在《倚天屠龍記》中，武林有正邪兩分，正道以六大派為首，而邪派則以明教為尊。六大派和明教向來對立，幾十年來紛爭不斷，六大派很多弟子死於明教之手，明教也有許多弟子喪命於六大派之手。六大派中的泰山北斗少林與明教就有很深的仇怨，當年少林的渡厄禪師與明教教主陽頂天打過一架，結果渡厄被打得很慘，連眼睛都瞎了一隻，他氣不過，回少林後山拉著兩個師弟坐枯禪，研究了一門金剛伏魔圈，專門用來對付陽頂天，並且發下誓言要殺光明教中人。而武當派、峨嵋派、崑崙派、崆峒派、華山派都或多或少與明教有過節，不說與明教勢不兩立的滅絕師太，就連武當派一代宗師張三丰張真人對明教也十分痛恨。
張三丰為人豁達，論及武林當中幾乎沒有人心性比他更佳，連他都如此痛恨明教，可想而知六大派與明教之間的仇怨有多大了。很多讀者納悶，張三丰既然是武林第一人，在巔峰寂寞了幾十年，為何不出手對付明教呢？以他的武功實力，隻身前往光明頂幹掉陽頂天也並非不可能。可張三丰似乎從未出手對付過明教中人，武當派的眾弟子也幾乎從不主動與明教弟子為敵，這到底是為何呢？
原來這一切與明教的來歷有關。明教自北宋就存在了，然而一直到了元朝才在江湖武林中崛起，並且崛起速度十分快，人才也十分多，這似乎有點不同尋常。其實明教之所以能快速崛起，與一個人有關，這個人就是神鵰大俠楊過。當年郭靖黃蓉戰死襄陽，蒙古大軍南下，南宋大廈傾覆。楊過雖殺了宋朝不少貪官汙吏，卻更痛恨蒙古韃子，但江湖武林很難抵擋天下大勢，於是他主持大局，將自己結交的江湖三教九流聚攏起來，打起明教的旗號，反元興漢。朝廷圍剿反賊，武林正派都被朝廷安撫，而明教卻被圍剿，於是只得遠走西域，躲在地勢險峻的光明頂上。
明教教主陽頂天就是楊過的弟子，他主持明教大局，籠絡了許多人才，在各地培養勢力，進行反元興漢的活動。明教中多桀驁不馴、血氣方剛之輩，這些武林豪傑最看不慣所謂的名門正派，這些名門正派面對蒙古韃子的統治龜縮不出，面見韃子殘殺漢民也視而不見，矛盾由此而生。明教被視為邪派，正派聯手打壓邪派，於是結下了仇怨。在正派中，張三丰是一個異類，他雖然痛恨明教，卻更痛恨蒙古韃子，所以他一生專殺韃子。明教中人儘管良莠不齊，但反元興漢的舉動深得張三丰心意，所以面對明教與正派的廝殺，他也就睜一隻眼閉一隻眼了。畢竟他如果出手將陽頂天干掉，將明教除掉，誰來殺韃子呢，靠這些名門正派嗎？
當然了，這裡也有楊過的情分在，楊過是張三丰十分佩服的武林前輩，當年楊過還曾指點過他幾招武學。陽頂天是楊過的弟子，所以張三丰斷然不可能去對付陽頂天。
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