1559年，隨著錫塔瓦卡軍隊圍攻科特城失敗，整個斯里蘭卡島的局勢出現了逆轉傾向。原本只能在沿海佔據小塊土地的葡萄牙殖民者，開始施行他們隱忍已久的進攻內陸計劃。但內陸的僧伽羅人，最終在穆勒利亞瓦獲得了久違的勝利。
臨陣換將
科特城戰役後 果阿當局派來的新的長官
儘管葡萄牙人在科特之戰中損失不小，但他們認為不能錯失消滅對手主力的機會。尤其是在原長官阿方索遭遇慢性病和戰傷的折磨後，果阿當局派來了作為接替者的若昂-德梅內塞斯。他手頭的兵力並不比前任充裕，卻有著遠遠超出資源和能力的野心。
若昂剛剛抵達錫蘭，就宣佈自己將消滅島上所有的敵人。但放在當時的環境下，敵人其實就前一年殺來的錫塔瓦卡王國。根據傳統的封建動員習慣，他們的大部分軍隊會在戰爭結束後解散，並獲得很長時間來休養生息。如果葡萄牙人能夠進行釜底抽薪式的斬首，直接端掉對手中樞，就可能直接瓦解聯盟。幸運的話，他們甚至可以取而代之，成為一大片土地的新領主。
葡萄牙人決定沿著內流向內陸挺進
因此在1559年5月，約300人的葡萄牙守備隊開始向東挺進。隨行的除了僕役苦力外，還有超過1000人的拉斯卡林土兵。他們依然沒有什麼騎兵，主要以船隻為代步工具，順著克拉尼河前進。首要目標，便是位於河岸以北的交通要道--馬皮蒂伽瑪。那裡是沿海地區進入內陸的要衝，也是必須建立堡壘的地方。
錫塔瓦卡人很快就差距了敵軍入侵。國王馬亞多內便派遣善戰的兒子拉賈尼納，將原本已經分散到各地村舍裡的民兵集合起來。同時抵達的還有各類地方武士和裝備近代槍炮的皇家軍隊。他們不僅以船隻和騾馬運輸補給，還大量部署的印度象分隊，在託運重物之餘也負擔作戰任務。至於一直監視對手的斥候，則被要求將葡萄牙人吸引在河的南岸。
善戰的拉賈尼納王子
危險的冒進
各級武士是錫蘭當地武裝力量的核心
此時，若昂急切的想要抓住對手。在他親自率領下，葡萄牙分隊衝在全軍的最前面，很快抓住了來不及撤走的一支僧伽羅人部隊。在後者來不及轉身備戰時，他們就釋放排槍，成功將之擊潰。接著，又尾隨僧伽羅人衝進了克拉尼河南面的一個小型寨子。激戰中，葡萄牙人和他們的僕從一起打死了300名敵軍。
由於感覺勝利在望，大部分人的都對集結展開的更大規模攻勢抱有信心。但在不久後，他們發現有更多僧伽羅人出現在附近。這些人在夜裡偷偷完成行軍，經過短暫的休息就開始朝著目標明顯的入侵者射擊。若昂連忙集合所有人佈陣，並且又與僧伽羅士兵發生了短促的遭遇戰。在200人陣亡後，錫塔瓦卡國王的軍隊再度潰散。若昂顧不得原來的戰略目標，帶著所有人拼命追趕，希望找到並消滅僧伽羅軍隊的主力。
進攻設防村寨的葡萄牙士兵
最終，葡萄牙人和拉斯卡林土兵在一個狹窄的隘口前停下了腳步。守軍已經在那裡構築了堅固工事，並部署了火槍、大炮和更多弓箭手。葡萄牙士兵繼續作為先鋒，強攻敵軍陣地。但在的狹窄的戰場內，他們還是被密集火力所壓制。更為致命的一點，在於他們消耗了手裡的大部分彈藥。當麾下軍官向若昂詢問是否還有多餘火藥時，這位倔強的統帥只能做出如下回應：如果開不了槍，就用劍解決戰鬥！勇敢的葡萄牙人只要有釘子和牙齒，就不需要其他武器幫忙！
然而，軍中的大部分人都拒絕再戰。若昂只能帶著他們向後稍稍撤退，在一個名為穆勒利亞瓦的村莊內休息。接下去的大規模戰役，也將以這個名字來命名。
