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克隆人軍團首次出現在星球大戰前傳二，電影中作為共和國軍和分裂組織展開了長達三年的大戰，戰後又被重組成為了第一批帝國衝鋒隊。綜合來說，不管是戰鬥力還是顏值，都妥妥的是星戰第一男子天團。
產生
克隆人軍團的構想是最初在一次政客會議上提出來的，當時共和國的危機已經初顯端倪，於是一個政客達馬斯克建議絕地大師賽福-迪亞斯以絕地武士團名義向卡米諾人訂購一支以人類為模板的克隆人軍隊作為共和國的後備力量，然而這個政客達馬斯克其實是達斯·西迪厄斯的師傅--達斯·普雷格斯。而且因為克隆人軍團僅僅是作為共和國的一個後備力量，所以賽福大師並沒有向絕地委員會報備，而在賽福大師訂購完成之後便被滅了口，因此這件事除了西斯之後也便在無人知曉。
但是訂單已下，卡米諾人按照要求以曼達洛人詹戈費特為模板建立克隆人軍團，在進行克隆之時詹戈費特要求卡米諾人對他進行完全克隆，目的為了保持其頂尖的戰鬥力，可以說每一個克隆人都是一個曼達洛人，看過迪士尼最新美劇曼達洛人的應該都對這個種族的戰鬥力有了解。
卡米諾人在進行克隆人培育時對克隆人進行了基因修改以加速生長，並且保留了克隆人的部分自主意識以應對在戰場是可能出現的各種意外，同時在克隆人成長過程中由詹戈費特進行指導進行各種戰鬥訓練，並選出軍官進行指揮訓練，最後成型的克隆人軍團成為了那個時代戰鬥力的頂尖代表。
戰爭
在詹戈費特刺殺帕德梅失敗之後將歐比旺引到了卡米諾星，在哪裡歐比旺發現了克隆人軍團的存在，之後報備給了絕地委員會。而這時分裂組織在達斯西迪厄斯的命令下對共和國開戰，前往吉奧諾西斯救援歐比旺的絕地武士們由被分裂組織的軍隊包圍，如此情況下尤達大師帶領克隆人正式參戰。
絕地武士們紛紛被授予將軍頭銜，帶領克隆人軍隊與分裂組織展開大戰，這裡插一句人家克隆人軍團有自己完整的一套的指揮體系，絕地武士去瞎湊啥熱鬧啊，白白死了在戰爭中死了那麼多絕地武士。總之克隆人軍團在和分裂組織的機器軍團的戰鬥中表現英勇且戰鬥力驚人，為共和國贏得了最後的戰爭。
絕地大屠殺
在克隆人戰爭的尾聲，達斯西迪厄斯終於漏出了狐狸尾巴，溫杜大師帶領另外四名絕地大師前往逮捕達斯西迪厄斯，結果因為安納金的背叛五位絕地大師全部被殺，之後達斯西迪厄斯下達了66號命令，前一秒還在和絕地武士並肩作戰的克隆人軍團下一秒就把槍口對準了絕地武士們。
除了戰場上的倒戈一擊外，在安納金的帶領下，克隆人軍團第501軍團對絕地聖殿發動了進攻，絕地聖殿被血洗，連孩子都沒放過。經過這次絕地大屠殺之後兩萬人的絕地武士團僅剩百餘名倖存者，而這些倖存者也遭到了達斯維達和帝國的血腥追剿，絕地從此銷聲匿跡。
軍團覆滅
絕地大屠殺之後，達斯維達屠殺了分裂組織的所有領袖，關閉了機器軍團結束了戰爭，而克隆人軍團也被達斯西迪厄斯改組成了帝國衝鋒隊用來追剿絕地倖存者、鎮壓不服帝國統治的反抗組織。而卡米諾人在得知自己鑄成大錯之後，又打造了一批沒有問題的克隆人軍團和帝國開戰，但是這次戰爭沒持續多久就被鎮壓，卡米諾人被屠殺殆盡。
克隆人因為是通過加速生長製造的，壽命也只有正常人的一般，加上卡米諾人的叛亂，皇帝達斯西迪厄斯決定徵召正常人類進入帝國衝鋒隊,最後隨著克隆人的戰鬥減員和正常壽終正寢，強大的克隆人軍團徹底被正常人類所替代，也就是我們所熟知的槍法感人的風暴兵。
關於66號命令
根據星球大戰官方給出的解釋，克隆人腦袋裡一共植入了150條應急指令，而第66號指令就是絕地武士團集體背叛共和國，必須被消滅。
黎明晨星HXY
前期沒有37號密令的克隆人都被消耗得十九七八了，後期在執行37號密令時也有一部分被同時消滅，但也有相當一部分克隆人存活下來，比如天行者的軍團，但當絕地議會及聖殿被消滅和攻破後，大批前克隆人部隊被解散，取而代之的是暴風兵。
末時之雨
暴風兵到底是怎麼組織的來源是什麼，這個挺好奇，克隆人部隊去比較清楚的
