滿蒙聯姻，是清太祖努爾哈赤在位時定下的國策。大清帝國建立，蒙古八旗也立下汗馬之功，蒙古王公在清廷政治生活中，一直是一股倚為股肱的力量。為了確保這種關係代代相傳，也為了保持自己家族的特殊地位，福臨（順治）即位不久，孝莊就冊立自己的侄女、蒙古科爾沁貝勒吳克善的女兒博爾濟吉特氏為皇后順治皇帝親政當年，就大禮成婚正中宮之位。

自古帝王婚姻們總是帶有明顯的政治色彩，人的喜好與感情側是次要的。而福臨恰恰缺乏這種胸懷，他更多以自己的好惡來對待這種關係。皇后博爾濟吉特氏聰明漂亮，但喜歡奢侈，而且愛嫉妒。本來，作為一個貴族出身的女子，這些並不是大毛病，福臨卻不能容忍一點，堅持要廢皇后，再立皇后。這個還未成年的皇子，脾氣固執，很多王公大臣勸說，仍然絲毫不妥協，孝莊也無可奈何，只好降皇后為妃，住在側宮，這才暫時抵住了這場災難。

為了消除這個舉動可能帶來的消極政治影響，孝莊又選擇蒙古科爾沁多羅貝勒之女博爾濟錦氏進宮為妃。但福臨對這位蒙古包裡出來的漂亮姑娘同樣不感興趣，反而如痴如醉地戀上了同父異母弟博穆博果爾的福晉董鄂氏。

董鄂氏隸屬滿洲正白旗，父親鄂碩，任內大臣，封三等伯(位同一品) ，董鄂氏不但通詩文，而且性格溫順，儀表端莊，舉止言語，很有風采。順治十年應秀女之選(清制：滿族女子到應聘之年必須造冊上報內務府，三年選以充實後宮或指配皇弟皇子)，許配給皇太極末子博穆博果爾。博穆博果爾經常從軍出征，董鄂氏出入宮苑侍候后妃，與福臨相識並墜入情網。

孝莊察覺了這一危險苗頭，立即採取措施，宣佈停止命婦入侍的舊例，以“嚴上下之體，杜絕嫌疑”,同時趕緊給兒子完婚，博爾濟錦氏成為第二任皇后。

但並不能阻止福臨對董鄂氏的迷戀。為了獲得更多接近董鄂氏的機會順治十二年二月，福臨封博穆博果爾為和碩襄親王，以示優寵。後來博穆博果爾得悉其中內情損怒地訓斥董鄂氏，這事被福臨知道，他打了弟弟耳光，博穆博果爾羞憤自殺一此事發生在順治十三年七月，這個事情沒有任何史料加以佐證。

宮內除了這種事情是不光彩的，所以孝莊悄悄地處理了這件事，過了服喪期，董鄂氏被接入宮內，封為賢妃，過了一個月，順治將她封為皇貴妃。皇貴妃地位僅次於皇后，順治覺得董鄂氏有才有德，自己欣賞，是最好的皇后人選，所以順治又想廢皇后，立董鄂氏為後。

假如順治再度廢后，改立董鄂氏，那麼蒙古女人失去中宮主子之位，勢必影響滿家關係，傾動大清帝國的立國之基。所以孝莊毫不猶豫地對兒子的舉動進行了抑制，結果，母子間出現隔閡，順治皇帝甚至公然下令摳去太廟匾額上的蒙古文字，而那位生活在感情荒漠中的蒙古皇后，對於安排自己命運的同族婆婆並無絲毫感激，相反把不幸和怨恨，統統歸集到太后身上，連太后病倒，也不去問候一聲。對於這一切，孝莊都忍受了。寬容理解是她的原則。這種微妙緊張的母子婆媳關係維持了五六年，幸而她有多年的政治經驗和堅毅的性格，清朝的基業才不至於因為後宮的傾覆而動搖。

孝莊這種苦心順治與皇后恐怕都不理解，反倒是通達人情的董鄂氏能夠體諒孝莊的苦衷，她主動周旋於皇后與皇帝之間緩和調節雙方各種矛盾，有時起到孝莊所難以達到的作用。

唯有如此，孝莊有什麼事總是找董鄂氏商量，有什麼話總是找這個兒媳婦說，以至於到後來，婆婆對兒媳幾乎到了不能離開的地步 。

順治十四年，董鄂氏產下一子，四個月後不幸夭折，喪子的悲傷使她鬱郁鹹疾，宮廷矛盾的精神重負使她原來有病的身體更加虛損。順治十七年八月，董鄂氏病故。皇帝遭此打擊，精神頹落 ，出家為僧，未出半年，患痘症而逝。

孝莊不僅失去了知心兒媳婦，大孫子，還是去了自己的兒子，白髮人送黑髮人，孝莊生活面臨著各種坎坷。