清朝于顺治元年（1644）设山东巡抚一职，全称： 巡抚山东等处地方提督军务、粮饷兼理营田。驻济南，官阶为正二品，并成为定制。康熙四十年，管理山东河道。康熙五十三年（1714）兼办理临清关事务；乾隆八年（1743）兼提督衔；道光十七年（1837）兼理山东盐政事务。由于有以上兼职，实际上清朝山东巡抚为从一品，是代表中央统管山东全省军政事务的最高地方行政长官。另设其办事机构“巡抚衙门”，又称“巡抚部院署”或“巡抚院署”，是全省最高行政机关，驻济南珍珠泉院内。衙门内部没有固定的组织机构，只有“六房书吏幕友”和一些附属职员，“六房”即吏、户、礼、兵、刑、工各房，分掌其事；书吏幕友掌管文书案件。其组织机构特点为决策的官员少而精，办理具体事务的胥吏多。据光绪《山东通志·职官志》载，清代1840年鸦片战争爆发前山东共有116位巡抚，有科举功名的为55人，占总数的47%，其中进士为41人，占总数的35%，举人贡生等为14人，占12%；南方籍巡抚为30人，其中进士为23人，进士比例高达77%。没有取得科举功名而又能出任巡抚之职的多为满洲亲贵。
有清一代历任山东巡抚凡152人，名单如下：
方大猷，浙江乌程人，顺治元年（1644年）八月任。
丁文盛，辽东广宁人，顺治二年（1645年）任。
张儒秀，辽东人，顺治四年（1647年）任。
吕逢春，辽东人，顺治五年（1648年）任。
朱国柱，辽东人，顺治五年（1648年）任。
夏玉，辽东人，顺治六年（1649年）任。
耿燉，辽东贡生，顺治十一年（1654年）任。
许文秀，奉天人，顺治十六年（1659年）任。
蒋国柱，奉天人，顺治十八年（1661年）任。
周有德，奉天辽阳人，康熙二年（1663年）任。
刘芳躅，顺天宛平进士，康熙七年（1668年）任。
袁懋功，顺天香河人，浙江进士，康熙九年（1670）任，死后谥曰“清献”。
张凤仪，直隶宣化进士，康熙十年（1671年）任。
赵祥星，奉天义州人，康熙十二年（1673年）任。
施维翰，江苏上海进士，康熙十八年（1679年）任。
徐九龄，浙江钱塘进士，康熙廿二年（1683年）任。
张鹏，江苏丹徒进士，康熙廿三年（1684年）任。
郎永清，奉天人，康熙廿五年（1686年）任。
钱珏，浙江嘉兴举人，康熙廿六年（1687年）任。
佛伦，满洲正白旗人，康熙廿八年（1689年）任。
桑格，满洲正白旗人，康熙卅一年（1692年）任。
杨廷耀，奉天海城人，康熙卅四年（1695年）任。
李炜，直隶武清举人，康熙卅五年（1696年）任。
王国昌，奉天官学生，康熙卅七年（1698年）任。
赵世显，奉天人，康熙卌三年（1704年）任。
蒋陈锡。江苏常熟进士,康熙卌八年（1709年）任。
李树德，汉军正黄旗人，康熙五十年（1711年）任。
谢赐履，广西全州举人，康熙六十一年（1722年）任。
黄炳，满洲正白旗人，雍正元年（1723年）任。
陈世倌，浙江海宁进士，雍正二年（1724年）任。
布兰泰，满洲正白旗人，雍正三年（1725年）任，死后谥曰“慤僖”。
塞楞额，满洲正白旗进士，雍正四年（1726年）任。
岳浚，四川成都荫生，雍正六年（1728年）任。
法敏，满洲镶蓝旗人，乾隆二年（1737年）任。
硕巴，满洲正黄旗人，乾隆四年（1739年）任。
朱定元，贵州广平举人，乾隆五年（1740年）任。
晏斯盛，江西新喻进士，乾隆七年（1742年）任。
喀尔吉善，满洲正黄旗人，乾隆八年（1743年）任。
方观承，安徽桐城人，乾隆十一年（1746年）任。
阿里衮，满洲正白旗人，乾隆十一年（1746年）任。
白准太，满洲正黄旗人，乾隆十二年（1747年）任。
兆惠，满洲正黄旗人，乾隆十六年（1751年）任，死后谥曰“文襄”。
鄂容安，满洲镶黄旗人，鄂尔泰长子，乾隆十六年（1751年）任，死后谥曰“刚烈”。
杨应琚，汉军正白旗人，乾隆十七年（1752年）任。
