當時朝政被東廠太監總管曹正淳所把持，曹正淳自恃掌管東廠，權傾朝野，結黨營私，勾結貪官，無惡不作，因此與神侯誓不兩立，時刻找機會剷除護龍山莊。神侯則矢志要“清君側”，將他伏法以保社稷。
當時出雲國派一男一女高手來中土獻妃，其實背後另有陰謀，他們擄走太后，為難朝廷。而成是非也在因緣巧合之下，與皇帝御妹雲羅郡主合謀，由他假扮太后，智退出雲國高手。雲羅郡主與成是非也因此事成為愛侶，可是，成是非出身低微，要娶郡主，無疑是癩蝦蟆想食天鵝肉，受群臣反對。成是非憤而出走，懲貪官，殺汙吏，雲羅郡主亦為了忠於愛情而離宮找成是非，兩人攜手闖蕩江湖，樂也融融。
段天涯在東瀛學武時，本與柳生但馬守的女兒柳生雪姬相戀，卻遭但馬守大力反對，雪姬還為了救天涯而死於但馬守刀下。段天涯為此在她墳前立誓終生不娶！而當段天涯去雲國調查獻妃一案時，與但馬守狹路相逢，此刻仇人見面，但馬守自然不會放過這個機會，追殺段天涯，段天涯卻被柳生但馬守的小女兒柳生飄絮以肌膚之親的方式所救。然無獨有偶柳生飄絮當年雖年幼對姐姐所擁有的都無不向往，偷偷的也非常欣賞姊姊的愛人。表面上飄絮三番四次不惜與父親但馬守反目，拯救段天涯的性命。在責任面前段天涯難免將也因為她是雪姬的妹妹而接納了她。
很快便傳來柳生飄絮有子的消息，於是天涯辭官於妻室雙雙隱居於蛇島。途中一直對感情混沌不清的海棠終究明白了對天涯只是兄妹之情。黯然回京後卻因搭救成是非的事情，無意間發現歸海一刀對其早有愛意，於是感情再次混沌的上官海棠這次選擇了逃避。
於此同時，在上官海棠被神侯懷疑之時，刀棠兩人便暫時安身於一刀母親帶髮修行的居所。在一刀一再的追查下，某日的夜裡歸海一刀發現了其父親歸海百鍊成名的武功秘笈（雄霸天下）。練成此種魔刀之後，歸海一刀更加迫切的希望能找到殺父仇人，用父親的成名作來手仞真兇。只是窘於死無對證之時，神探張敬酒提供了一條有力的線索。
當年在辟邪山莊的店小二被找到了，雖然已經變成了瘋子卻一息記得那日夜裡歸海百鍊最後見到的人的名字。通過去瘋人山莊的經歷，事後歸海一刀一行了解那三人便是當年其父的拜把兄弟，麒麟子，劍驚風，了空和尚。但事有乞巧在海棠再三警告一刀未果的情況下，那三人卻陸續自殺在歸海一刀的面前，（麒麟子直接自殺。劍驚風在海棠一再袒護下雖一刀不再下手，卻因一刀依舊苦苦守候在天下第一莊門口而促使其自殺。麒麟子與劍驚風的自殺已剎是蹊蹺，歸海一刀卻仍舊執意要去了空那兒問個明白，怎知了空竟自願捱了歸海一刀的一刀死了，臨終前還勸誡其不要再殺生了）。
事有唐突歸海一刀百思不得其解，竟在一次無意間發現了殺父者乃自小將他撫養成人、愛他如命的孃親。歸海一刀如遭雷殛，他如何能報仇？再者，他即以練成“雄霸天下”刀法，自己也不慎如同歸海百鍊般走火入魔，甚至還學會了更為毒辣的招式阿鼻道三刀，魔性已不能遂心控制。在這種情況下為了壓制魔性一刀常常躲進深山，也為了防止自己會不慎殺害自己的孃親。
並且無獨有偶，東廠方面也因政權黨爭借一刀的事情來栽贓護龍山莊。一時之間彷彿所有的證據都直接指向了消失已久的歸海一刀。只是不巧的是在為了不再傷害海棠，歸海一刀早已將其右臂砍下，並且在了凡大師的點化下決心徹底清除魔性。 將閉館七七四十九天，海棠陪之。但因鐵膽神侯被人迫害，上官海棠終究先行離去。
回到護龍山莊後，恐怖的血案並沒有停止，甚至變本加厲，連國舅及文華閣大學士也被殺，深知歸海一刀武功已失的海棠極力向皇帝表示這絕對是有人故意佈局的陰謀，擺明是敵人有意嫁禍給一刀及護龍山莊。然原本笨笨傻傻的皇帝卻剎是變得深不可測，告誡海棠這一切不像她所的那麼簡單，只涉及東廠的人。在申訴未果的情況下，海棠眼睜睜的看著神侯被關進了天牢。於是天玄黃決心劫獄，卻見到神侯一副忠貞報國死不逃跑的樣子，反而差點被東廠的人給炸死。經過這一番事件，神侯表面在曹正淳迫害下，自殺而死。正當東廠乘機發難得手，曹正淳正準備獨攬大權，圖謀造反之時，神侯竟奇蹟般的復活並將其殺死，原來他是要借假死之局騙倒曹正淳好讓他露出自己的真正目的，這樣一來神侯就可以堂堂正正的將曹正淳一黨全部除掉了。
曹正淳死後，護龍山莊更加昌盛了，於是鐵膽神侯終於露出了他的真面目，原來他早就不服先皇傳位給他的兒子，而不傳位給他，故而臥薪嚐膽二十多年，圖謀篡位，而所有的人都只不過是他的一粒棋子罷了，不管是對他忠心耿耿的部下還是從小養大的義子義女！他唯一保留的真摯感情，便是他對素心矢志不渝的愛。可以說神侯為了素心可以不顧一切，可以說是天下第一痴心男人，最終也是這份深深的愛將他打敗。
鐵膽神侯最讓人感動的一句話是他在以為素心真的死去時，對著在夜幕中的滂沱大雨，淚也滂沱地仰天大喊道：“老天爺，我願意用十年、二十年、三十年來換素心一條命！”
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