首先，達爾文進化論是有重大缺陷，但進化論這個核心觀點沒有問題。科學就是在不斷否定自我中前進的，如果一個100多年前提出的科學理論沒有缺陷，那才是不正常的。
達爾文
其實進化論（演化論）有很多種不同學說，達爾文的進化論僅是其中一種，而且甚至都算不上開山鼻祖。比如拉馬克就比達爾文還早提出生物是逐漸演化成現今模樣而非因為是神創而一成不變，要知道這在當時可算是非常離經叛道的說法。當然，現在是個中學生就知道拉馬克的“用進廢退”的獲得性遺傳學說是錯誤的（其實，達爾文也沒有否定獲得性遺傳，此外表觀遺傳學也在研究獲得性遺傳，只不過這是與拉馬克無關的另外一個故事），但在當時，拉馬克學說可算是非常有進步意義的。
達爾文演化論最大的一個漏洞就是“寒武紀生命大爆發”：在寒武紀之前的地層中，只發現了簡單的原核生物，但緊接著在短短2000萬年之內，地球上同時蹦出了一系列與現代動物形態基本相同的動物，連達爾文自己都覺得無法自圓其說。所以，後人提出了很多新學說來對達爾文的演化論進行修正，下面我介紹幾個比較有名的學說。
1、 新達爾文主義
最有名的代表性人物就是孟德爾，魏斯曼和摩爾根。（排名不分先後，大神們地下有知，不要出來咬我）孟德爾提出了性狀分離，魏斯曼用切斷尾巴的小鼠證偽了獲得性遺傳，摩爾根用果蠅證實了染色體攜帶遺傳物質，這些應該都在中學生物課中講授過（這點求證，我中學畢業的比較早，教材和現在不一樣，只是講課時看本科生都知道這些，所以猜他們中學時學過），我就不多囉嗦了。新達爾文主義最大的貢獻就是把遺傳和自然選擇結合起來，但是也有很大缺陷，限於當時的認知水平，他們只在個體水平上研究演化。
2、綜合進化論或曰現代達爾文主義
綜合進化論的主要觀點有：徹底否定獲得性遺傳、強調進化的漸進性、認為進化是群體而非個體現象、將物種看作是一個生殖隔離的種群、肯定了自然選擇的壓倒一切的重要性、認為進化的速度和方向幾乎完全是由自然選擇所決定等。
3、間斷平衡論
這是倆美國大牛埃爾德里奇（Niles Eldredge）和古爾德（Stephen Jay Gould）1972年提出的理論。他們認為進化是一種在短時間內爆發式產生的進化與在長時間穩定狀態下的一系列漸變進化之間交替進行的過程。
這個模型可以很好地解釋“寒武紀生命大爆發”，但是依然有很大的漏洞，有人反駁說從南方古猿到直立人，腦容量從400ml增加到900ml用了350萬年，這種腦容量的增長必須是漸變的，符合A的模型。所以間斷平衡論還在爭議中。
4、分子進化中的中性學說
68年由木村資生（Motoo Kimura）提出的，他的觀點是在分子水平上大多數的突變是中性的。學過生物學的都知道中心法則：遺傳信息的流向是DNA—RNA—蛋白。在核酸翻譯成蛋白的過程中，三個鹼基編碼一個氨基酸，也就是常說的三聯密碼子。如果僅有第三個鹼基發生突變而不會影響編碼的氨基酸，這個現象叫密碼子的簡併性。另外，很多時候氨基酸的突變也不會改變蛋白的功能區結構，同時基因組內還包括許多非編碼區，非編碼區的突變不會進行蛋白翻譯，所以這種突變也是無義突變。木村先生就是從這點下手，計算鹼基和蛋白的突變速率，得出這些突變往往並不會改變生物大分子的功能的結論，進而認為絕大多數突變是中性的，不會對個體造成有利或不利的影響。這種“中性突變”經過隨機的“遺傳漂變”在群體中固定下來或消失。請注意上面這句話中的“隨機”二字，這個學說是通過中性突變和隨機漂變這兩個概念削弱了達爾文的選擇理論，但依然不否認自然選擇。本學說近年來受到很大關注，但由於提出的時間比較短，而且還有別的例子可以反駁中性學說，比如血紅蛋白beta鏈第六位氨基酸突變本應導致鐮刀形紅細胞貧血症，這種病症的患者壽命極短，但卻可以抗瘧疾，使得在瘧疾流行地區有很多人具有這種突變，所以本學說還需要更多的數據進行驗證。
你看，不光達爾文的學說有很大的缺陷，後來用來修補達爾文理論的新理論依然有這種或那種的漏洞。可這就是科學，不斷地在肯定與否定自我的過程中向著正確的方向大步邁進或緩慢爬行。所以沒有必要糾結演化論是否有致命缺陷，因為它的大方向是對的。
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