準備出征的僧伽羅人武士
僧伽羅人的強勢反擊
穆勒利亞瓦戰役中的兩軍佈陣
在確定葡萄牙人和拉斯卡林土兵都停留在村莊後，拉賈尼納王子將全部人馬結合起來，浩浩蕩蕩的壓向穆勒利亞瓦村。其總數接近萬人，且在各類武器裝備數量上都具有壓倒性優勢。若昂麾下的1000多部隊，只能一字排開應對，儘量保持戰線與對手的正面寬度持平。
拉賈尼納首先將1000名精銳的錫塔瓦卡武士部署在全軍中央，兩邊還簇擁著眾多來自不同封地的民兵部隊。他們的前面是火繩槍手與小型火炮，兩翼還有戰象和精銳的劍盾武士。自己則與騎兵、大象和餘下武士一起，成為全軍的總預備隊。他還下令所有分隊要同時行動，不給葡萄牙火槍手以足夠的填裝彈藥時間，逼迫對手和自己進行消耗巨大的肉搏戰。
協同衝鋒的戰象與僧伽羅步兵
很快在戰役爆發後，僧伽羅人的戰象便衝向了缺乏火力的葡萄牙步兵。後者為了避開巨獸衝撞，只能讓組成方陣的士兵疏散開來。但大量的僧伽羅士兵又隨即殺到，使用長矛、盾牌和砍刀與他們展開血戰。結果，葡萄牙人只進行了一輪射擊，就被迫用火器作為棍棒肉搏。因為敵人的緊密配合，他們實際上連立刻拔出佩劍的時間都沒有。只有少量的重裝部隊，可以揮舞短矛或戟迎戰。甚至還有旗手，直接用帶有槍頭的旗杆做武器，刺向僧伽羅人的象夫。
由於葡萄牙人的抵抗異常激烈，拉賈尼納王子需要不停騎馬在陣間穿梭，鼓勵將士們不要退縮。同時，兩翼的包抄部隊也用大象作為嚮導，成功將拉斯卡林土兵的陣地壓縮。幾位指揮僕從軍的本地軍官，也在激戰中被打死。僧伽羅人至此，將千名敵軍團團圍住。
葡萄牙人被戰象和步兵衝亂了隊形
發現局勢不利的若昂，很快率部打出了一個缺口。但在葡萄牙人能夠鑽入靠近河岸的密林前，拉賈尼納王子的騎兵和步行武士已趕了過來，將這個缺口堵住。 慌亂中，1名葡萄牙炮兵用剩餘不多的火藥，最後用小型鷹炮發射了1枚葡萄彈。聚成一團的僧伽羅人被射倒一片，其他人也下意識的分散站位，防止自己被下一次射擊所傷及。
葡萄牙人和他們的盟友們，抓住這個短暫的窗口期，朝著河岸發起絕命突擊。他們擊破了較為薄弱的後方敵軍，全體鑽入密林。在身後追兵與兩側伏擊者的槍炮射擊中，不少人應聲倒地。倖存者也顧不得幫助同伴，徑直跳上船隻。隨後再順著河流撤退到前一天佔據的村寨中躲避。
在密林附近不斷狙擊的僧伽羅槍手和炮兵
斯里蘭卡的歷史時刻
穆勒利亞瓦戰役是僧伽羅人對葡萄牙的關鍵性勝利
隨著穆勒利亞瓦戰役的結束，僧伽羅人收穫了他們面對葡萄牙勢力以來的首場大勝。儘管死傷人數過千，但他們也殺傷了總計50名葡萄牙士兵和近千人的拉斯卡林土兵。對於人力資源極度匱乏的殖民者來說，這樣的損失可謂重大災難。
更重要的是，錫塔瓦卡王國為自己贏得了善戰之名。這對於號召更多勢力加入，具有很大幫助。拉賈尼納王子也一躍成為全島知名的武士，並最終成長為僧伽羅人歷史上的著名君主。他利用在穆勒利亞瓦的勝利，又接連發動了一系列攻勢。最終迫使葡萄人主動放棄了需要重兵把守的科特城，甘願蝸居在海邊的科倫坡要塞。自己的軍隊也有足夠時間，引進更多槍炮和技術人員。
儘管僧伽羅人與葡萄牙印度總督區的戰爭，還要再持續一個世紀，但穆勒利亞瓦戰役可謂是至關重要的轉折點。
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