李自成死後，大順軍餘部為尋求自保，在李自成的侄子李錦 和內弟（李自成妻子的弟弟）高一功的帶領下，歸順了南明政權，由南明五省軍務總督江騰蛟負責節制，與南明聯合抗擊清朝。
但是南明弘光政權對農民軍有偏見，而且對天下的局勢沒有任何遠見，他們本身就不把抗擊清軍作為主要事項，而且在大敵當前，危若累卵的情況下還不願意拋棄前嫌，與農民軍共同抗擊清軍。
明末剃髮
別說一般的明朝官員，就連抵抗清軍而死的著名英雄史可法，在清軍南下的時候還認為：“王宜素服郊次，發師北征，示天下以必報仇之義。”
更令人感到寒心的是，面對虎視眈眈的清軍，這個弘光小朝廷居然還在搞內亂，大搞“以六等定從逆諸臣罪”，把曾經投降過農民軍和參加過農民軍的文武官員按照所謂“從逆”之罪的輕重進行分別懲罰，最重的要處以凌遲之刑。
農民軍在抵抗阻擊清軍的最前線浴血奮戰，南明弘光皇帝卻下詔：“其有身雖陷賊，能改圖歸正，擒殺賊首，及以兵馬城池來歸；或為內應，克立大功；或為內間，效忠本朝者，仍從優升賞，不用此例。”這樣的朝廷怎麼能不讓農民軍寒心。
弘光政權發行的貨幣
相對比之下，滿洲統治者更有政治頭腦。當滿洲統治者看到農民軍有可能和南明政權聯合的苗頭，就費盡心機拉一夥，打一夥，離間打壓他們之間的關係，為自己的各個擊破創造條件。
多爾袞曾經給史可法寫過信，洋洋灑灑，談的都是明朝與農民軍的血海深仇，幫明朝痛罵李自成農民軍，“夫闖賊但為明朝祟耳”，以此來挑撥明朝官兵和農民軍之間的仇恨。
攝政王多爾袞
而在具體政策上，弘光政權明裡暗裡都非常歧視投降過農民軍和參加過農民軍的文臣武將，清朝卻剛好相反。
《清世祖實錄》記載順治元年（1643年）九月，清朝攝政王多爾袞諭令清朝文武百官：“凡文武官員軍民人等，不論原屬流賊，或為流賊逼勒投降者，若能歸誠我朝，仍準錄用；儻抗拒不服，置之重法，妻子為奴；開城投順者，加升一級，恩及子孫；有能擒獻賊渠將佐者，論功優升，永同帶礪。”
李錦家譜
農民軍與南明政權的聯合是被戰爭形勢所迫，但也是大勢所趨，不管社會上儒家君臣禮教思想如何濃厚，南明官員如何反感農民軍，但是雙方聯合已經是既定事實，而且聯合形式多種多樣。
一些是明朝愛國官紳生員拉起的地方農民團練；一些是農民軍殘部加入南明朝軍隊一起抗擊清軍；還有的是農民軍大部保持自己的組織形式與南明官兵聯合作戰。
弘光時期除了李自成親自統率農民軍在河南、陝西牽制阿濟格、多鐸兩親王所部清軍主力以外，在中原地區的農民軍也對清軍也造成了很大的影響。
朝清河南巡撫羅繡錦奏稱，河南不能穩定，主要原因就是有農民軍殘部和明朝官吏士紳往來勾結。
更為典型的是明朝進士凌駉決定在山東地區組織地方義軍來對付農民軍，他認為要聯合清軍“合兵討賊”，但是又認為要“名為西伐，實作東防”，對清朝有所防備。
清朝請他當兵科給事中，他又不幹，自己跑到南明弘光政權那邊當監察御史，巡按河南。後來他組織當地土兵守城抗擊清朝，失敗被捉，清豫親王多鐸責問他：“御史私渡河，復抗大軍，何也?”意思就是說你已經和清朝商量好了，清朝也沒虧待你，為什麼還要抵抗清軍？凌駉未回答。
