东巴和西巴虽然信仰相同，但并非铁板一块。东巴基斯坦面积不足西巴的五分之一，人口却占到全国人口的一半以上。东巴居民大多是孟加拉族，使用孟加拉语，但西巴居民通用的乌尔都语却成为巴国的官方语言。东巴对全国的经济贡献远超西巴，但获得的财政份额却只占20%而已。如此种种让东巴基斯坦倍感不公，谋求自治或独立的愿望也就日渐强烈。
二战后的英国国力衰减无力维持对众多海外殖民地的统治，其中也包含位于南亚次大陆的印度这个最大殖民地，在撤出印度的时候最后一任总督蒙巴顿提出了一个蒙巴顿法案，把印度一分为二，一个叫印度，一个叫巴基斯坦，史称印巴分治。
分治时，加入巴基斯坦的133名穆斯林文官，仅有1名孟加拉人。西巴旁遮普人只占巴基斯坦总人口比例的四分之一，但在军队中占据了77%份额，而孟加拉人占巴总人口的55.4%，但在军队中仅占不到3%。1955年，军队中仅有一名准将来自东巴，来自西巴的则有34位。中下级军官中，来自东巴的也很少。
入主印度的外来殖民政权，也带来了他们本身的文化和神祇，为了更好的统治和管理广袤的土地和众多的人口，统治者有意制造文化和意识形态上的分歧，使得这片大陆上的逐渐形成了不同的民族，在文化、民俗、宗教等领域全然不同。这其中，最大的分歧来自于宗教。
巴基斯坦和孟加拉国在历史上就从来没有成为一个国家，双方间隔几千公里的遥远距离，孟加拉以孟加拉人为主，而巴基斯坦以旁遮普人为主，双方的语言，一个孟加拉语，一个乌尔都语，都千差万别。当然，失去了孟加拉国，巴基斯坦损失了近一半的国土和一半的人口，实力相对印度更加式微，在以后的两国冲突中，地位更加不利。
1971年当年的12月，眼看孟加拉要撑不下了，印度在苏联的支持下，对巴基斯坦发动武装进攻，第三次印巴战争爆发。
当年的3月25日，以穆吉布·拉赫曼为首的人民联盟宣布东巴基斯坦为自主、独立的“孟加拉人民共和国”，孟加拉独立。并在1971年12月17日，双方达成停火协议。到了1972年1月7日，东巴基斯坦成为独立的孟加拉国。
孟加拉国的独立，可以说印度起到了关键作用。但必须看到，根本原因还是因为巴基斯坦建国过程存在先天不足，建国后也没能弥合东西部矛盾。印度利用了东西巴矛盾，但并没有制造他们的矛盾。
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