商品有機肥和糞肥不一樣，商品有機肥和糞肥同樣能夠補充有機質，促進團粒結構的形成。但從綠色健康可持續發展方面來講，商品有機肥更有優勢。這是因為商品有機肥與糞肥有很多不同之處。

一、商品有機肥比糞肥“無害”。

兩種肥料的區別重點在於“腐熟”和“無害”。與商品有機肥相比，糞肥存在許多缺陷，如：

一、含鹽分較多，容易使土壤鹽化。

二、糞肥帶有大量的病菌、蟲卵，最易引發棚室內的病蟲害；

三、糞肥養分含量不穩定，不能做到合理補肥。

四、糞肥內若含有害物質、重金屬物質時，僅憑藉高溫發酵不能去除。

畜禽糞便對土壤既有有利的一面，也有不利的一面，兩個方面在一定條件下能夠相互轉化。

畜禽糞便的有利一面在於：能夠作為肥料施用於農田培肥土壤；經常施用糞肥也能提高土壤抗風化和水侵蝕的能力，改變土壤的通氣和耕作條件，增加土壤有機質和有益微生物的生長。

不利的方面在於：過度使用未經無害化處理的糞便會危害農作物、土壤、地表水和地下水水質。在某些情況下(通常是新鮮糞便)有燒苗現象；大量使用糞便也能引起土壤中溶解鹽的積累，使土壤鹽分增高，植物生長受影響。據報道，1999年在非洲有31%的牧場因畜禽糞便汙染導致土壤發生鹽漬化，土壤肥力下降。

二、商品有機肥改良土壤效果更迅速。

若是土壤出現了不良狀況，使用商品有機肥改良比糞肥更加快速。這是因為商品有機肥具有潔淨性和完熟性兩大特點。商品有機肥在製作過程中不僅進行高溫殺菌殺蟲，通過微生物完全發酵，並且很好地控制氧氣和發酵溫度，使有機物質充分分解成為直接形成團粒結構的腐殖質等，同時產生的氨基酸和有益代謝產物得以保留。使用後不會產生對蔬菜有影響的物質。

三、商品有機肥的養分配比更合理。

商品有機肥中的各類養分是可調整的，可以針對不同的土壤狀況使用不同養分含量的產品。

棚室土壤改良選擇什麼樣的商品有機肥？商品有機肥的品種很多，而用於製作商品有機肥的原料更多，因此在改良土壤的時候也應選擇合適的商品有機肥。那麼哪些原料可用於製造商品有機肥呢？

一、自然界有機物，如森林枯枝落葉。

二、農作物或廢棄物，如綠肥、作物秸稈、豆粕、棉粕、食用菌菌渣。

三、畜禽糞便，如雞鴨糞、豬糞、牛羊馬糞、兔糞等。

四、工業廢棄物，如酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、味精發酵氨基酸尾液。經過無害化處理以後，這些原料生產的商品有機肥都可以用於棚室蔬菜生產。

而商品有機肥根據功能不同又分為很多種類，在補充有機質的基礎上添加大中微量元素、甲殼素、生物菌等等不同的功能物質，使得商品有機肥的效果又大大提升。

在這裡分析兩類：

一是含有甲殼素的有機肥。甲殼素的功能很多，很多農民也學會了使用甲殼素來生根養根，同時對於有根結線蟲的土壤，可使用甲殼素與阿維菌素配合防治。在有機肥中添加了甲殼素，在改良土壤的同時可利用甲殼素抑制黴菌等有害菌的滋生，提高放線菌等有益菌數量的特點減少土傳病害的發生。當蔬菜定植後，甲殼素養根護根的作用也可充分發揮出來，真正達到改土防病養根護根的效果。

二是含有生物菌的有機肥。生物菌與有機肥配合使用，能更快更好地改良土壤，主要有兩大特點：

1、富含有益微生物菌群，環境適應性強，易發揮出種群優勢。

2、富含生理活性物質，如吲哚乙酸、赤黴素、多種維生素及氨基酸、核酸、生長素等。