阿尔法小组是在苏联克格勃主席尤里·安德罗波夫提议下于1974年7月28日成立，1972年慕尼黑奥运会发生慕尼黑惨案，导致11名以色列运动员死亡，尤里·安德罗波夫担心1980年的莫斯科奥运会受到恐怖份子的袭击，故从克格勃中抽调约30位的年轻成员组成阿尔法小组，该部队曾在1979年阿富汗战争期间担任重要角色，当中以333风暴行动最广为人知。
后来，苏联当局在国内各大城市设立了阿尔法小组的长驻部队，而当中驻守在乌克兰的分队于1990年3月3日建立。当时，克格勃第7部门收到上头的命令，要求在基辅成立阿尔法部队的第10小组。部队的选拔过程相当艰难，由最初的120名候选人当中到最后只有15人通过，并组成了第一支分队。
在苏联解体后，这支位于基辅的阿尔法地区分队于1992年被改编为乌克兰安全局的“C”局，但仍然被大众非正式地称为“阿尔法”，直至1994年6月23日，乌克兰总统透过法令以“C”局为基础从而建立了“A”部门（A代表阿尔法）。目前在乌克兰国内各区域中心都设有乌克兰安全局阿尔法部队的办公室。
2014年乌克兰亲欧盟示威后，阿尔法小组遭到新政府的清算和重组，并被派到乌克兰东部地区镇压立场亲俄的分离主义民兵。同年四月末，三名阿尔法小组的队员被顿巴斯的民兵组织俘虏，期间遭到殴打，并出现在俄罗斯的电视节目当中。据乌克兰安全局的发言人所称，分离主义武装人员在安全局内加插了卧底内应。一名叫亚历山大·霍达科夫斯基的顿涅茨克州前阿尔法小组指挥官在旧政府倒台后带领著数名随同的战士一同叛逃，并成为了叛军组织—东方营的指挥官，后来更成为了顿涅茨克人民共和国的安全部长。总括而言，乌克兰安全局指出有约30%的阿尔法小组队员目前下落不明，当中很大机会是加入了顿涅茨克或卢甘斯克地区的叛军组织作战。至2014年3月为止只有200名活跃的阿尔法小组队员仍然效忠于乌克兰政府。
在1995年，阿尔法小组执行了一次成功的行动，并拘捕了30名持有重型武器并穿有防弹背心的武装团匪。而在1997年，该部队于赫尔松地区联同内务部的“金雕”和“秃鹰”部队一起行动，在敌方守备严紧和没有空中支援的情况下拘捕了36名。
在1992至1993年，阿尔法小组曾执行护运国家新货币的行动，该批货币是在、和印刷，并分别透过空中和海上运输。
该部队亦曾被派往世界各地的一些热点地区，执行维和任务。
近年来，阿尔法小组活跃于和等重大事件和冲突当中。
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