2011年2月18日，最高法院印發《關於修改的決定》的通知，對於2008年2月4日製發的《民事案件案由規定》進行了較大的修改，其中，修改第一級案由5個，修改第二級案由20個，修改第三級案由113個，修改第四級案由154，修改後，共有第一級案由10個，第二級案由42個，第三級案由424個，第四級案由367個。在此之後，最高法院又增添了部分案由。
公司法25個案由所屬的第一級案由為：第八部分 與公司、證券、保險、票據等有關的民事糾紛，第二級案由為：二十一、與公司有關的糾紛，第三級案由為：242.股東資格確認糾紛，243.股東名冊記載糾紛，244.請求變更公司登記糾紛，245.股東出資糾紛，246.新增資本認購糾紛，247.股東知情權糾紛，248.請求公司收購股份糾紛，249.股權轉讓糾紛，250.公司決議糾紛，包括第四級案由：（1）公司決議效力確認糾紛（2）公司決議撤銷糾紛（3）公司決議不成立糾紛（該案由根據最該法院公司法司法解釋四添加），251.公司設立糾紛，252.公司證照返還糾紛，253.發起人責任糾紛，254.公司盈餘分配糾紛，255.損害股東利益責任糾紛，256.損害公司利益責任糾紛，257.股東損害公司債權人利益責任糾紛，258.公司關聯交易損害責任糾紛，259.公司合併糾紛，260.公司分立糾紛，261.公司減資糾紛，262.公司增資糾紛，263.公司解散糾紛，264.申請公司清算，265.清算責任糾紛，266.上市公司收購糾紛。
適用《民事案件案由規定》需要注意的幾個問題：
1、應當根據當事人訴爭法律關係的性質，首先應當適用第四級案由，第四級案由沒有規定，適用相應的第三級案由，第三級案由沒有規定的，適用相應的第二級案由，第二級案由沒有規定，適用相應的第一級案由。
2、人民法院不得將《民事案件案由規定》等同於《中華人民共和國民事訴訟法》第一百零八條規定的受理條件。
3、同一訴訟中涉及兩個以上的法律關係的，應當以當事人訴爭的法律關係的性質確定案由均為訴爭法律關係的，則按訴爭的兩個以上法律關係確定並列的兩個案由。
4、在請求權競合的情況下，應當按照當事人自主選擇行使的請求權，根據當事人訴爭的法律關係的性質，確定相應的案由。
5、當事人訴爭的法律關係與實際訴爭的法律關係不一致的，人民法院結案時應當根據法庭查明的當事人之間實際存在的法律關係的性質，相應變更案件的案由。
6、當事人在訴訟過程中增加或者變更訴訟請求導致當事人訴爭的法律關係發生變更的，人民法院應當相應變更案件案由。
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