MS-06E-3強行偵察型扎古Ⅱ
它是由MS-06E強行偵察型扎古衍生而來的，其頭部攝像機採用了三合一設計，背部裝備了新開發的複合探知設備，偵察能力大大上升。射出前，複合探知設備的機翼向上、向後折起；射出後，到達作戰區域時增速用火箭點火，機翼打開，以高速侵入目的地，獲取情報。此機種主要從屬於外洋艦隊的特殊偵察小隊，從事對聯邦軍設施的偵察任務，總計生產了16架。
MS-06G陸戰高機動型扎古Ⅱ
在吉恩軍進行地球壓制作戰期間，開發局開始考慮到機型的過度，於是展開了基於MS-06J陸戰型扎古Ⅱ的實戰數據的改裝計劃。MS-06G陸戰高機動型扎古Ⅱ便是該計劃的產物之一。
作為陸戰型機體，該型機將還在開發中的MS-07古夫的部分設計概念進行了導入，近乎全身的裝甲都改裝為古夫的部件，包括整個胸部裝甲和裙甲，肩部釘甲和兩脅的裝甲作出了不影響強度的輕量化小修改。右肩護盾與右肩鏈接的關節也作出部分修改。
大腿部單元直接應用古夫系列的大腿部，散熱系統也作出了相應的調整，於小腿後側和內側面分別開出散熱口。同時在小腿肚側面加入了兩個MS-07A初期量產型古夫使用的大型火箭引擎組件，一方面增加了機體的跳躍機動性能，也平衡了上本身增裝裝甲帶來的重心偏移。機體揹包也更換上更大推力的火箭引擎，並安裝了導流板。動力爐方面，也更換成預備投入到MS-07型的功率達到1015kW的新型號。
雖然擁有非常優秀的陸地作戰性能，但此時的吉恩軍已將生產重心轉移至更新一代的陸戰型MS上，在MS-07古夫進行量產之後就停止了生產，這也導致了該型機的現存交戰記錄非常少。
MS-06JK
MS-06JK是通過MS-06K加農型扎古改裝而來的陸戰型扎古，在小說Double Fake和漫畫msv-R中均有登場 ，其主武器是位於肩部的120mm加特林機槍以及位於腰部的二聯裝火箭發射器。從扎古改良出扎古加農，再將扎古加農去掉一些裝備改回扎古，吉恩的技術員裡面有聯邦的臥底吧...
MS-06M試作型水中用扎古
一年戰爭爆發後，由於MS的廣泛運用，吉恩軍取得了相當大的戰果。在地球侵攻作戰計劃立案之初，吉翁軍確立的是以海洋為中心的戰略，這樣，水陸兩用型機體的開發工作就提到了議事日程上來，MS-06M試作型水中用扎古因此誕生。
首先是包括胸口、前臂以及雙肩部刺釘裝甲的形狀，使其變得流線型而更加適合水中的環境。這一種裝甲流線形設計概念影響著以後的吉翁軍水中用MS系列的發展。機體的頭部後勺三向分佈的動力管與散熱管，裸露的嘴部與額頭散熱系統，可以降低機體的熱輻射。頭部還有新增設的兩門60mm火神炮與一個低頻天線組件。
原本MS-06F扎古Ⅱ的揹包單元被更換成兩個大型的渦噴引擎，並對各關節做了防水處理，在兩腕處還追加了輔助推進器；大腿後部、脛內側、脛後部設置了壓艙水箱，脛後部還設置了吸排水口，以此增加其在水中的機動性能。加上水的浮力作用使得宇宙用MS的OS稍加修改即可適應新造機的水中AMBAC機動。為了減少機體的熱輻射，該機動力爐的出力被刻意調低。
該型機共生產了五臺試作機，在實際使用後卻被證實出種種的問題。首先是防水密封措施強度不夠、密封性能不足，潛行深度僅為400m，機身外形也不足以對抗強大的水阻，機動性能猛減。此外該型機使用的渦噴引擎噪聲巨大，使自機也無法使用聲納的同時，毫不保留地暴露在敵人的監測中。
一年戰爭之後，該型機部分被地球聯邦軍接收。地球聯邦為了避忌，將其稱為水中型高扎古，據悉至少有4機配屬於地球聯邦軍下的泰坦斯部隊，塗裝修改為藍白色。
MS-11機動扎古
以MS-06X及MS-06R-1高機動型扎古Ⅱ為基礎設計出了一款新的機體——MS-11機動扎古。
