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东晋是中国历史上一个君弱臣强的朝代，权臣压主的现象一再重演，地方军阀与朝廷争战不休，其中最大的一次内乱，便是桓玄篡位夺权。
桓玄是权臣桓温的儿子，凭借老爹留下的政治资本，一步步崛起成为地方军政巨头，都督荆、江、司、雍、秦、梁、益、宁八州诸军事，兼荆、江二州刺史。桓玄与执掌朝政的司马道子、司马元显父子结怨甚深，父子俩弄权既久，把搞得乌烟瘴气，朝野皆愤，民变迭起，这为桓玄挑战朝廷提供了借口。
年轻气盛的司马元显打算先下手为强，干掉桓玄。公元402年正月初一，朝廷发布诏令，宣布桓玄之罪状，并以司马元显为征讨大都督，主持讨伐事宜。司马元显敢发动战争，主要是手中握有一张王牌：能征善战、驰名天下的北府军。然而，北府军统帅刘牢之消极怠工，打着自己的小算盘。
桓玄虽然实力强大，然对北府军一直有畏惧之心。由于刘牢之持观望态度，桓玄得以长驱直入，兵抵历阳，豫州刺史司马尚之一战而溃，兵败被俘。
当时北府军驻扎于溧州，参军刘裕见大帅迟迟不动，主动请战，刘牢之不同意。在他看来，无论是桓玄还是司马元显，都不是善茬。相比之下，他更讨厌司马元显，因为此时这位小爷只有二十一岁，但为人目空一切，喜欢耍小聪明。刘牢之认为如果自己打败桓玄，只会让司马元显在朝廷之上更加无法无天。
这时，桓玄派人前来策反，刘牢之怦然心动。其子刘敬宣反对道：“如今国家衰危，天下之重心在于父亲大人与桓玄两人之手。桓玄凭借桓温、桓冲留下的政治资本，据有荆楚之地，晋国三分之二的土地在其控制。若是纵容他凌驾朝廷之上，等他威望高涨之后，就无法制服了，我担心他就是今日之董卓。”
刘牢之怒斥道：“今天若要取桓玄性命，易如反掌；只是消灭桓玄后，司马元显势必坐大，到时我就对他无可奈何了。”在刘牢之看来，自己与桓玄无甚仇怨，以北府军这张王牌，足以制衡桓玄。
由于刘牢之突然倒戈，桓玄顺利打到建康城下。朝廷军一战即溃，司马元显束手就擒。大获全胜的桓玄出任丞相，都督中外诸军事，清洗司马道子、司马元显父子一党，完全把持朝政。
对桓玄来说，刘牢之的北府军是一大威胁。他一纸令下，任命刘牢之为会稽内史，实则欲削夺其兵权。刘牢之大惊失色，想要起兵对抗桓玄。然而，形势的发展与他的预料完全不同。
首先，司马氏父子弄权日久，朝野共愤，故而桓玄把持朝政后，大家对他还是有所期盼的。战乱刚定，你又要开战，不得人心。其次，刘牢之在朝廷与地方的三场战争中，反反复复，一会出卖上司，投靠朝廷，一会出卖朝廷，投靠桓玄。这种反复背叛的行径令他在军队中的名望一落千丈，众将士纷起抵制他的第三次背叛，刘裕、刘袭等人先后离去。众叛亲离的刘牢之情知大势已去，选择自杀。
桓玄执政后，朝野上下希望这位铁腕人物能扭转朝廷的歪风邪气。然而，不久后大家便失望了。桓玄心里盘计的只是自己的权势，北府军势力不除，他内心不安。于是，一场针对北府军高层的血洗开始了。北府军旧将高素、竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武等皆被诛杀。刘袭的哥哥刘轨与司马休之、刘敬宣、高雅之等人起兵，战败逃遁至西秦或南燕。
