实物补偿是否视同地价进行销项税额抵减问题这是目前营改增实施后，房地产行业面临的最大问题，目前在旧改中，大部分会选择实物补偿，该实物补偿需要视同销售缴纳增值税、土地增值税、企业所得税，同时构成了企业支付地价的一部分注1。 但是该部分地价构成，在增值税销项税额抵减的时候，是否可以如拆迁补偿款注2一样，视同地价一部分，进行销项税额抵减，目前房地产企业是处于不利地位的。注1：该实物补偿大部分都认为应当是地价一部分，房开企业应当缴纳契税，只是缴纳时点一直未明确。注2：向政府支付的土地价款，包括土地受让人向政府部分支付的征地和拆迁补偿费用，在取得土地时向其他单位或个人支付的拆迁补偿费用也允许在计算销售额时扣除。
地价抵减销项税额部分的土地增值税处理问题由于房地产行业的地价抵减政策，导致房地产业多了一部分收入，而该收入在土地增值税如何处理是不明确的，目前的会计准则确定的是冲销成本或者存货的方式，但是该会计准则是否可以约束土地增值税？不可以的，因为土地增值税是有明确的规定注3。白话来说就是土地价款可扣除的为企业缴纳的地价。注3：取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用。增值税附加在土地增值税扣除问题试想一种情形，如果房地产行业同时有别的业务，而该业务处于大额进项税的情况出现，由于进项税是一起申报，最后会出现房地产业用了别的进项税，但是计算土地增值税时，按照实缴的方式（以前营业税是不存在的），那么土地增值税这种针对这个项目增值情况缴纳税款的就扭曲了一部分增值额，因为占用了别的业务的附加税种。谈到附加税，印花税的问题也一直是被扭曲的增值额问题，以前因为入管理费用，一直无法在土地增值税税前扣除，而印花税当年的诞生就是因为让合同成为合法凭证所带来的增量成本（虽然现在已经失去了其本身的契约意义）。目前土地增值税的立法征求意见稿也将与房地产转移所发生的税金作为扣除项目，该税金是否包含印花税，后续待明确注4。注4：广东省清算规程已经将印花税纳入了税金可抵扣范围。
旧房的地价销项税额抵减问题若企业开发了一个房产，若将房产先自用一段时间，一年之后再转让，地价是否可以抵扣，若抵扣如何抵扣目前是不明确的。Eg：假如说一个10亿的房产，其地价为3亿，若该房产直接资产销售，则销售额为7（10-3）亿，但是若使用一年再出售，这个地价3亿是否可以进行销项税额抵减呢，目前是不明确的。
拆迁户收到补偿行为是否缴纳增值税的问题对于拆迁补偿款，是否征收增值税的问题，目前也是争论不一，主流观点认为应当免征增值税，但是目前也有认为这种直接拆迁的行为认定为销售不动产行为或者权益转让行为。后续将专门讨论。
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