清初，山東行政區劃基本承襲明制，至清末，經過三百年演變，山東省共轄十府三直隸州，其中以州為名的府就有六個，分別是青州府、兗州府、登州府、沂州府、曹州府、萊州府。
青州府，於明洪武二年改益都路而來，清襲明制，但面積逐漸縮小，至清末轄益都、臨淄、樂安、臨淄、壽光、博興、高苑、臨朐、安丘、諸城、昌樂等11縣，府治益都縣。1913年，青州府廢，1986年益都縣撤縣設縣級青州市，屬濰坊市。
兗州府，明初升兗州而來，治滋陽縣，清襲明制，仍稱兗州府，但有清一代兗州面積大大縮小，至清末僅轄滋陽、曲阜、鄒、滕、嶧、汶上、泗水、陽穀、壽張等10縣。1913年，兗州府廢，1962年滋陽縣改稱兗州縣，1992年撤縣設縣級兗州市，2013年改為濟寧市兗州區。
登州府，原為萊州府登州，洪武九年升為登州府，府治蓬萊縣，清襲明制，登州府轄區基本無變化，至清末轄寧海州及蓬萊、萊陽、黃縣、文登、福山、棲霞、招遠、榮成、海陽等1州9縣。1913年，登州府廢，現蓬萊為縣級市，由煙臺市代管，設有登州街道。
沂州府，清初為散州，雍正二年升為直隸州，領郯城、費縣2縣，雍正十二年升為沂州府，置附郭蘭山縣，至清末轄莒州及蘭山、沂水、日照、蒙陰、郯城、費縣等1州6縣。1913年，沂州府廢，蘭山縣改為臨沂縣，沂州作為地名成為歷史，現在臨沂為地級市。
曹州原位於今曹縣，明初降為曹縣，後又於今菏澤復置曹州，屬兗州府。清初為散州，屬兗州府，雍正二年升為直隸州，雍正十三年升為曹州府，置附郭菏澤縣，至清末轄濮州及菏澤、曹縣、單縣、成武、鉅野、鄆城、莘縣、朝城、範縣、定陶等1州10縣。1913年，曹州府廢，現菏澤為地級市，曹縣為其所轄縣。
萊州府，明洪武元年升萊州而來，清朝仍置萊州府，有清一代地域基本不變，1905年升膠州為直隸州（領即墨、高密2縣），萊州府自此轄平度州及掖、濰、昌邑等1州3縣，府治掖縣。1913年，萊州府廢，1988年掖縣撤縣設市為縣級萊州市。
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