郑成功收复台湾后不久就去逝了，他的长子郑经继位。清朝曾几次派员到台湾“招抚”，郑经都拒绝了。他坚持台湾要与朝鲜的待遇相同：不剃发，不换清朝服装。清政府坚决反对，认为台湾是中国领土，不能与藩属朝鲜相提并论。
康熙
由于双方立场完全对立，没有达成协议。这时，清王朝正集中力量削弱“三藩”割据势力，台湾问题便暂时搁置下来。这期间郑军和清军在福建沿海经常有军事对抗。清军对郑军除军事打击外，还采取封锁和诱降活动，致使郑军有10多万人先后投降清军。清军在平定了“三藩”之乱后，全国大陆完全统一，统一台湾被提上了议事日程。
今非昔比，此时的郑军已没有讨价还价的资本了。它所面对的是一个国家政权日趋巩固的清朝政府，反清复明的愿望已不可能实现，因此政治上的号召力也不大了。再加上郑经死后，郑氏集团内部争权夺利。年仅12岁的郑经次子郑克塽主政，但权力却掌握在大臣们手中；因此，政治极其混乱，已丧失了人民的同情和支持。
施琅
但是，清军在统一台湾的作战中也有不利因素。清军是以骑兵和步兵起家的，在统一全国的作战中才逐步建立起水军，水军力量相对较弱：一是人数不多。清代水军总共有6万多人，而清军总人数有80多万，水军约占清军总人数的8%。二是战船和兵器基本上是沿袭明朝水军，没有大的发展。三是水军作战能力相对较弱，善水战的将领较少。
长于骑射而不善海战的清军，为了进攻台湾，采取了“以郑治郑”的办法。康熙皇帝启用了曾是郑成功手下的左先锋总兵的施琅为主帅，并“委以独任专征”的大权。
1683年（康熙22年）6月22日，施琅率清军水军2万多人、各类战船238艘发起总攻，先攻占澎湖，后夺取台湾。在施琅强大的军事进攻和政治劝降攻势下，郑军惨败，郑克塽投降，台湾从此纳入清政府版图。1684年，清政府设台湾府，属福建省管辖。1885年（光绪11年），在台湾正式设省。
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