一、一般納稅人註銷時留抵稅額的處理
一般納稅人註銷或被取消輔導期一般納稅人資格，轉為小規模納稅人時，其存貨不作進項稅額轉出處理，其留抵稅額也不予以退稅。
政策依據：
《財政部 國家稅務總局關於增值稅若干政策的通知》（財稅〔2005〕165號）第六條。
二、一般納稅人拖欠納稅檢查應補繳的增值稅稅款且有留抵稅額時的處理
增值稅一般納稅人拖欠增值稅稅款，如果納稅人有進項留抵稅額，可按照《國家稅務總局關於增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》（國稅發〔2004〕112號）的規定，用增值稅留抵稅額抵減查欠稅。
用增值稅留抵稅額抵減查補稅款欠稅相關賬務處理如下：
納稅人發生用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅時，按以下方法進行會計處理：
1.增值稅欠稅稅額大於期末留抵稅額，按期末留抵稅額紅字借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。
2.若增值稅欠稅稅額小於期末留抵稅額，按增值稅欠稅稅額紅字借記“應交稅金——應交增值稅（進項稅額）”科目，貸記“應交稅金——未交增值稅”科目。
政策依據：
1.《國家稅務總局關於增值稅一般納稅人將增值稅進項留抵稅額抵減查補稅款欠稅問題的批覆》（國稅函〔2005〕169號）第一條；
2.《國家稅務總局關於增值稅一般納稅人用進項留抵稅額抵減增值稅欠稅問題的通知》（國稅發〔2004〕112號）第二條。
三、發生資產重組時增值稅留抵稅額的處理
增值稅一般納稅人（以下稱“原納稅人”）在資產重組過程中，將全部資產、負債和勞動力一併轉讓給其他增值稅一般納稅人（以下稱“新納稅人”），並按程序辦理註銷稅務登記的，其在辦理註銷登記前尚未抵扣的進項稅額可結轉至新納稅人處繼續抵扣。
例如，甲公司與A公司均屬增值稅一般納稅人，2019年10月兩家公司簽訂了資產重組協議，根據協議規定，甲公司應將全部資產、負債和勞動力一併轉讓給A公司並按程序辦理註銷稅務登記相關手續。在辦理註銷登記前甲公司尚有增值稅留抵稅額15萬元。那麼，甲公司增值稅留抵稅額可以結轉至A公司繼續抵扣。
政策依據：
《國家稅務總局關於納稅人資產重組增值稅留抵稅額處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2012年第55號）第一條。
四、增值稅一般納稅人轉登記為小規模納稅人時留抵稅額的處理
轉登記納稅人尚未申報抵扣的進項稅額以及轉登記日當期的期末留抵稅額，計入“應交稅費—待抵扣進項稅額”核算。
尚未申報抵扣的進項稅額計入“應交稅費—待抵扣進項稅額”時：
1.轉登記日當期已經取得的增值稅專用發票、機動車銷售統一發票、收費公路通行費增值稅電子普通發票，應當已經通過增值稅發票選擇確認平臺進行選擇確認或認證後稽核比對相符；經稽核比對異常的，應當按照現行規定進行核查處理。已經取得的海關進口增值稅專用繳款書，經稽核比對相符的，應當自行下載《海關進口增值稅專用繳款書稽核結果通知書》；經稽核比對異常的，應當按照現行規定進行核查處理。
2.轉登記日當期尚未取得的增值稅專用發票、機動車銷售統一發票、收費公路通行費增值稅電子普通發票，轉登記納稅人在取得上述發票以後，應當持稅控設備，由主管稅務機關通過增值稅發票選擇確認平臺（稅務局端）為其辦理選擇確認。尚未取得的海關進口增值稅專用繳款書，轉登記納稅人在取得以後，經稽核比對相符的，應當由主管稅務機關通過稽核系統為其下載《海關進口增值稅專用繳款書稽核結果通知書》；經稽核比對異常的，應當按照現行規定進行核查處理。
政策依據：
《國家稅務總局關於統一小規模納稅人標準等若干增值稅問題的公告》（國家稅務總局公告2018年第18號）第四條。
五、增值稅期末留抵稅額退稅時的處理
（一）自2019年4月1日起，試行增值稅期末留抵稅額退稅制度。同時符合以下條件的納稅人，可以向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額：
1.自2019年4月稅款所屬期起，連續六個月（按季納稅的，連續兩個季度）增量留抵稅額均大於零，且第六個月增量留抵稅額不低於50萬元；
2.納稅信用等級為A級或者B級；
3.申請退稅前36個月未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票情形的；
4.申請退稅前36個月未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上的；
5.自2019年4月1日起未享受即徵即退、先徵後返（退）政策的。
計算公式：
允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例×60%
（二）自2019年6月1日起，同時符合以下條件的部分先進製造業納稅人，可以自2019年7月及以後納稅申報期向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額:
1.增量留抵稅額大於零；
2.納稅信用等級為A級或者B級；
3.申請退稅前36個月未發生騙取留抵退稅、出口退稅或虛開增值稅專用發票情形；
4.申請退稅前36個月未因偷稅被稅務機關處罰兩次及以上；
5.自2019年4月1日起未享受即徵即退、先徵後返（退）政策。
所稱部分先進製造業納稅人，是指按照《國民經濟行業分類》，生產並銷售非金屬礦物製品、通用設備、專用設備及計算機、通信和其他電子設備銷售額佔全部銷售額的比重超過50%的納稅人。
計算公式：
允許退還的增量留抵稅額=增量留抵稅額×進項構成比例。
政策依據：
1.《財政部 稅務總局 海關總署 關於深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部稅務總局海關總署公告2019年第39號）第八條；
2.《財政部 稅務總局關於明確部分先進製造業增值稅期末留抵退稅政策的公告》（財政部 稅務總局公告2019年第84號）第一條、第二條、第四條。
來源：廣東稅務增值稅留抵稅額的五種特殊處理情形都在這裡！增值稅留抵稅額的五種特殊處理情形都在這裡！
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