蔡元培先生為中國近代教育做出的貢獻是有目共睹的，他提出先進的教育思想，實施教育改革，創辦學校，為中國的教育打下基礎。
1912年元旦，孫中山在南京宣誓就任民國臨時政府大總統，1月3日，任命蔡元培為教育總長。1月9日，南京臨時政府教育部正式成立。教育部成立後，於1月19日頒佈了《普通教育暫行辦法》和《普通教育暫行課程標準》，這是中國資產階級首次以中央政府名義發佈的教育文件，是民國初年改革封建教育的綱領性文件，對保障政體變更之際普通教育的順利過渡和穩定發展起到了重要作用。
對於大學的革新整頓，蔡先生首先對課程進行了調整，取消了經科。後又依據各地高等大學的質量情況，設立了大學預科，附屬於大學，以提高教育質量。1912年5月蔡先生在北大的開學典禮講演中強調：“大學為研究高尚學問之地”，這是他對大學的定位，也是他對大學辦學宗旨的第一次闡述。
蔡元培就任北京大學校長後，對北大進行了全面改革。具體措施包括以下幾個方面：
(1)抱定宗旨，改變校風
蔡元培認為大學應該成為“研究高尚學問之地”，因此，他改革北大的第一步是明確大學的宗旨，併為師生創造研究高深學問的條件和氛圍。主要措施如下：
①改變學生的觀念。
②整頓教師隊伍，延聘積學熱心的教員。
③發展研究所，廣積圖書，引導師生研究興趣。
④砥礪德行，培養正當興趣。
(2)貫徹“思想自由，兼容幷包”的辦學原則
“思想自由，兼容幷包”是蔡元培革新北京大學的基本指導思想。他認為“無論為何種學派，苟其言之成理，持之有故”都可以在大學裡自由地研究和講授，並認為這是各國大學的共同準則，只有這樣，大學才能對學術的發展起促進作用。“思想自由，兼容幷包”也體現在教師的聘任上，蔡元培以“學詣為主”，羅致各類學術人才，使北大教師隊伍一時出現流派紛呈的局面。
(3)教授治校，民主管理
1912年由蔡元培主持制定的《大學令》中，即已確立了教授治校、民主管理的大學校務管理原則，但直到蔡元培任校長後才真正實行。他組織了由教授組成的全校最高立法機構和權力機構評議會以及各門教授會。1919年，評議會通過了學校組織內部章程，決定設立行政會議、教務會議以及教務處、總務處來對學校進行管理。
管理體制的改革，體現了蔡元培“教授治校、民主管理”的思想，目的是把推動學校發展的責任交給教授，讓真正懂得學術的人來管理學校。新管理體制的建立，改變了京師大學堂遺留下來的封建衙門作風，提高了工作效率，從而促進了學校的蓬勃發展。
(4)學科與教學體制改革
關於學科和教學體制，採取瞭如下措施：擴充文理，改變“輕學而重術”的思想;溝通文理，廢科設系;改年級製為選科制(學分制)。除此之外，蔡元培還首次提出了男女同校的主張，使女子獲得了走進學校進行學習的權利。
以“思想自由、兼容幷包”為靈魂的北大改革不但使自身面貌發生了改變，而且也是我國高等教育近代化發展的一個里程碑。其所包容的主要內容是資產階級乃至無產階級的新思想、新文化、新人物，北大也因此成為新文化運動和馬克思主意的傳播中心、五四運動的策源地，其影響已遠遠超出了教育領域。
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