腐败的封建统治和沉重的剥削，导致阶级矛盾的激化。鸦片战争以后，清政府为支付战争赔款，加紧搜刮人民。统治更加腐败。贪官污吏、土豪劣绅也乘机勒索百姓。不堪忍受煎熬的劳苦大众纷纷起义。外国资本主义的侵略，给中国人民带来新的灾难。同时，自然灾害严重。鸦片的输入，导致满清白银大量外流，劳动力日益衰竭，人民生活更加困苦艰难。
洪秀全像
金田起义
1848年初，冯云山被紫荆山蒙冲乡石人村地方士绅王作新以“聚众谋反”罪名逮捕，送往广西桂平知县衙门囚禁。洪秀全前往广州欲以“传教自由”为由，找上层关系营救。后冯云山被信徒集资贿赂桂平知县王烈，而得到释放。1850年夏，洪秀全发布团营令，要求会众到广西桂平县金田村团营编伍。
同年年底，太平军先后在思旺和蔡村江与清军展开战斗，由此开始了与清廷的武装对立，初以“太平”为号，后建国号“太平天囯”，并实行公有财产制。1851年1月11日，洪秀全生日，拜上帝会众万人在金田村“恭祝万寿”，后世人将这一天定为金田起义纪念日。3月23日，洪秀全在广西武宣登基称太平王，后改称天王。
北伐与西征
1853年5月8日，林凤祥、李开芳等奉杨秀清命令率两万余人从扬州出发北伐。清朝采取了正确的防御措施，销毁了全部黄河渡船。1853年10月13日太平军进驻保定，咸丰帝集结华北清军主力与太平军决战，包括嘉庆帝五子惠端亲王奉命大将军绵愉部、嘉庆帝嗣外孙科尔沁部僧格林沁部、八旗察哈尔部、钦差大臣胜保部，并征召朝阳、阜新、赤峰、通辽四地大军，赐努尔哈赤御用大刀。北伐军虽然一度进至天津附近，但因孤军深入，被清军包围。1855年3月，林凤祥在直隶沧州东光县连镇受伤被俘，不久被押到北京处死。李开芳在山东聊城茌平县冯官屯被俘，6月在北京被处死。
1853年5月19日，胡以晃、赖汉英、曾天养、林启荣、林绍璋等奉命督战船千余，溯江西征，先后攻下安庆、九江、合肥、汉口等地。1854年4月28日，西征太平军在湖南湘潭被一万七千人的私人武装湘军击败。在湖南被曾国藩打败后，1854年6月26日（咸丰四年六月二日）太平军第二次攻下武昌，十八岁的陈玉成在武昌“舍死苦战，攻城陷阵，趫捷先登，缒城而上，以致官兵溃散，遂陷鄂省。”
南京附近的太平军海战
1854年7月25日曾天养率西征太平军与曾国藩湘军在湖南岳阳城陵矶进行第一次决战，太平军虎头军统帅曾天养、清军登州镇总兵陈辉龙、湘军水路各营总统褚汝航全部阵亡。
1854年10月14日湘军在曾国藩本人的统帅下第二次收复武昌。1854年11月23日秦日纲率西征太平军与罗泽南、李续宾、杨载福、彭玉麟湘军在湖北十堰田家镇（竹山县）进行第二次决战失败。
1855年1月29日，石达开、罗大纲率西征太平军与湘军在江西九江湖口县进行第三次决战，大败湘军。1855年初，太平军反攻汉阳和汉口，4月3日，击破湖北巡抚陶恩培的军队，第三次攻下武昌。
1856年12月天京之变后湖北巡抚胡林翼第三次也是最后一次收复武汉三镇，此役湘军罗泽南阵亡，武汉三镇都已成废墟，遍地瓦砾。
1853年3月底清钦差大臣向荣在金陵城外孝陵卫建江南大营；4月16日，清钦差大臣琦善在扬州城外建江北大营。1856年4月5日，太平军再克扬州，攻破江北大营，“次早黎明，亲领人马同陈玉成、涂镇兴、陈仕章、吴如孝力攻土桥，破入土桥清军马营。那时清军大败，红桥以及卜著（朴树）湾、三岔（汊）河清营尽破，大小清营一百二十余座，清营那时闻风而逃。”