這位凌駉進士已經用自己的行動說明了自己的複雜思想，那時的明朝官員士紳，雖然習慣於高喊討伐農民軍，為君父崇禎皇帝報仇，但事實上不但做不到，還與農民軍進行某種形式上的聯合；雖然想要和清朝通好，共同消滅農民軍，卻往往因為清朝是女真政權而走到了清朝反面，甚至最後與清軍決一死戰。
南明將領
所以農民軍與南明政權的聯合在異族政權強大的實力下，只會越來越緊密。
事實也證明這種發展趨勢：弘光政權以後的隆武政權和魯王監國時期，農民軍與南明朝廷雙方從配合逐漸走向了聯合，農民軍聯合南明政權的程度越來越緊密，之間的關係也越來越複雜。
弘光政權覆滅之後，隆武政權興起，這時候最大的進步就是李自成餘部和明朝總督湖廣、四川、雲南、貴州、廣西軍務的何騰蛟進行聯合。
李自成因潼關之戰被清軍大敗，放棄西安南走湖廣地區，而且還擁有二十萬農民軍。
這時候清朝豫親王多鐸率領的大軍已經準備南下，留下阿濟格軍追擊李自成農民軍殘部。經過商州、龍居寨到達鄧州，李自成農民軍殘部被阿濟格追擊。從這裡李自成決定向湖北進發，到達武昌修整。在一路南逃的過程中，在清軍一路的追擊中，李自成的部眾很多都失散了。
順治三年（1645年）五月，李自成率輕騎二十餘人，登上通山縣九宮山察看地形，遭到地方鄉兵的突然襲擊。李自成被殺，年僅39歲。
闖王李自成
李自成一死，農民軍頓時成為無頭蒼蠅，各部四散作戰。
部將劉體仁、郝搖旗領著四五萬農民軍殘部湧入湖南湘陰。督師何騰蛟派人到湘陰，以該地偏小不足容大軍為由請農民軍移駐長沙。郝搖旗等人到了長沙之後，受到何騰蛟的熱烈歡迎，“開誠撫慰，宴飲盡歡，以牛酒犒其從者”。
不久，李自成的妻子高夫人和她的弟弟高一功，李自成的侄子李錦，也率領大順軍殘部數十萬到了常德，何騰蛟命令巡撫堵胤錫將他們安置在荊州。李錦改名為李赤心，高一功改名為高必正，所部稱號為“忠貞營”。
何騰蛟以與農民軍聯合的大功，受到南明隆武皇帝的嘉獎，晉升為東閣大學士，兼兵部尚書，封為定興伯。
從此在湖廣一帶以農民軍為基礎建立起來“十三鎮”一直都是抗擊清軍的中堅力量。
但忠貞營的人馬在南明軍隊中一直屢受排擠，後來李錦在廣西病死。高一功在軍中更加孤掌難鳴，於是他就率忠貞營出走鄂西。誰知行軍途中降清將領孫可望部伏擊，高一功不幸戰死。
剩下的部隊由李錦的義子李來亨來統領，順治七年（1650年）由高一功及李錦義子李來亨率領的大順軍殘部到達巴東的西山，與一直在這裡抵抗清軍的大順軍舊部郝搖旗、劉體純部會師。
郝搖旗、劉體純等大順軍舊部在與李來亨會合之前已經與在鄖西抗擊清軍的王光興、王光昌等南明軍聯合起來了，李來亨率領大順軍殘部到來之後，鄂川地區的十三個抗擊清軍的軍隊將領一致推舉李來亨為共主，劉體純、王光興總領軍務，實現了抗清軍隊大聯盟，史稱夔東十三家軍。
夔東十三家軍
郝搖旗、劉體純等據守荊巴大江以北，王光興等據守大江以南，姚天動、黃龍領導的農民起義軍與譚文、譚詣、譚宏領導的抗擊清軍的部隊據守夔敘一帶。