機動扎古是吉恩製造的MS中第一架完全採用Field Motor系統的機體，發電機則採用了力克大魔所使用的類型，在先期實驗中表現出了令測試機師感到驚愕的出色的運動性，以及即使是沒有駕駛經驗的訓練員也能輕鬆上手的操作性，得到了一致的好評。
機動扎古出色的運動性能使其非常適合於在殖民地內或暗礁宇域等狹窄的空間內進行戰鬥，因此，出於機密作戰的需要，吉恩軍還是將機動扎古進行了小規模的量產，配給特殊部隊使用。
但是，以扎古為基礎開發的機動扎古顯然不是高達的對手。而且由於發電機處理的限制，使得機動扎古無法搭載光束兵器。吉恩軍兵器開發局不得不考慮開發使光束兵器成為標準配置的全新MS，兩大軍火商吉恩尼克公司和茲瑪德公司分別開始著手開發勇士系列和強人系列，這樣看來，機動扎古就成了非常雞肋的存在。
MS-06Z 塞可繆搭載試驗用扎古
到了七十年代後期，吉恩公國的科學家從一些事例中逐漸發現在宇宙居民中的確有極個別的人反應力及精神感應力大大高於常人，他們根據戴肯的理論總結出了New Type產生的主要原因：人類無法獨自生活在宇宙中，必須擴大增強原有的認知和精神能力，以便和其他存在體在精神上能相互溝通了解，減低彼此間的誤會，進而在宇宙中成為具有更強適應力的群體。同時還給出New Type的定義為：“由於生活在宇宙空間，脫離了重力的束縛，使得感知力、反應力大幅提升，進化出有較強精神感應力，對在空間中移動的物體有直觀認識的人”。
U.C.0079年10月16日，即弗拉納岡機構建成4個月後，技術人員開始將研究成果——“精神感應系統”應用於機動兵器上，以扎古為母體開發出三架塞可繆搭載實驗型扎古——MS-06Z塞可繆搭載實驗型扎古。由於該型機的開發是在高度機密狀態下進行的，因此設計代號被命名為“主教”。
該型機雖然可以歸到扎古系列中去，但從外表上看，除了頭部以外的機體其他部分的風格已與我們所熟悉的扎古迥然不同：機體各部分都裝有大功率的發動機，整個機體的機動性非常之高。兩手手腕上分別裝備有5連裝有線制御式MEGA粒子炮，利用小型的發動機和姿勢噴嘴，在戰鬥中可藉助精神感應系統遙控手腕，發射MEGA粒子炮摧毀敵人。
但是由於高推進器帶來的能源過度消耗和發電機的功率不足，導致塞可繆搭載實驗型扎古被視為一款低效的產品，只能算是試驗搭載精神感應有線誘導式光束炮的實驗機，實驗的目的也不過是為以後的MSN-02吉翁號提供數據，而機體的一些缺陷也在日後的MSN-01塞可繆運用試驗用扎古上得到了改進。
MSN-01塞可繆運用試驗用扎古
MSN-01塞可繆運用試驗型扎古是在MS-06Z塞可繆搭載試驗型扎古的基礎上改修而來的，同樣採用了扎古為母體，推進器的加速性能無法滿足機體在高速機動戰時的需要。
U.C.0079年11月8日，塞可繆搭載實驗型扎古在暗礁宙域實驗時遭遇地球聯邦軍的哨戒部隊，在全殲聯邦軍哨戒部隊的同時二號機也被大破，送回改修時設計人員乾脆廢除了機體的腳部，而代之以大推力的火箭式推進器，使機體的加速性能得到飛躍的提高。機體加速性的問題雖然解決了，新的問題又出來了:燃料的消耗速度加快了，但搭載量並沒有隨之提高，這樣機體的行動時間不得不大幅度縮減。
U.C.0079年11月26日，吉恩公國軍將NT用MS的番號統一歸類為MSN。自此，MS-06Z-2正式改稱為MSN-01塞可繆運用試驗用扎古。而在地球聯邦軍攻陷所羅門要賽後，聯邦軍捕獲了一臺紫色塗裝的該型機。
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