東巴和西巴雖然信仰相同，但並非鐵板一塊。東巴基斯坦面積不足西巴的五分之一，人口卻佔到全國人口的一半以上。東巴居民大多是孟加拉族，使用孟加拉語，但西巴居民通用的烏爾都語卻成為巴國的官方語言。東巴對全國的經濟貢獻遠超西巴，但獲得的財政份額卻只佔20%而已。如此種種讓東巴基斯坦倍感不公，謀求自治或獨立的願望也就日漸強烈。
二戰後的英國國力衰減無力維持對眾多海外殖民地的統治，其中也包含位於南亞次大陸的印度這個最大殖民地，在撤出印度的時候最後一任總督蒙巴頓提出了一個蒙巴頓法案，把印度一分為二，一個叫印度，一個叫巴基斯坦，史稱印巴分治。
分治時，加入巴基斯坦的133名穆斯林文官，僅有1名孟加拉人。西巴旁遮普人只佔巴基斯坦總人口比例的四分之一，但在軍隊中佔據了77%份額，而孟加拉人佔巴總人口的55.4%，但在軍隊中僅佔不到3%。1955年，軍隊中僅有一名准將來自東巴，來自西巴的則有34位。中下級軍官中，來自東巴的也很少。
入主印度的外來殖民政權，也帶來了他們本身的文化和神祇，為了更好的統治和管理廣袤的土地和眾多的人口，統治者有意製造文化和意識形態上的分歧，使得這片大陸上的逐漸形成了不同的民族，在文化、民俗、宗教等領域全然不同。這其中，最大的分歧來自於宗教。
巴基斯坦和孟加拉國在歷史上就從來沒有成為一個國家，雙方間隔幾千公里的遙遠距離，孟加拉以孟加拉人為主，而巴基斯坦以旁遮普人為主，雙方的語言，一個孟加拉語，一個烏爾都語，都千差萬別。當然，失去了孟加拉國，巴基斯坦損失了近一半的國土和一半的人口，實力相對印度更加式微，在以後的兩國衝突中，地位更加不利。
1971年當年的12月，眼看孟加拉要撐不下了，印度在蘇聯的支持下，對巴基斯坦發動武裝進攻，第三次印巴戰爭爆發。
當年的3月25日，以穆吉布·拉赫曼為首的人民聯盟宣佈東巴基斯坦為自主、獨立的“孟加拉人民共和國”，孟加拉獨立。並在1971年12月17日，雙方達成停火協議。到了1972年1月7日，東巴基斯坦成為獨立的孟加拉國。
孟加拉國的獨立，可以說印度起到了關鍵作用。但必須看到，根本原因還是因為巴基斯坦建國過程存在先天不足，建國後也沒能彌合東西部矛盾。印度利用了東西巴矛盾，但並沒有製造他們的矛盾。
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