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1、蒸煮消毒法把已配製好的培養土，放入適當的容器中隔水在鍋中蒸煮消毒。這種方法只限於小規模栽培少量用土時應用。此外，也可將蒸汽通入土壤進行消毒，要求蒸汽溫度在100℃至120℃之間，消毒時間40至60分鐘。
2、福爾馬林消毒法用福爾馬林對培養土整體消毒，其方法是用福爾馬林(40%甲醛)200至300毫升，兌水25至30千克，噴灑在1000千克培養土中，充分拌勻後堆置，堆上覆蓋塑料薄膜等物，堆悶48至72小時，以達到徹底殺菌的效果。然後揭開塑料薄膜等覆蓋物，經1至2周後，把土弄鬆散些，待土壤中藥味散發後使用。3、二硫化碳消毒法把培養土堆積後，在土堆的上方穿幾個孔，每100立方米土壤注入350克二硫化碳，注入後在孔穴開口處用草稈等蓋嚴，經過48至72小時的堆悶，除去草蓋，攤開土堆，使二硫化碳全部散失即可。
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