夔東十三家在鄂川地區招徠流亡人民，開荒種地，訓練部隊，奉明東安王朱宗蒗為主，號召“勤王滅虜(清朝)”，李來亨與各部將領共同探討軍政大事，給清朝很大的威脅。
順治九年（1651年）十一月，洪承疇上奏清朝朝廷，“湖廣南有孫可望抗拒，北有郝搖旗、一隻虎(李錦諢號，這裡指的是李錦義子李來亨)屯聚。”
順治十六年（1659年），清軍決定大舉進攻貴州、雲南地區，劉體純、李來亨、譚文等部聯合圍攻重慶，震動清朝朝堂，使得南下的清軍受到極大的牽制。但是因為譚詣、譚宏叛變並殺害譚文投降清軍，使得十三家軍的努力付之東流。
康熙二年（1662年）初，清朝調集陝西、湖北、四川省兵力，進攻夔東十三家軍。
陝西總督白如梅、提督王一正，進攻房竹一帶的時候遭到郝搖旗部的阻擊；四川總督李國英進攻昌寧一帶的時候遭到劉體純、袁宗第部的阻擊；湖廣總督張長庚陵進攻西山，遭到李來亨部的阻擊。
但是因為敵我太過懸殊，使得夔東十三家軍的基地越來越小，戰爭也逐漸集中在湖廣鄖襄西山一帶。清軍由楚、蜀兩路夾攻，李來亨等人只能退守山寨，但清軍也傷亡慘重，無法繼續前進。後李來亨突然想到一計，命令將士剃髮，扮成商販混入清軍兵營。李來亨率領部隊從山寨攻擊，清軍倉促迎戰，清軍大營內部將士裡應外合，大呼起火，清軍大敗。湖廣總督的軍隊只能退守彝陵，四川總督李國英的軍隊也被郝搖旗部所擊退。
八月，清朝決定調集大軍徹底剿滅夔東十三家軍，清朝任命穆裡瑪為靖西將軍、圖海為定西將軍，又調西安將軍傅喀禪，率領八旗精銳圍攻西山。
十月，李來亨、郝搖旗等部向四川巫山發動進攻，準備攻陷四川，求得一線生機，四川總督李國英頑固抵抗。
十二月二十三日，清軍集中八旗精銳和綠營助力攻打天池寨，與十三家軍決戰。
此次戰役，劉體純戰敗自殺，郝搖旗、袁宗第犧牲，明東安王被擒，許多將領均投降清朝。
愛國將領
李來亨部三萬人陷入清軍包圍，在大勢已去、彈盡糧絕的情況下，仍然堅持反抗。
後穆裡瑪、圖海指揮八旗精銳和綠營主力進攻茅麓山，攻破山寨。李來亨全家舉火自焚，壯烈犧牲。
自李自成退出北京以來，大順農民軍堅持抗清鬥爭近二十年。夔東十三家的抗清活動一直堅持到康熙年間。
李來亨、郝搖旗失敗犧牲，標誌著李自成的大順農民軍最後一支隊伍被清軍消滅了。至此，堅持抗擊清朝長達二十餘年的夔東十三家軍宣告失敗。
他們的失敗使得南明政權與李定國、白文選等愛國農民將領更進一步的聯合以抗擊清軍，但是他們已經錯過了最好的時機，此時的清朝大勢已成，不可撼動。，南明政權的覆滅已成必然。
城破家亡
明末農民軍雖然素質參差不齊，有人投降了清朝，有人卻延續了漢人不屈的氣節，而夔東十三家雖然名氣小，卻氣節永存。
在明朝官員紛紛投降清朝，還爭做帶路黨的時候，農民軍卻依然奮戰在一線，抗擊清軍，不僅僅夔東十三家如此，李定國、白文選也是如此，他們雖然敗了，但是他們的存在代表著漢人最後的血性。
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