關於日本人種起源，目前眾說紛紜。有人認為日本人種是起源於本土，是土生土長的；也有人認為是先秦時期的徐福帶領的一批人遷徙過去的等等。
不過對於日本人種乃是本土起源說，很多人認為這個可能性不存在。因為日本乃是一座海島，由於面積太小導致生物多樣性匱乏，是不可能產生出高等人猿的。單單憑藉這一點，就證明如今日本島上的居民，其祖先都來自其他地區。
那麼他們是從哪裡來的呢？有一位叫做樋[tōng]口隆康的日本教授另闢蹊徑，從地質學上研究日本人種起源，並將結論在《大陸からみた古代日本》一書中發表。
在這裡筆者先給大家普及一下日本島的形成。大約在200萬年以前（這段時期被在地質學上被稱之為洪積世時期，也叫做冰川世時期），這段時間地殼連續不斷的發生劇烈變動，在日本列島所處的地殼間間隆起，才形成了如今的日本列島。
由於這段時期氣候寒冷，中國東海和渤海地區還未完全被海洋覆蓋，陸地（冰川）面積比現在要廣闊得多。亞洲板塊與日本列島是相連，這就給一些古人類遷徙創造了條件。
古人類有逐獸而徙的習性，當時日本列島的西部與中國以及朝鮮連為一體，理論上他們完全就機會一步步向東遷徙，最終抵達日本列島。
樋口隆康認為，這些古人類從中國遷徙到日本列島的途徑主要有三條：
最主要的一條就是北京古猿人從庫頁島出發，然後經過北海道進入日本本州北部。這一條道路在當時是距離最短的一條，並且途中沒有山脈、河流隔絕，路程比較順利。其餘的兩條為：從南太平洋諸島進入日本本州東部；從中國華南及東南亞，經臺灣、沖繩至九州南部。
上面的這三條路是主要的遷徙路線，除此之外還有很多路途就不一一列舉。不過從這一點上也能夠證明，有很多古人類種族遷徙到日本列島上，雖然其中的主要人種為“北京人”，但還有阿伊努人、通古斯人，還有自西伯利亞、菲律賓、印度的人種等，因此這就導致了日本人口比較雜亂的原因（這也是很多古生物學家戲稱日本為“雜交”人種的原因）。
1975年，日本考古學家在日本九州的一處古人類遺蹟中發現了大量石器，在裡面發現了“鑿齒”的痕跡，這種痕跡與中國境內的北京人造成的“鑿齒”相吻合，因此這也從側方面證明了日本島上的原始人類極可能就是來源於中國北京猿人。
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