一. 防治病害的原則
1 . 選擇抗病品種
辣椒在我國的品種非常豐富，各地都有抗病性強，耐熱性強，耐寒性強，生長期短的品種，選擇抗病品種，不僅能夠節省農藥投入，節省了田間管理，還符合生產無公害辣椒的宗旨。
2 . 病害以防為主
辣椒病害主要發生在結果期，此時應以疫病，炭疽病，灰黴病的防治為重點，其中病毒病，以防治傳毒昆蟲為主。
3. 提高栽培技術
從整地與選地，育苗，定植等方面，創造有利於辣椒生長髮育，同時能夠抑制病菌生長和繁殖的環境條件，促進苗齊，苗壯，提高抗病性減少病害的發生。
4. 符合無公害化生產
以農業綜合防為主，化學農藥為輔，當病害發生時可以選用高效低毒的農藥，做到上市的辣椒，農藥殘留不超標。
二 . 非 侵 染 性 病 害
辣椒的病害，有侵染性病害和非侵染性病害，實際上這是兩個不同的概念，侵染性病害指的是能夠進行傳播侵染的，而且侵染性病害會不間斷的循環，條件惡化的時候選擇休眠，在適當的條件下，重新傳播這就是侵染性病害的一個惡性循環。
非侵染性病害由於植物自身的問題，比如品種遺傳病，生理缺陷，也或者是由於在生長環境中有不適宜的光照，溫度，溼度，土壤肥料不足，空氣汙染，農藥過量等於直接或間接引起的一類病害。
辣椒中常見的非侵染性病害主要有，澇病害，燒根病害，辣椒臍腐病。
（1）澇病害
主要危害：如果辣椒遭受澇害，輕度的話，半天就可恢復，重度的話，會永久萎蔫並最終枯死。
防治技術：如果夏季發生澇害，要迅速排水，同時用井水先澆灌後排出的方法，降低土壤溫度，緩解病害。
如果是重度澇害，對一些受淹較重，但根系還未死得辣椒，可適當通過解除地上部分過密的枝葉或遮陽網，短期適當遮陰，防止雨後暴曬，減少蒸發。
中耕培土，及時中耕培土，這樣既有利於排水，又利於促進根系生長防止倒伏。
（2）燒根病害
主要危害：燒根現象，主要發生在苗期和成株期，表現為根尖變黃，不發新根，前期一般不爛根，但地上部生長緩慢，植株較為矮小，成株期發生燒根病害，燒根輕的溫度高時打蔫，早晚溫度低時尚能恢復，後期植株逐漸乾枯，但莖部不會出現異常。
防治技術：燒跟現象的發生多半是由於施用過量未充分腐熟的有機肥或是土壤供水不足情況下施用，針對性採取防治技術，要科學合理施肥，追施生物有機複合肥，也可用人糞尿配置，最好不要用雞糞，必須用時一定要充分腐熟，對已經發生燒根的，要增加灌水量降低土壤溶液濃度。
（5）辣椒臍腐病
主要危害：辣椒臍腐病主要發生在結果期，主要危害果實，讓果實發生腐爛現象，初期的症狀是，果實出現綠色水浸狀斑點，然後迅速擴大，甚至可以擴至半個果實。
臍腐病一般在高溫乾旱的環境中，水分供應時常時容易出現，另外如果土壤中氮肥過多，而鈣元素缺乏也會發病。
防治技術：在整個生長期間，尤其是結果期對水分的需求量比較大，要保證水分的供給，另外關於土壤缺鈣現象，可以噴灑1%過磷酸鈣，或者0.1%的氯化鈣，或者0.1%的硝酸鈣，連續兩到三次，可預防或減輕臍腐病。
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