劉玄滅亡的時候，劉秀正在加緊攻打洛陽。佔據洛陽之後，劉秀將洛陽定為都城。
漢朝之後的朝代，為了區分劉邦建立的“漢”和劉秀建立的“漢”，一般稱前面的為“前漢”，後面劉秀建立的“後漢”。但是到了宋代及其後，為了再與五代十國期間的“後漢”區分開，又根據都城的位置，稱“前漢”、“後漢”為“西漢”、“東漢”。
此時的長安一帶，戰火紛飛，更加混亂，但是鄧禹所部漢軍，卻一直徘徊在主戰場旁邊，靜待時機。
赤眉軍在佔據長安之前，算是紀律比較嚴明的軍隊，因而在剛剛佔據長安城的時候，頗受長安城中百姓的歡迎。
可是隨著勢力的擴大，人員的混雜，尤其是大量綠林軍的加入，再加上樊崇等人約束不嚴，赤眉軍的軍紀迅速敗壞，殺人、放火、搶劫等事件時有發生。
這下，可是更加苦了長安城中的百姓，繼王莽、劉玄肆虐之後，赤眉軍暴虐起來，更有甚之。
就在赤眉軍佔領長安的那年冬天的臘日，劉盆子在長樂宮中舉行慶典活動。就在慶典之上，各赤眉軍將領是惡行惡相，毫無禮儀可言，後來，更是互相爭吵，甚至動起手來。
這還不算，互相打出火氣之後，有人更是指揮手下士兵闖入皇宮，搶奪酒肉，胡亂殺人。負責皇宮安全保衛的衛尉諸葛稚得到消息，急忙帶兵趕來，連殺數百人，才平息下這場混亂。
嚇得那位放牛娃出身的劉盆子驚慌恐懼，日夜啼哭不止。
後來，樊崇等人都看不下去了，開始嚴肅軍紀，甚至不許士兵隨意離開軍營。赤眉軍的軍紀有所好轉。
但是此時，赤眉軍卻已經沒有糧食了。不光赤眉軍的糧食沒有了，整個長安城中的糧食幾乎都沒有了。
軍紀再嚴格也管不住餓著肚子的士兵，於是赤眉軍再一次大規模劫掠。
樊崇等人也知道長安城待不下去了，也就不再約束士兵。大家肆意搶劫一番之後，引軍殺向西方。
赤眉軍的狀況，早在鄧禹的預料之中。鄧禹自領軍向長安方向一路殺來的時候，軍中軍紀一直很嚴格，一路行來，秋毫無犯，因而深得民心。
就在長安一帶混亂無比的時候，本來已經到達長安附近的鄧禹，反而帶著軍隊越走越遠了。
見大家疑惑，鄧禹和大家解釋：“現在我們雖然也是兵多將廣，但是能打仗的精銳並沒有多少，我們的糧餉物資運輸也很困難。而且，赤眉軍兵馬更多。如果我們馬上進攻長安，一定會吃大虧。但是赤眉軍正因為人馬眾多，而長安城中積存的糧草有限，他們又沒有穩定的糧食來源，所以，用不了太長時間，赤眉軍必然陷入缺糧的困境。到那時，他們自己就會發生變亂。我們需要做的，就是解決我們自己的糧餉供應問題，同時遏制住赤眉軍外面的糧道，加速他們缺糧的進程。我已經計劃好了，長安西面的上郡、北地、安定三郡，都是產糧區，畜牧資源也很豐富。我們就先奪取這三個郡，然後靜待赤眉軍中發生變化。到那時，我們就能輕鬆戰勝赤眉軍了。”
鄧禹的話，讓手下將軍無不敬服。
當赤眉軍打算離開長安的時候，發現只有西去一條路可走了。如果要打回山東，必須經過洛陽一帶，而洛陽現在已經成了劉秀的都城，被劉秀經營的風雨不透，根本打不下來。北上方向，有鄧禹的大軍虎視眈眈，南下就是漢中和巴蜀了，道路難走不說，當地的割據勢力也很雄厚，根本打不過去。
樊崇等人倒也沒怎麼介意，西去就西去，反正聽說西面的安定、北地等郡，都是物產豐富的產糧區，正好可以補充一下軍需糧草。可誰知等赤眉軍大隊人馬到達安定、北地等郡的時候才發現，此地的糧食、牲畜等物資，早就被搶先一步的鄧禹率領漢軍搜刮的乾乾淨淨。
安定、北地也解決不了缺糧問題，赤眉軍只得繼續向西。結果在甘肅天水一帶，遇到了反出劉玄漢軍處的隗囂。雙方一場大戰，赤眉軍大敗，不得不避開天水，向西北方向逃走。
可當他們走到陽城、番須一帶的時候，又突然遇上了暴風雪，毫無準備之下，很多士卒被凍死。無奈之下，赤眉軍只得轉回身，又向長安方向而來。九月前後，赤眉軍又回到長安一帶。
就這樣，兜兜轉轉的，折騰將近半年時間，赤眉軍又回到了原點。
此時的赤眉軍，軍紀更加敗壞。眼見附近活人很少，十室九空，搶無可搶，於是開始發掘陵墓。
鄧禹率軍和赤眉軍一場大戰。可沒想到早就紅了眼的赤眉軍，爆發出超強的戰鬥力，將鄧禹的軍隊打得大敗。
劉秀見鄧禹連年征戰，士卒已經疲憊不堪，就將鄧禹及所部召回，派馮異率領另外一路兵馬，代替鄧禹，和赤眉軍周旋。
赤眉軍在長安一帶連續向四面征戰，可惜，敗多勝少，連連損兵折將，人馬持續縮水，四面受敵。
而且，長安一帶，因為連續戰亂，糧食近乎徹底絕跡，饑民哀嚎於四野，城郭皆空，白骨弊野。
如此慘況，讓赤眉軍徹底的搶無可搶，堅持到十二月，實在堅持不下去的樊崇，再次率軍撤離長安。
這次，樊崇鐵了心要返回山東，於是率軍一路向東殺來。
此時的赤眉軍，只剩下了二十幾萬人馬，而且，一邊行軍，一邊不時的有士卒悄悄離開，四散逃去。
赤眉軍離開長安不久，剛到華陰地區，就落入了劉秀的羅網，連連激戰。到公元27年1月，樊崇率領僅剩的十幾萬赤眉軍到達宜陽的時候，被劉秀親自率領大軍團團圍住。
走投無路的赤眉軍，在劉盆子、樊崇等人的帶領下，只得投降。
劉秀倒是沒有苛待劉盆子，給了他很多賞賜，還讓他做了自己叔父趙王劉良的郎中。後來，劉盆子因病雙目失明，劉秀還特意賜給他一塊封地，用封地的稅收來奉養劉盆子終身。在傀儡皇帝中，劉盆子算是難得的好運了。
劉秀也沒有難為其他赤眉軍將領，雖然沒有再讓他們當官，但是也都在洛陽城中，賞賜給了他們住宅和田地。
可惜，夏天的時候，不知為何，樊崇再次造反，被誅殺。
此時，綠林、赤眉兩隻最大的義軍算是都被徹底消滅。但是天下並沒有隨之安定，各地割據勢力，還有很多。
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