1856年6月，太平军攻破江南大营，解天京三年之围，“步战汉兵，马战满兵，两交并战，自辰至午，得翼王带曾锦兼（谦）、张瑞（遂）谋等引军到步助战。清军满兵马军先败，次即向、张[所]领汉军亦败也。”
天京事变
太平天国前期，军政大事由军师负责，洪秀全退居幕后少理朝政，大权落在东王杨秀清手上。
1856年太平军攻破清军向荣的“江南大营”，解天京三年之围后，东王杨秀清见当时太平天国形势大好，便另有图谋。杨假装“天父下凡”迫天王将自己由“九千岁”封为“万岁”。北王韦昌辉在这时请求天王诛杀东王，天王不肯。后来，陈承瑢向天王告密，谓东王有弑君篡位之企图，天王密诏北王、翼王及燕王秦日纲铲除东王。2日凌晨偷袭东王府，杨秀清及其家人被杀，东王幕府部属、他们的家人及其他军民共2万多人亦被杀，史称“天京事变”。
天京事变后，太平天国合朝推荐石达开主持朝政，但洪秀全却忌惮石达开的声望才能，不肯授予他“军师”的地位，只封他为“圣神电通军主将义王”，局势稍见好转后，又对他产生谋害之意。为免再次爆发内讧，石达开被迫率数千人逃出天京，前往安庆。天京事变使三王被杀，翼王远走，是太平天国的转折点。
石达开远征
1857年9月，洪秀全迫于形势的恶化，遣使请石达开回京，石达开上奏表示不会回京，但会调陈玉成、李秀成、韦俊等将领回援，并以“通军主将”身份继续为太平天国作战。洪秀全诏准了这一方案，天京官方遂承认石达开此后的作战是太平天国的远征活动。
此后，石达开先后转战于天京外围的闽、浙、赣等省，牵制大量清军，缓解了天京、安徽两地的军事压力。
1858年，清军乘太平天国内讧之后，重建江北、江南大营。4月，洪仁玕捻转到达天京，被封为干王。
1859年年春，石达开入湖南，发动“宝庆会战”，欲取上游之势，再下趋湖北，配合安徽太平军作战，并伺机分兵入川。彼时湘勇正计划分兵三路进攻安庆，闻石达开长驱直入湖南腹地，军心全线动摇，只得将因势利导，全力援湘。面对湘军的重兵驰援，石达开孤军作战，未能攻克宝庆，被迫退入广西休整。
1861年年9月，石达开自桂南北上，为北渡长江，夺取成都，建立四川根据地，转战蜀、黔、滇三省，先后四进四川，并于1863年4月渡过金沙江，突破长江防线。但为大渡河百年不遇的提前涨水所阻，在紫打地陷入绝境。时任四川总督的骆秉章遣使入太平军中谈判。经协议，太平军自行遣散四千人，剩余两千武士保留武器随行，在石达开被押往成都后，清军背信弃义，两千太平军被屠戮。1863年6月27日，石达开在四川成都被凌迟。
安徽江北战场
1861年，太平天国部署第二次西征，计划以陈玉成、李秀成两支主力分别从长江南北进攻武昌，以解安庆之围。
陈玉成进军迅速，一举攻克黄州，直逼武昌，此时英国外交官巴夏礼面见陈玉成；要求太平军撤军，由于李秀成部进军迟缓，太平军并无把握在短期内攻下武昌，及湘勇加紧对安庆的围攻，陈玉成决定命部下赖文光率部队军队留在武昌附近，继续等候李秀成部，本人率主力返回安庆。
李秀成进至湖北东南部，在附近地方招兵30万人，得知东线太平军作战不利，又听说陈玉成已经返回安庆，遂放弃进攻武汉三镇，改向东进军，与李世贤部共同攻下浙江大片土地。陈玉成与李秀成两人不和导致第二次西征无果而终。
淮军占领苏州
