辣椒屬於主根系作物，表現為主根粗，根量少，根系生長緩慢，直到2-3片真葉時才有較多二次側根；根群主要分佈在植株周圍45釐米、深度10-15釐米的土層中。根系相對不發達，根量少，入土淺，再生能力較弱，莖基部不易發生不定根，所以辣椒不耐旱也不耐澇。辣椒被水淹數小時後便會萎焉死亡，所以地塊要平整，排水良好；適宜生長在溼潤、肥沃、疏鬆的環境條件下，如富含有機質和透氣性良好的沙性土種植。
那麼怎麼才能讓辣椒根系發育好，產量高呢？
第一，辣椒定植時注意不要傷根
1、培育壯苗是種好辣椒的基礎，一般採用採用營養缽體育苗，移栽時儘量選擇小苗時，這樣能減少傷根。
2、定植時宜在陰天或晴天傍晚定植，起苗時要選擇壯苗，取苗時儘量保護坨土完整，邊栽邊澆定根水，定根水中加入具有促根作用的礦源黃腐酸系列肥料，效果很好；然後澆透水，最好覆膜，有利於保持土壤溼潤、疏鬆，特別有利於根系生長髮育。
第二，合理施肥
底肥中加入生物肥或有機肥，使土壤疏鬆，有利於根系發育、生長。以後結合澆水，追施複合肥3-4次，中間加入1-2次含礦源黃腐酸肥料，效果更好，黃腐酸能有效促進辣椒根系發育，促進養分吸收，使辣椒葉綠、苗壯、增產。
辣椒根系較淺，土傳病害對於辣椒根系的影響巨大，特別是辣椒根腐病，立枯病、猝倒病、疫病、青枯病等土傳病害，預防土傳病害可以選擇30%噁黴靈甲霜靈水劑稀釋1200-1500倍液，葉面噴霧，效果較好。
得病的田塊，在發病初期，先拔除病株，隨後用30%噁黴靈甲霜靈水劑稀釋1200-1500倍液在病株周圍2米範圍內灌根，防效可達80%以上，其他未發病田塊用30%噁黴靈甲霜靈水劑稀釋1000-1200倍液葉面噴霧。經濟實惠，效果非常好。真菌細菌病害混合發生的田塊，可以加入硫酸鏈黴素或者乙蒜素混合用藥，效果更好。
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