國五柴油機的燃油供給系統一般都是高壓共軌，這種系統中的高壓油泵和噴油器是非常精密和嬌貴的，對柴油的清潔程度要求非常高，如果不慎使用了不清潔的柴油，或者沒有及時更換燃油濾清器，或者使用了劣質的燃油濾清器，柴油中的細小顆粒物就會劃傷甚至卡死噴油器柱塞，導致噴油器和高壓油泵的損壞。比較明顯的故障就是發動機不容易啟動，或者啟動後加速無力，還有的車型有冷車可以啟動、熱車無法啟動的現象，一般也是噴油器故障導致的。
高壓共軌系統中的高壓油泵一般都是柱塞泵，它的作用是把低壓柴油變成高壓柴油並輸送到共軌中，它的工作壓力非常高，因此對柱塞偶件的精密度要求也非常高，一般只有幾微米的配合間隙，如果柴油中有硬質顆粒，就會導致柱塞偶件劃傷，嚴重時導致柴油洩漏，壓力不足；而噴油器是燃油供給系統中最核心的零部件，它的精密度更高，柱塞偶件都是成對修磨的，配合間隙極小，如果柴油不清潔，很容易造成噴油器卡死故障。另外，如果柴油中含水量過高，一方面會導致高壓油泵和噴油器潤滑不良，另一方面也會腐蝕燃油系統，導致柱塞偶件出現氣蝕等現象。
所以，國五柴油機對燃油系統的清潔度要求非常高，一般都設置了三道濾清系統，分別是粗濾器（油水分離器）、細濾器1和細濾器2。粗濾器可以過濾掉柴油中較大的顆粒物，同時兼有油水分離器的作用，可以將柴油中水分分離出來，避免水對燃油系統的侵蝕，在日常使用中要及時放掉這些水分，一般至少每個星期放一次水，也可以自己觀察沉水杯中的水位，定期放水，粗濾器一般要求三萬公里更換一次；細濾器1和細濾器2可以更精細的過濾柴油，可以去除柴油中全部的細小顆粒物，也稱為柴油精濾器，一般要求一萬公里左右更換一次。還有柴油箱也要定期清洗，清除油箱底部沉積的水、泥土等雜質，一半要求每五萬公里清洗一次。
在實際使用中，我們要根據使用的環境和柴油的品質適當的縮短燃油濾清器的更換週期，比如經常在灰塵較大的礦山、工地等環境中使用，或者長期添加不明來路的柴油，都要提前更換燃油濾清器。以我們的經驗，這個週期至少要縮短一半，如果汽車出現加速無力、加油不暢等故障，首先就要懷疑燃油濾清器是否堵塞。更換時一定要選擇品質有保障的燃油濾清器，千萬不能圖便宜使用劣質濾芯，更換一套濾芯只是幾百塊錢的事，噴油器可是一個就上千元，高壓油泵更是萬元以上，孰多孰少自己衡量。另外，冬季柴油“掛蠟”了，柴油中就會出現一些細小的蠟質顆粒，也會對燃油系統造成較大的傷害，所以在冬季要及時調整柴油標號，避免“掛蠟”現象。
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