清代的達賴喇嘛，從五世到十三世，共有九位，即五世羅桑嘉措（1617-1682），六世倉央嘉措（1683-1706），七世格桑嘉措（1708-1757），八世強白嘉措（1758-1804），九世隆朵嘉措（1805-1815），十世楚臣嘉措（1816-1837），十一世克珠嘉措（1838-1855），十二世成烈嘉措（1856-1875），十三世土登嘉措（1876-1930）。
在大清還沒入關前，皇太極為了解決漠北蒙古歸附問題，便派使者到西藏，往召五世達賴喇嘛。清朝定都北京後，順治帝為了穩定蒙古地區的形勢，又多次派人往召五世達賴喇嘛。順治九年，五世達賴喇嘛到達北京，順治帝在南苑親自迎接。順治十年，五世達賴喇嘛離京返藏，在清政府贈送其金冊金印，冊印上用漢、滿、蒙、藏四種文字刻寫著清政府對五世達賴喇嘛的封號："西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛"。此後，歷輩達賴喇嘛轉世，都要經過清政府冊封，並延續上述封號。
康熙年間，一度出現了"真假達賴喇嘛"之爭，產生了三位六世達賴喇嘛，這和當時西藏動盪的局勢有關。原來，康熙二十一年五世達賴喇嘛圓寂，他生前委任的第巴桑結嘉措秘不發喪，並私立倉央嘉措為六世達賴喇嘛。統治西藏的和碩特蒙古貴族首領拉藏汗不予承認。康熙帝后來也稱倉央嘉措為"假達賴喇嘛"。康熙四十五年，倉央嘉措在解京途中，病死於青海。
康熙四十九年，西藏黃教上層僧侶和青海蒙古首領說格桑嘉措是倉央嘉措的轉世靈童，要求立格桑嘉措為"弘法覺眾"第六世達賴喇嘛，康熙帝最終同意。乾隆四十六年，格桑嘉措圓寂，乾隆帝封他的後世強白嘉措為第八世達賴喇嘛。這就意味著，清政府承認了倉央嘉措為第六世達賴喇嘛，格桑嘉措是第七世達賴喇嘛。
西藏的十三世達賴喇嘛都曾受到清政府的冊封和貶黜。光緒五年，清政府准許十三世達賴喇嘛用前輩金印，並延續封號。光緒三十年，暫行革去名號，後又恢復。十三世達賴喇嘛的受封和遭貶，反映了帝國主義勢力侵入西藏後，西藏地方和清朝中央政府的複雜關係，以及清政府對西藏的政策。
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