2001年，震驚世界的911事件爆發，本來準備推遲復出的決定立馬被改變，喬丹在事件發生後的數天內宣佈復出，處於驚慌之中的美國民眾彷彿看到拯救塵世的上帝一般，這時的美利堅合眾國需要英雄，喬丹再次復出無疑刺激了陷入死寂的美國經濟，為了聲援受害者家屬，喬丹將全部年薪100萬美金捐出，此舉一致獲好評，隨即，奇才隊主場的季賽，所有關於奇才的比賽門票被搶購一空。
01-02賽季，喬丹回到了芝加哥，他把籃球生涯的一切都獻給了這裡，球館上空的六面冠軍旗織就是芝加哥最光輝的象徵，是芝加哥公牛隊雄霸全聯盟數載的歲月見證，當他作為奇才球員站上這座球館的地板時，等待喬丹的是長達五分鐘的掌聲和歡呼。
1999年，喬丹成為奇才隊的小股東，當球隊戰績混亂不堪，讓他實為惱火，2001年，喬丹決定第三次復出，以刺激奇才慘淡的市場，因為聯盟有著球隊老闆不能為球隊打球的規定，喬丹和大股東作為口頭協定，儘管最後老闆食言，倆人不歡而散，在復出前的熱身賽中，喬丹的股骨被阿泰斯特撞斷兩根，差點推遲了復出時間，好在最後相安無事。
他的彈跳不再像年輕時那樣，隨時可以讓他起飛，但他的腳步還在， 他的速度不再像年輕時那樣，隨時可以讓他加速，但他的意識還在， 他的力量不再像年輕時那樣，隨時可以讓他爆發，但他的技巧還在，
奇才時期的喬丹防守已經沒有年輕時那麼迅猛，但當遇到諾維斯基，卡特，麥迪，科比，弗朗西斯等等這些年輕球員時，他總是打起十二分精神，誰也不敢小瞧他，不然就得付出代價。
在奇才時期，喬丹使用最多的就是背身單打，接球跳投，或者藉助掩護下順，用一對一來終結對方的次數沒有年輕時那麼多，他的體力已經不再支撐他去做那些瘋狂的動作。
每當遇見科比，這個後輩總是對偶像非常認真，因為不想錯開任何一個和偶像對位的機會，在數次對位中，積極的科比得到了收穫，他在一次防守中蓋掉偶像的後仰投籃。
2003年，這是喬丹最後一次全明星，其中的故事球迷都耳濡目染，科比在最後時刻破壞了喬丹的完美謝幕，最後讓加內特捧起那座十分特別的FMVP獎盃，但喬丹並不在意，他欣賞這些後輩的昂揚鬥志。
在奇才時期，喬丹因為膝蓋積液導致其不能上場，因此喬丹在這個時期還打了替補，為隊友鼓掌加油，傳授經驗，他放下聯盟之王的身段，以一位球場老大哥的身份給後輩以支持。
2003年4月17日，喬丹迎來他職業生涯中最後一場比賽，當他以穩健的身姿被皮球罰進籃筐時，他對著觀眾席的球迷揮手致意，那位聯盟最後的帝王，真的不會再回來了。
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