郭一裕，湖北汉阳人，乾隆十九年（1754年）署任。
鄂乐舜，满洲镶蓝旗进士，鄂尔泰从子，乾隆二十年（1755年）调任。
白钟山，汉军正蓝旗人，乾隆二十年（1755年）署任。死后谥曰“庄恪”。
爱必达，满洲镶黄旗人，遏必隆孙，乾隆廿一年（1756年）署任。
鹤年，满洲镶蓝旗进士，乾隆廿一年（1755年）调任。
杨锡绂，江西清江进士，乾隆廿一年（1755年）署任。
阿尔泰，满洲正黄旗副贡，乾隆廿二年（1756年）任。
崔应阶，湖北江夏荫生，乾隆廿八年（1763年）任。
梁翥鸿，陕西三原荫生，乾隆廿九年（1764年）任。
明德，满洲正红旗任，乾隆卅一年（1766年）任。
李清时，福建安溪进士，乾隆卅二年（1767年）任。
富尼汉，满洲正黄旗举人，乾隆卅三年（1768年）任。
彰宝，满洲镶黄旗翻译举人，乾隆卅三年（1768年）任。
富明安，满洲镶红旗人，乾隆卅四年（1769年）任。
何煟，浙江山阴人，乾隆卅六年（1771年）任。
周元理，浙江仁和人，乾隆卅六年（1771年）任。
徐绩，汉军正蓝旗举人，乾隆卅六年（1771年）任。
杨景素，江南甘泉人，乾隆卅九年（1774年）任。
郝硕，汉军镶黄旗荫生，两江总督郝玉麟之子，乾隆卌二年（1777年）任。
国泰，满洲镶白旗荫生，四川总督文绶之子，乾隆卌二年（1777年）任。
诺穆新，满洲人，乾隆卌七年（1782年）署任。
明兴，满洲镶黄旗人，乾隆卌九年（1783年）任。
长麟，满洲镶黄旗进士，乾隆五十二年（1787年）任。
胡季堂，河南光山荫生，胡煦之子，乾隆五十五年（1790年）署任。
惠龄，蒙古正白旗人，乾隆五十五年任，五十八年再任，嘉庆五年三任，后谥曰“勤襄”。
江兰，安徽歙县贡生，乾隆五十六年（1792年）护任，五十七年再护。
吉庆，姓觉罗氏，满洲正白旗人，乾隆五十七年（1793年）任。
福宁，满洲镶蓝旗生员，乾隆五十八年（1794年）任。
穆和兰，满洲旗人，乾隆五十九年（1795年）任。
毕沅，江苏镇洋（今太仓）状元，乾隆五十九年（1795年）任。
玉德，满洲正红旗人，乾隆六十年（1795年）任。
伊江阿，满洲正白旗人，永贵之子，嘉庆元年（1796年）任。
宜兴，满洲旗人，嘉庆四年（1799年）以仓场侍郎暂署。
岳起，满洲镶白旗举人，嘉庆四年（1799年）任。
陈大文，河南杞县人，原籍浙江会稽，进士，嘉庆四年（1799年）任。
全保，蒙古镶黄旗人，嘉庆五年（1800年）护任，十一年署任。
蒋兆奎，陕西渭南进士，嘉庆五年（1800年）任。
吴俊，江苏吴县进士，嘉庆五年（1800年）护任。
和宁，又名和瑛，蒙古镶黄旗进士，嘉庆六年（1801年）任。
祖之望，福建浦城进士，嘉庆七年（1802年）任。
倭士布，满洲正红旗人，嘉庆七年（1802年）任。
陈钟深，广西临桂举人，嘉庆八年（1803年）护任。
铁保，满洲正黄旗进士，嘉庆八年（1803年）任。
长龄，蒙古正白旗人，嘉庆十一年（1806年）任。死后谥曰“文襄”。
邱庭隆，顺天宛平进士，原籍江苏，嘉庆十一年（1806年）护任。
吉纶，满洲镶蓝旗任，嘉庆十二年（1807年）任，十四年再任。
百龄，汉军正黄旗进士，嘉庆十三年（1808年）任。
朱锡爵，顺天大兴举人，嘉庆十四年（1809年）护任，十七年再任。
同兴，满洲镶黄旗人，嘉庆十六年（1811年）任。
章煦，浙江钱塘进士，嘉庆十九年（1814年）署任。死后谥曰“文简”。
陈预，顺天宛平进士，嘉庆十九年（1814年）任。
和舜武，满洲镶黄旗人，嘉庆廿三年（1818年）任。死后谥曰“恭慎”。
程国仁，河南商城进士，嘉庆廿四年（1819年）任。
李鸿宾，江西德化进士，嘉庆廿五年（1820年）署任。
钱臻，浙江嘉兴荫生，钱汝诚之子，钱陈群之孙，嘉庆廿五年（1820年）任。
徐炘，直隶天津举人，道光元年（1821年）任。
琦善，满洲正黄旗荫生，道光元年（1821年）任，三年再任，五年三任，七年四任。
