在一处昏暗的书房中，教父维托柯里昂抚摸着猫咪，正接见一名借婚礼之机有求于他的访客。而窗外正热闹非凡。名流们庆祝着教父的女儿康妮和女婿卡洛的婚礼，加上当红歌手强尼的到来，果不其然在婚礼现场引起了许多粉丝的尖叫。
在来参加婚礼的人群当中，维托柯里昂最小的儿子麦克，带着自己的女友凯来参加婚礼。麦克告诉凯，强尼如此大红都是父亲一手造就的，因为是父亲手枪顶着乐队领班的头，如果乐队领班不答应，那么他就会面临脑袋开花的下场。凯听完后很是震惊，麦克很自然的解释，那是我的家庭，我不会那样做。
婚礼结束后，强尼来到书房里开始向教父哭诉。原来有一个再度走红的机会就摆在自己面前，是一部新电影的主角，根本就是为他量身定做，应该由他来演可是电影公司老板断然拒绝了他的毛遂自荐。教父为了满足强尼的要求，要给电影公司老板开个无法拒绝的条件，随后安排军师汤姆去办好这件事。
当军师来到好莱坞片场后，电影公司老板知道来者不善，但还是假装热情接待了他，并向他炫耀一匹价值60万美元的骏马。军师提及强尼想扮演那个新角色的事情时，老板脸色一变，声称坚决不会让强尼拿到这个角色，因为这就是对拐走自己女星的惩罚。然而，第二天一早，老板醒来感觉被窝里有些异样，掀开被子一看居然是他刚炫耀没多久的那匹60万骏马的头。
把好莱坞的事情搞定后，军师便立刻赶回来和教父商量关于土耳其毒枭索拉佐的事情，得知毒枭已来到纽约，想要在美国发展毒品生意就得有黑社会五大家族做他的后盾。
而维托柯里昂家族掌握着政府关系，是很重要的关键，但教父一开始就打定了碰不得毒品的决定，礼貌回绝了毒枭的要求，谁知教父的长子桑尼说漏了嘴，让毒枭觉得有机可乘。
毒枭特意在教父的一次外出中，安排两名枪手在集市上刺杀了他。与此同时，军师被毒枭劫走，还告诉军师教父已死，希望军师可以去说服桑尼参与毒品生意。实际上，教父虽身中数枪却有幸生还，教父的儿子们将重伤的父亲安顿好后，准备反击。首先找的就是出卖了教父的保镖，轻松将保镖诱拐出来并结果了他的性命。
麦克在探望医院里的父亲时，意外地制止了敌人对教父的第二次暗杀，还发现了警长原来已经被毒枭买通。毒枭眼看两次暗杀都不成功，就提出了谈判，并指明让维托柯里昂家族里看上去最没威胁也毫无黑社会经验的麦克来谈。
麦克意识到毒枭不杀死父亲是决不罢休的，决定将计就计借以谈判机会除掉毒枭和警长。但麦克身上是不能带武器的，他们预先打听到谈判的地点，在厕所的马桶后面藏好了枪支。他在谈判中借口去洗手间拿到武器后迅速击败毒枭和警长。
按着计划，麦克远走意大利躲避风头。虽然毒枭已死，但战争还未结束。其余四大家族中还是有人对毒品交易十分感兴趣，可是教父不合作的话，他们也无法顺利贩毒，于是新的斗争又开始了。桑尼得知妹妹康妮受到妹夫卡洛的虐待时，一言不合就驱车找卡洛算账，军师还来不及阻拦紧随其后，最后却只见到了满身枪眼的桑尼。
教父的长子桑尼被谋杀，最小的儿子也被迫远走意大利避难，另一个儿子却平平无奇毫无领导才能。教父心力交瘁，不想再失去其他家庭成员，而且迫切需要麦克回来接班。
随后教父开始出席全纽约黑帮代表大会，警告其他四大家族首脑，他绝不会像对赌博和皮肉生意那样对毒品交易睁一只眼闭一只眼的，一旦参与贩毒，那么政界的重要人物与自己的友谊，联邦政府对黑社会的容忍也就真的到头。
然而此时的其他家族已唯巴西尼马首是瞻，巴西觉得教父未免太谨慎，并强制要求他握有的全纽约法律界和政界势力要和他们分享。教父有些抵不住其余家族施加的压力，只好暂且同意提供帮助，并不再追究长子遇害的事，并要求其余家族能确保麦克安全回国。
此时的麦克在意大利避难，并和当地的美丽姑娘结了婚。但后来因为黑帮的追杀，妻子不幸在车中被炸死，等到回美国继承家业时，已是孤身一人的他再次结婚，新妻子是阔别已久的前女友凯。
麦克也不再是以前那个能置身这家族以外的青年军官，成了领导家族的新首领。现在的其他家族如军师当年所言，都通过贩毒获得了巨额利润，教父家族逐渐在纽约难以立足。老教父自有自己的打算，想要和小儿子麦克着手将柯里昂家族洗白，将黑帮非法事业转变为合法的娱乐演艺事业。
多年后，在一个阳光明媚的日子里，麦克带着妻儿来拜访父亲维托。和孩子玩耍时，谁知父亲心脏病突发，悄然离世。在老教父的葬礼上，麦克不动神色观察着每一位来宾，父亲去世前的嘱咐也还在耳边回响：谁邀请你去和巴西尼谈话，那人就是叛徒。
当泰西欧走上前来时，麦克已明白一切。老教父的手下们纷纷给其余家族的首领都送去了专属柯里昂的问候，没错就是用枪支来击杀。
当麦克亲自来到姐夫卡洛面前，告诉他巴西尼和其余家族头领已死，让他坦白参与谋杀哥哥桑尼的事情。得到了麦克的“不会让妹妹成为寡妇”的保证，卡洛这才承认与巴西尼勾结谋害桑尼。
麦克怎么会轻易放过这个杀人凶手，很快处决了卡洛。失去了丈夫的康妮歇斯底里告诉凯，是迈克杀死了自己的丈夫，麦克则轻描淡写让人支走了妹妹康妮，凯有些谨慎的问到，这都是真的吗。麦克却摇了摇头，不是。凯松了一口气，正转身离开，回头却看到柯里昂家族的元老们正向麦克致敬......
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