中平六年（189年）四月漢靈帝駕崩後，大將軍何進就被司隸校尉袁紹攛掇密召董卓率軍進京。董卓立即率軍開赴洛陽，並上書彈劾中常侍張讓等人。何進很快覺察到外兵入京會導致政局失控，派諫議大夫種劭勸阻董卓進京。種劭在黽池見到董卓，要求董卓返回河東郡去討伐流亡匈奴單于於夫羅。董卓對種劭的勸阻置之不理，把軍隊開入洛陽郊外。
董卓率軍抵達雒陽城外時，種劭出城勞軍時再次要求董卓撤軍，與董卓發生衝突。董卓這時還不敢公然反抗朝廷，也就率軍西撤至洛陽城二十里外的夕陽亭。此時的洛陽外有董卓大軍，內有宦官與外戚紛爭，讓人意外的是手握重兵的皇甫嵩等人竟然坐視董卓危害朝廷。
中平六年（189年）八月發生洛陽政變，張讓等宦官矯詔誅殺大將軍何進，何進的部下司隸校尉袁紹等人率軍攻入皇宮誅殺宦官，小皇帝劉辯與弟弟陳留王劉協蹤跡不見。董卓望見洛陽上空濃煙滾滾，得知朝廷發生重大變故，於是急忙下令進京。董卓在北邙山遇到驚魂未定的小皇帝劉辯與陳留王劉協，把他們迎回皇宮。
董卓發現小皇帝劉辯沒有陳留王劉協機靈，劉協從小又是漢靈帝的母親董太后撫養，自己又與董太后同族，就想改立劉協為皇帝。這也說明此時的董卓還想做箇中興名臣，否則一個“小糊塗蟲”做皇帝，豈不更便於權臣秉政？
董卓當時進京的部隊不足三千人，董卓一面急調後續部隊進京，一面把進京的部隊晚上秘密調出城外白天大張旗鼓開進洛陽，造成董卓大軍源源不斷開赴洛陽的架勢。
大將軍何進徵辟的騎都尉鮑信正好帶著招募的一千多人回到洛陽，他勸說袁紹趁著董卓剛到洛陽士卒疲憊偷襲董卓，但此時的袁紹已經被董卓虛張聲勢嚇破了膽不敢採納，鮑信也就帶兵返回老家兗州泰山郡。
董卓站穩了腳跟，立即收編大將軍何進、車騎將軍何苗的部隊，還誘使執金吾、幷州刺史丁原的主簿呂布殺死丁原，從而吞併了丁原的軍隊。這樣一來，整個洛陽的軍事力量基本都處於董卓的控制下。
歷史上呂布並非是丁原的義子，因此呂布殺死丁原並沒有心理障礙。董卓賞識呂布的驍勇，把呂布從丁原的主簿這種“不入流”的佐吏提拔為騎都尉，同他發誓結為父子。董卓不久提拔呂布為中郎將，封都亭侯，要知道此時的中郎將還很珍貴，董卓的嫡系牛輔、董越、段煨、胡軫、徐榮等人在董卓時期最高職務也只是中郎將。
太傅袁隗控制大朝廷罷免司空劉弘，派使者董卓為司空，但董卓並不滿足“位列三公”的地位，而是公然提出廢黜小皇帝劉辯，改立劉協為皇帝。袁紹以為董卓曾經被叔父袁隗徵辟為掾吏，屬於袁隗的“門生故吏”應該會尊重袁家，要求請示太傅袁隗。不料董卓兵權在握根本不把袁紹放在眼裡，袁紹只好逃出京城。董卓將廢立之事彙報給太傅袁隗，袁隗也不敢反對。滿朝文武竟然只有尚書盧植站出來抗辯，大漢王朝氣數已盡。
九月董卓脅迫何太后和朝臣廢少帝，立陳留王劉協為帝，史稱漢獻帝。隨後董卓彈劾何太后害死董太皇太后的罪責，將其罷免並遷入永安宮，不久將其毒殺。隨後董卓控制的朝廷遙封遠在幽州的幽州牧兼太尉劉虞為大司馬，董卓由司空改任太尉，兼領前將軍，加節，賜斧鉞、虎賁，更封郿侯。董卓權傾天下，開始了為期兩年的秉政。
董卓掌權後，還是想做箇中興名臣。他不僅聯合司徒黃琬、司空楊彪上書漢獻帝為建寧元年（168年）九月政變時被政治定性（誣陷）為叛賊的陳蕃、竇武以及次年（169年）在“第二次黨錮”中被捕遇害的眾多黨人平反，而且親近周毖、伍瓊、何顒、鄭泰等賢才，甚至徵辟荀爽、韓融、陳紀、蔡邕等名士入朝為官。董卓還選拔韓馥、劉岱、孔伷、張諮、孔融、應劭、張邈等名士擔任地方要職，甚至對袁紹、王匡、鮑信等忤逆自己的人授以太守職位以示安撫。
如果董卓這種安撫政策能夠繼續下去，董卓也是名垂千古的中興能臣。這時發生了一件大事，激起了董卓的“流氓性格”，這就是伍孚刺殺事件。
歷史上沒有“孟德獻刀”的曹操刺殺董卓事件，不要說曹操與董卓還沒有“友好”到可以肆意出入太尉府的地步，就是“獻刀”這種小把戲也騙不過身經百戰的董卓。此前就因為侍御史擾龍宗拜見董卓時忘了解除佩劍，被董卓以密謀行刺誅殺。
伍孚是汝南吳房（今河南遂平）人，與袁紹家族屬於汝南老鄉。伍孚曾被大將軍何進闢為東曹屬，後擔任越騎校尉。在董卓擅自廢立皇帝滿朝文武沉默不敢動後，在朝服裡挾佩刀見董卓。董卓誤以為伍孚尊重自己與他親近，不料伍孚突然抽刀行刺。董卓早年在西北軍中就以驍勇力大聞名，伍孚一刺不中，也就很快被董卓下令誅殺。
這次刺殺事件表明，無論董卓對文官集團特別是文士集團如何以禮相待甚至完成“黨錮之禍”以來一系列平凡冤假錯案，都得不到文士集團的認可，他們依舊認為董卓是謀朝篡權的奸賊。無論是袁紹還是盧植甚至伍孚，都不接受董卓。他們可以對袁紹等人率軍攻入皇宮肆意殺戮宦官視而不見，但對董卓控制朝政絕不能接受。董卓遇到的難題後來曹操也遇到了，但曹操站在董卓的肩膀上知道如何化解，董卓卻不懂得如何籠絡士人。董卓終於被文士集團的這種不信任甚至鄙視激起了流氓習性，他就開始顯露出壓抑已久的暴虐面目。
十一月，董卓自稱相國，並贊拜不名、入朝不趨，劍履上殿，全無人臣之禮。
董卓還在京師縱兵剽掠財物、婦女、殘害百姓，京師人人自危。董卓擅行廢立和種種暴行，引起了官僚士大夫的憤恨，他所任命的關東州郡週末、刺史、太守也都反對他。各地討伐董卓的呼聲日益高漲。
東郡太守橋瑁假託朝廷三公的名義號召各州郡起兵討伐董卓。袁紹在渤海起兵，曹操在陳留起兵，孫堅在長沙起步，孫堅還說要是當初張溫聽自己的話除掉董卓，哪有現在的浩劫？董卓也是命大，能夠躲過張溫、皇甫嵩、鮑信可以製造的滅頂之災，能否躲過這次關東州郡組織的聯合勤王行動？
一場大規模內戰終於拉開了序幕，它將決定漢王朝此後究竟能否存續。
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