即使在形形色色的叛乱军团中，阿尔法军团也是最独特的一个。阿尔法军团原先是隶属于人类帝国的星际战士第二十军团。后来在荷鲁斯叛乱中背叛人类帝国，成为令人类帝国最头疼的游击部队。他们是渗透、秘密行动、离间和欺骗的专家，他们的军队除了叛乱星际战士外，还包括许多混沌信徒和其他人类特工。
阿尔法军团的原体名为阿尔法瑞斯，但其实他还有一个孪生兄弟欧米伽，后者的存在只有原体本人及为数不多的阿尔法军团高层知晓，他们也是帝皇在大远征时期最后找到基因原体，双生子其中一个后来被基里曼杀死（天知道被杀死的到底是不是分身）。尽管它似乎对混沌效忠，但对阿尔法军团已知历史的更仔细的考察表明，他们似乎隐藏着更大的秘密（再问一遍，什么颜色最忠诚！）。此外，阿尔法军团所有人都整容的和原体一模一样。此外，阿尔法军团有一种将原体血液注入星际战士体内在一定时间内假装是原体的耍诈把戏，所以大家都是阿尔法瑞斯。
作为星际战士军团，阿尔法军团完全有能力进行超人类战士的军事行动。但是，阿尔法的战士们倾向于使用隐身和狡猾的手段，宁愿采用这种战术，也不愿采用更为平凡的战争方法。
阿尔法喜欢使用各种阴谋诡计来渗透进入敌人内部，可能敌人在得知开战消息时，其内部就已经被渗透消灭七七八八了。据说在阿尔法军团征服Tesstra Prime的世界时，这种战术引起了极限战士原体基里曼的鄙视，基里曼一向崇尚经典的军团大规模作战。阿尔法瑞斯则认为基里曼的战术粗陋简单，这点上荷鲁斯也同意他的看法。
众所周知，阿尔法军团曾参与过荷鲁斯之乱，在第二波的攻击，阿尔法军团显露了他们早已加入了浑沌力量，登陆了伊斯塔安三号并在之后被命名为登陆点大屠杀事件中摧毁了三支忠心的军团。一些学者相信这项陷阱其实就是阿尔法瑞斯设计的，因为这个陷阱和阿尔法军团的风格极为相似。
除了采取这一行动外，阿尔法军团基本上没有保留荷鲁斯异端的叙述，只是在少数地方出现，而且常常是矛盾的。太空野狼和白痕的历史记录都记录了与阿尔法军团的战斗，阿尔法瑞斯似乎沉迷于他与昔日兄弟的战斗中。
与此同时，他奉行自己的策略。即使在荷鲁斯被击败之后，阿尔法军团仍在继续战斗，一直朝着银河系东部前进。因此，军团并没有像其他许多人一样逃进恐惧之眼，而是愈战愈勇开始了和极限战士的战斗。在战斗的最后，阿尔法瑞斯和基里曼兄弟二人开始了决斗，战斗以基里曼胜利告终。
吉利曼用极大的怒火烧毁了叛徒原体的尸体后，率领他的军团对付阿尔法军团的残余兵力，但发现军团并未瓦解，反而发动了一系列狡猾且往往是毁灭性的反击。经过数天的艰苦战斗之后，基里曼放弃了光荣的胜利方式，他离开了战场前线，下令进行大规模的轨道轰炸。
阿尔法军团在帝国重整和皇帝被放入黄金王座的这段时间消失灭迹。他们并没有和他们的同胞一起撤退至恐惧之眼，他们仍然躲在一些藏在帝国中的基地里，有时候审判团会发布阿尔法军团已经被摧毁的消息。可是他们每次都成功生存并在一阵攻击后重新出现。
阿尔法军团在叛乱途中就出现了内讧的现象，且不说阿尔法瑞斯和欧米冈的意见分歧，他们自己在打忠诚派的时候也在热火朝天地内战，到40K所有人也不是很懂二十军团到底在想什么。有些人声称阿尔法是一个宏伟的计划，尽管谁也不能说。阿尔法军团的战斗方式就装饰着他们的盔甲上的九头蛇-每次砍掉一个头，生出另一个头。（看什么看，你也是阿尔法瑞斯）
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