产量仍达45吨。当时，市政府将文昌鱼作为厦门的标志，批准为市鱼。1955年高集、集杏海堤建成后，造成这个海区纳潮量显著减少，出现淤泥沉积，破坏文昌鱼栖息所必须的底质条件，致使文昌鱼迁移和死亡。另外，由于沿岸农药与工厂废水的污染，改变了这一区域海水的水质，这个渔场就这样消失了。1991年厦门市设立了总面积65平方公里的文昌鱼自然保护区，文昌鱼已被定为国家二级保护动物。
厦门唯一有淡水的无人岛就是面积仅0.8平方公里的鳄鱼屿，它曾因文昌鱼名闻遐迩
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