但有一个北府军重要将领并没在桓玄清洗的名单之中，此人便是刘裕。为什么桓玄偏偏放过刘裕呢？两个原因：第一，当初刘牢之想起兵反桓玄，刘裕是第一个开溜的；第二，沿海的海盗势力卷土重来，打击海盗，还得倚赖作战经验丰富的刘裕。
不过，桓玄没有想到，自己最后还是栽在刘裕手中。在桓玄自立为帝后，刘裕集合北府旧部，发动起义，颠覆桓楚政权。北府军的实力，还确实不是吹出来的。
君山话史
关键在于刘牢之政治眼光太差，又是一个军事才能优秀，政治水平低分的人物，偏偏还自以为是。
淝水之战刘牢之一战成名，一度追击到邺城，谢玄隐退，刘牢之是北府军的顶梁，但目光短浅，当桓玄冲进建康，树倒猕猴散的北府军，被桓玄以朝廷名义逐一清洗。
桓玄能轻易的清洗北府高层，最主要的原因在于刘牢之自己挖坑，把自己埋了。
桓玄起兵，刘牢之为何按兵不动？自以为才智了得加上手握强兵
桓玄起兵后，司马元显任命刘牢之讨伐桓玄，但是桓玄派人一通劝说之后，刘牢之就按兵不动。
桓玄给的理由是
第一司马父子无容人之量，桓玄之后，下一个就是刘牢之自己；第二刘牢之立下大功，功高震主，难免出现兔死狗烹的情况。
这两点倒也的确说中了刘牢之的心病，不过刘牢之考虑的还不止这些，难道刘牢之就不怕桓玄成功后会除掉他么？
刘牢之打了那么多仗，自然也考虑到这一块了，晋书记载：
假手于玄，诛除执政，然后乘（桓）玄之隙，可以得志于天下，将许（桓）玄降刘牢之觉得自己手握强兵，才能算略足以经纶江表，所以刘牢之就势下坡，按兵不动。
结果没有阻碍的桓玄一路冲进建康，把持了朝政。
桓玄清理北府兵为何没有遇到抵抗？
桓玄把持朝政之后，就着手清晰北府高层，这一段时间刘牢之败的非常迅速。
第一个重要的原因就是刘牢之政治品格不行，三次背叛，手下已经人心尽失。再加上关键时刻又犹豫不决，最终众叛亲离。
刘敬宣劝刘牢之袭击桓玄，结果刘牢之犹豫不决，召集众人，得到的却是一顿训斥
参军刘袭曰：“事不可者莫大于反，而将军往年反王兗州，近日反司马郎君，今复欲反桓公。一人而三反，岂得立也。”语毕，趋出，佐吏多散走。三次背反，说明刘牢之没有自己的坚定立场，品格是一回事，更关键的是手下将领得不到安全感。
第二个原因便是，桓玄此时入主朝廷，但是还未暴露野心，占据朝廷大义夺刘牢之兵权，刘牢之从名分上无力反抗。
战乱刚定，人心思安，这个时候刘牢之再起兵祸，根本得不到世人支持，况且局势已经平定，刘牢之再起兵讨伐也师出无名。一切如同刘敬宣先前预料的“威望既成，则难图也”
所以刘牢之因为自己的短浅目光，错过了机会，只能认输。没有了刘牢之，这个时候北府军已经四散，桓玄对于这支自己无法掌控的军队，下手也非常迅速，不到一年，高素、竺谦之、竺朗之、刘袭、刘季武、孙无终等都被桓玄所杀。
可以说北府军在桓玄之乱前期之所以败的那么迅速，主要是因为刘牢之的问题。
妖鬼杂谈录
因为刘牢之本身能力就不行，胆量更是一般，加上当时他自己也居心不良，最终投降了桓玄，最后任人宰割。
虽然刘牢之号称名将，在淝水之战中居功至伟，但那一场大战本身就是乌龙，东晋能胜利，只是运气好，正好符坚自己找死，他手下那些归附势力巴不得他完蛋。可惜了王猛大才英年早逝，要不然历史完全改写。