杨健，湖南清泉进士，道光二年（1822年）护任。
程含章，云南景东厅举人，道光三年（1823年）任，七年再任。
讷尔经额，满洲正白旗进士，道光五年（1825年）护任，六年再护任，九年任。
伊里布，满洲镶黄旗进士，道光五年（1825年）任。
武隆阿，满洲正红旗人，道光五年（1825年）任。
贺长龄，湖南善化进士，道光六年（1826年）署任，七年再署任。
陈中孚，湖北武昌进士，道光六年（1826年）任。
卢坤，顺天涿州进士，道光六年（1826年）任。死后谥曰“敏肃”。
刘斯嵋，江西南丰进士，道光九年（1829年）护任，十二年再护，十六年三护。
钟祥，汉军镶黄旗进士，道光十二年（1832年）任。
经额布，满洲正黄旗人，道光十六年（1836年）任。
杨庆琛，福建侯官进士，道光十九年（1839年）护任。
托浑布，蒙古正蓝旗进士，道光十九年（1839年）任，廿二年再任。
程鹬采，江西新建进士，道光廿一年（1841年）授，未到任。
梁宝常，直隶天津进士，道光廿一年（1841年）任，廿三年再任。
麟魁，满洲镶白旗进士，道光廿二年（1842年）任。死后谥曰“文端”。
王笃，陕西韩城进士，道光廿三年（1843年）护任，廿四年再任。
觉罗崇恩，满洲正红旗廪贡，道光廿四年任，咸丰三年署任，四年三任，七年四任。
陈孚恩，江西新城（今黎川）拔贡，道光廿七年（1847年）署任。
张沣中，陕西潼关进士，道光廿七年（1847年）任。
徐泽醇，汉军正蓝旗进士，道光廿八年（1848年）任。
刘源灏，顺天永清进士，道光廿八年（1848年）护任，咸丰元年再任。
陈庆偕，浙江会稽进士，道光廿八年（1848年）任，咸丰元年再任。
李惠，陕西华阴进士，咸丰二年（1852年）任。死后谥曰“恭毅”。
张亮基，江南铜山举人，咸丰三年（1853年）任。死后谥曰“慧肃”。
吴廷栋，安徽婺源拔贡，咸丰七年（1857年）护任。
文煜，满洲正蓝旗人，咸丰九年（1859年）任，十年再任。死后谥曰“文达”。
清盛，满洲正蓝旗人，咸丰九年（1859年）护任，十一年再任。
谭廷襄，浙江山阴进士，咸丰十一年（1861年）任。死后谥曰“端简”。
阎铭敬，陕西朝邑进士，同治二年（1863年）任，五年再任。死后谥曰“文介”。
丁宝桢，贵州平远进士，同治五年署任，十一年再任，十三年三任，谥曰“文诚”。
文彬，满洲正白旗进士，同治十年（1871年）署任，十二年再署。
李元华，安徽六安举人，光绪二年（1876年）护任。
文格，满洲正黄旗进士，光绪三年（1877年）任。
周恒祺，湖北黄陂进士，光绪五年（1879年）任。
任道镕，江苏宜兴拔贡，光绪七年（1881年）任。
陈士杰，湖南桂阳拔贡，光绪九年（1883年）任。
张曜，顺天大兴人，祖籍浙江，光绪十二年（1886年）任。死后谥曰“勤果”。
福润，蒙古正红旗附贡，光绪十七年（1891年）任。
汤聘珍，湖南善化人，光绪十八年（1892年）护任。
李秉衡，奉天海城人，祖籍山东，光绪二十年甲午（1894年）任。
张汝梅，河南密县人，光绪廿三年（1897年）任。
毓贤，满洲正黄旗人，光绪廿五年（1899年）任。
袁世凯，河南项城人，光绪廿五年（1899年）任，廿七年丁母忧服阙改署任。
胡廷干，河南光州（今潢川）进士，光绪廿七年（1901年）护任，三十年署任。
张人骏，直隶丰润进士，光绪廿七年（1901年）任。
周馥，安徽建德附贡，光绪廿八年（1902年）任。
尚其亨，汉军镶蓝旗进士，光绪三十年（1904年）护任。
杨士骧，安徽泗州进士，光绪卅一年（1905年）任。死后谥曰“文敬”。
吴廷斌，安徽泾县人，光绪卅三年（1907年）署任。
袁树勋，湖南湘潭人，光绪卅四年（1908年）任。
孙宝琦，祖籍仁和人，宣统元年（1909年）任。
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