中藥組方原則最早源於《內經》，《素問-至真要大論》記載：“主病之謂君，佐君之謂臣，應臣之謂使。”元代李杲在《脾胃論》中再次申明：“君藥分量最多，臣藥次之，使藥又次之。不可令臣過於君，君臣有序，相與宣攝，則可以御邪除病矣。”藥中有君、臣、佐、使，彼此相互配合、制約。一般的配置是君藥一味、臣藥兩味、佐藥三味、使藥五味，也可以君藥一味、臣藥三味、佐使藥九味。
中草藥上、中、下三品共計三百六十五種，法三百六十五度，一度應一日，以成一年。把此數翻倍，合七百三十種。上藥一百二十種為君，主養命以順應上天，無毒，長期服用不傷人。想要輕身益氣、延年益壽者以上經為本。中藥一百二十種為臣，主養性以順應人事，有的無毒，有的有毒，須斟酌服用。想要遏病、滋補，虛弱者以中經為本。下藥一百二十五種，為佐、使，主治病以順應土地，大多有毒，不能長期服用。想要除寒熱邪氣、破積聚療疾病者以下經為本。
藥有陰陽相配、母子兄弟，根、莖、花、實、苗、皮、骨、肉。不同藥物之間，藥性不同，有單行的、相須的、相使的、相畏的、相惡的、相反的、相殺的。醫師對這七種情形，要從藥性方面來觀察。要用藥性相須、相使的，不要用藥性相惡、相反的。如果藥物有毒但能相互制約，可以用相畏、相殺的；否則不能合用。
《本草綱目》記載，藥有七情：獨行的，指的是單方，不需輔藥；相須的，指藥物藥性相同，配合使用，不可分離，如人參、甘草，黃檗、知母等；相使的，指主藥的佐使；相惡的，指藥物奪取彼此藥效；相畏的，指藥物彼此制約；相反的，指藥物不相合；相殺的，指藥物制約彼此的毒性。藥物有酸、鹹、甘、苦、辛五味，還有寒、熱、溫、涼四氣以及有毒無毒。藥物陰乾、曝幹，採收、炮製的時間，生熟，出於何種土壤，藥物的真、偽、陳、新，都各有方法。藥性有適宜制丸的，有適宜制散的，有適宜水煎煮的，有適宜用酒浸泡的。凡此種種，都要順從藥性，不能違反逾越。
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