胃食管反流病易反复发作，呈慢性过程，治疗时应注重调整生活方式，药物治疗应足疗程、个体化。在药物治疗方面，由于酸反流是导致胃食管反流病的主要病因，减少胃酸通常能有效改善症状和促进食管损伤的修复。因此治疗此病的药物主要包括抑制胃酸分泌的药物和直接中和胃酸的药物。
①奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等拉唑类药物可抑制胃酸分泌，产生显著而持久的抑酸效果，是治疗胃食管反流病的首选药物。常规用法为包装规格1片或1粒，每天服用1-2次。为了保证发挥最佳的药效，此类药物应于饭前30-60分钟服用。每天服用1次时，应于早餐前服用，每天服用2次时，应于早、晚餐前服用。由于此类药物在胃酸中会被破坏失效，均需做成肠溶片或者肠溶胶囊，因此在服用时不可嚼碎或压碎服用。如果患者存在吞咽困难，应告知医生或药师，选择奥美拉唑镁肠溶片（洛赛克）、艾司奥美拉唑镁肠溶片（耐信）等可以分散在水中服用的片剂，或兰索拉唑肠溶胶囊（达克普隆）、泮托拉唑钠肠溶胶囊（泮立苏）等可以打开服用的胶囊剂。
②雷尼替丁、法莫替丁等替丁类药物也可抑制胃酸，但抑酸效果不及拉唑类，而且长期服用容易产生耐药，导致抑酸效果下降。通常用于服此药可控制症状的轻中度胃食管反流病患者，以及服用拉唑类药物治疗时夜间仍出现酸反流的患者。此类药物常规用法为包装规格1片或1粒，每天服用2次，应于饭后15-30分钟服用；用于控制夜间酸反流的症状时，应于睡前服用1片或1粒。
③铝碳酸镁、磷酸铝凝胶等抗酸药，能直接中和胃酸，快速缓解症状。适用于治疗轻度胃食管反流病，通常与其他抑酸治疗方法同时应用。此类药物作用时间短，服药时间应为症状出现或将要出现时，以餐后1.5小时及睡前给药最佳；片剂应充分嚼碎后服用。此类药物中多含有铝、镁等金属离子，不可过量服用；同时这些离子可干扰其他药物（详见药品说明书或咨询药师）的吸收，必须合用时建议间隔至少2个小时。
对于存在胃排空延迟的胃食管反流病患者，可使用促胃动力药对症治疗，包括多潘立酮、莫沙必利、伊托必利。此类药物应于餐前15-30分钟服用，不可长期大量服用，症状缓解后应及时停药。
确诊胃食管反流病后，通常选用拉唑类抑酸药，疗程至少为8周。患者应遵医嘱剂量和疗程服药，规范服药时间，确保症状的缓解和食管炎愈合。很多患者停药后会复发，需要长期维持治疗来巩固疗效、预防复发。患者应在医生指导下，用最小的药物剂量达到长期治愈的目的，治疗应个体化，根据患者症状及食管炎分级来选择药物与剂量。
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