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1937年12月13日，日军攻占南京，并开始在南京实施大规模屠杀。大规模的屠杀行动一直持续到 1938年2月，在南京遇难的军民超过30万人。南京大屠杀是第二次世界大战中最残酷的战争暴行之一，有人说：“相比于奥斯维辛集中营的反人类指数，南京大屠杀完全是有过之而无不及的”。
在南京大屠杀中，日本军队无视国际战争法，对手无寸铁的市民实行无差别屠杀，烧杀抢掠的行为令人发指。后来就连诺贝尔文学奖获得者大江健三郎、三岛由纪夫和村上春树等人都写文章谴责南京大屠杀。二战结束后，日军战犯因为大屠杀的罪行受到远东国际军事法庭的审判，华中方面军司令官、大屠杀纵容者松井石根被判处死刑。
侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆
日军为何如此无视人类的伦理法则，发动如此残暴的大屠杀呢？
第一，从日军的整体战略来说，当时日军并没有想到战争会持续这么长，所以也没有准备足够多的后勤补给。日军当时认为攻占南京之后战争大体就可以结束了，接下来就应该谈判了。可是国民政府迁都重庆，意味着战争还远没有结束。
日军第十军参谋池谷半二郎说：“那些期待着只要攻下南京城就会签订城下之约的想法过于幼稚了，希望已经随风而去。”其实在日军还没有进入南京城时补给已经消耗殆尽了。
而日军采取的对应措施是“尽量利用现地物资”。就地解决后勤物资短缺问题的现象在近代战争中比较常见，特别是在战线特别长的情况下。比如1812年拿破仑在远征俄罗斯的时候，也是派专门负责的军官在当地征收物资。可是俄国人实行焦土政策，拿破仑军队的后勤就出现了严重问题，导致了法军的战败。
当时中日已经爆发全面战争，民族仇恨已经到了相当严重的地步。（了解更多抗日战争，请穿越到《为何抗战四年才对日宣战》）
更何况南京市民在日军到来之前遭受了日军飞机近四个月的空袭，对日军只有仇恨。再加上国民政府和市政府已经撤离南京，日军想要征收物资只有靠武力解决了，所以日军将领不会去约束部下抢劫以补充物资甚至屠杀平民。
在后来的太平洋战争中，物资短缺的问题也困扰着日军。1942年的巴丹死亡行军导致大量战俘死亡，也是因为日军没有足够的物资供应战俘，以至于大量美国和菲律宾士兵在行军途中饿死和病死。
战犯松井石根在远东国际军事法庭受审
第二，从华中方面军司令官松井石根的角度来讲，他的故意放纵和急于“建功”的心态是这场大屠杀发生的主要原因之一。松井石根在1935年就退出现役，编入了预备役。抗日战争全面爆发后，日军才把年近六十的他重新召回军中。
这个时候的任命无疑让年事已高的他受宠若惊。松井石根还是一个“大亚细亚主义”的鼓吹者，主张亚洲团结对抗欧美，不过目的还是为侵略中国找到一个好听一点的说辞。
因此，松井石根在加入淞沪战场之后就迫不及待地想要进攻中国当时的首都南京，让中国尽快放弃抵抗，想在自己最后的军旅生涯中添上“浓墨重彩”的一笔。
第三，从日军士兵的角度来讲，就像上文已经提到的那样，日军并没有打持久战的准备。很多日军士兵也认为这不过是一个时间短暂的军事行动，有些师团的士兵被告知占领上海后就可以回国，而有些士兵正是要回国的时候被调到前线来的。
南京陷落之后，国民政府准备迁都再战，这就意味着战争的结束就遥遥无期了。对战争结束期限预期的落空，加重了侵略的残暴。
第四，日军士兵的行为也和他们在军中所受的训练还有地域有关系。日军士兵在军中一直以来都是受军国主义思想的影响，上级训斥下级时也多采用暴力手段，崇尚武士道精神，所以对杀害平民并没有觉得罪恶，反而觉得光荣。
日本历史上，九州一直是优质兵员的来源地。在南京大屠杀犯下累累罪行的第六师团和第十八师团就是组建于日本九州。所以来自九州的部队战斗力比较强，而且他们还有一句自吹的话：“天下日本兵第一，日本九州兵第一。” 明治维新之后日本唯一的一次内战——1877年的西南战争，就是西乡隆盛以九州的士兵为主力反对明治政府的战争。
以组建于九州熊本县的第六师团为例，熊本经济比较贫穷，不如东京和大阪富裕，而且有好勇斗狠的民风，很多人选择从军。
虽然都是一等师团，但是由于第六师团来自贫困地区，受到军部的歧视，供应和配给往往不如其他一等师团。这也意味着他们在战争中更容易做出灭绝人性的事情。
1928年第六师团就在济南制造过惨案，济南近八千人伤亡，十七名外交人员被日军虐杀。第六师团是日军部队中最先攻入南京的，师团长谷寿夫也受到了松井石根的奖赏，可是也是这个第六师团在南京大屠杀中犯下了最多的罪行。谷寿夫在1947年被南京军事法庭判处死刑，在南京雨花台被执行枪决。
放眼人类历史，多数侵略性战争的入侵者都试图用残暴的手段和方式来推进侵略的进程并巩固侵略成果，但是在实际上却往往适得其反。
历代评价：
我们是在同一个危险的敌人作战，那个敌人既不投降也不接受战败的现实。日军在巴丹死亡行军、南京大屠杀和偷袭珍珠港时何曾考虑过道德？
——曾在广岛投下原子弹的美军轰炸机机组成员西奥多·范·科克
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