1861年春，太平军与清军和多隆阿部清军在安徽安庆进行第二次决战。湘军的部署是湘军曾国藩、左宗棠、鲍超在安徽南部，湘军李续宜、胡林翼、清军多隆阿在安徽北部，两个方向向安庆进攻，陈玉成回救安庆，洪仁玕、林绍璋、吴如孝、黄文金等也来配合作战，失败，6月集贤关、赤岗岭失守，8月陈玉成与杨辅清等夺回集贤关，再救安庆，为清副都统多隆阿部所拒。1861年9月，曾国荃攻克安庆，太平军守将叶芸来、吴定彩及全军1.6万余人全部阵亡。1862年5月，陈玉成在安徽寿州被叛徒苗沛霖逮捕，押送清军兵部侍郎胜保，同年6月陈玉成被处死。
上海战场
江南大营是清朝为镇压太平天国集结起的最后两支直接听命于咸丰帝的野战军之一（另一支为科尔沁部僧格林沁野战骑兵）。全国各地质量较好的绿营官兵驻扎天京孝陵卫屏蔽苏杭财赋区成为江南大营。1860年5月2日（咸丰十年三月十二日），太平军与江南大营最后的决战打响。
1860年6月8日（咸丰十年四月十九日）咸丰帝与曾国藩达成协议，咸丰帝授予曾国藩钦差大臣兵部尚书两江总督督办江南军务，华东地区所有军队均归节制，曾国藩经咸丰帝许可罢免咸丰帝此前任命的官员，包括皖南督办军务大臣张芾、闽浙总督庆端、浙江巡抚王有龄、江苏巡抚薛焕、江南团练大臣庞钟路、江北团练大臣晏瑞书，转而把湘军系统的军官扶上位。
1860年8月9日，李秀成太平军与弗雷德里克·汤森德·华尔和上海买办杨坊联合组建的洋枪队在上海决战。
江南战场
1862年6月，洪秀全命令各地太平军回援天京，太平军集结二十万人兵力，10月起大战湘军四十多天，未能取胜。12月，李秀成奉命北渡长江，由于无粮，太平军损失很大，“此举前后失去战士数万余人，因我一人之失锐，而国之危也。”
1863年12月4日，苏州守将谭绍光被部下汪有为杀死，苏州被克复。
1864年4月27日，陈坤书太平军与查理·乔治·戈登常胜军及刘铭传淮军在常州激战。
1864年5月11日，常州失陷，太平军守将陈坤书被俘牺牲。自此淮军与金陵湘军联络畅通无阻也。
天京陷落后的斗争
1863年12月21日，天京外围要塞尽失，并苦缺粮食，忠王李秀成建议“让城别走”，洪秀全不准。
1864年6月1日，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，幼天王洪天贵福继位。7月19日天京失守，洪仁玕、黄文金护送幼天王突围。李秀成让好马给幼主，混乱中与幼主失散，于同月22日在南京城外方山被俘，亲书供状数万字后（《李秀成自述》），于8月7日被曾国藩处死。
曾国荃湘军克复金陵图
10月9日，洪仁玕在江西石城（今江西石城县木兰乡新河村古岭组）兵败被俘，11月23日在南昌被杀。10月25日，幼天王洪天贵福在逃脱清兵追杀后四处乱走导致被盘出拿获，11月18日在南昌被凌迟处死。
江北的太平军赖文光部与捻军合并，于1865年杀清军名将僧格林沁，继续对抗清军直至1868年。东捻军于1868年1月5日在扬州东北瓦窑铺覆灭，西捻军于同年8月16日在山东茌平徒骇河被李鸿章淮军消灭。最后一支留下太平天国年号的残余捻军袁大魁部，于1869年在陕北保安被左宗棠消灭。
广西梧州的一座太平天国纪念碑
1872年4月，石达开余部李文彩部在贵州大塘覆灭，这是最后一支可以查证的使用太平天国旗号的反清武装，理论上是最后一支太平军。不少学者认为，应以李文彩部的覆灭作为太平天国运动的结束标志。
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