在神奇宝贝的动画中，每部都会有一个新的女主登场（初代无印版关都和城都地区的主角都是小霞），可是随着女主的变化，她们所拥有的神奇宝贝数量也越来越少，到莎莉娜那还能凑个3V3的队伍，结果到了阿罗拉，连队伍都凑不齐了。
1.小霞（10+1只）
小霞是关都地区华兰道馆的馆主，她拥有历代女主中数量最多的神奇宝贝，初始自带角金鱼、海星星、宝石海星。同时道馆里还有一些其他寄养的神奇宝贝神奇宝贝，比如日后进化为暴鲤龙的鲤鱼王（这只暴鲤龙后来成为小霞的主力）
在和小智的旅行过程中，小霞收服了墨海马、蚊香蝌蚪（后进化为蚊香蛙皇）、太阳珊瑚、可达鸭。回到道馆后，寄养在道馆里的鲤鱼王进化为暴鲤龙，同时从小健那得到玛丽露的蛋孵化出露力丽，和姐姐樱花一起收服爱心鱼。不过要注意的是，虽然波克比陪伴小霞旅行了很长时间，但是小霞并没有收服波克比（没有进球）而且最后也放生了。
2.小遥（7只）
小遥的神奇宝贝数量比小霞少了不少，她是橙华市道馆馆主千里的女儿，梦想是成为神奇宝贝协调训练家。一开始的小遥是彻头彻尾的新手，只从博士那里获得了火稚鸡（最后火稚鸡进化为火焰鸡）
在陪伴小智的旅行中，小遥收服了刺尾虫（狩猎凤蝶）、向尾喵、妙蛙种子、小卡比兽。从大木博士那里获得了杰尼龟，从蛋里孵化出伊布。在离开小智后，妙蛙种子进化为妙蛙花，杰尼龟进化为卡咪龟，伊布则进化为冰伊布。
3.小光（6+2只)
小光是陪伴小智旅行的第三个女主，她拥有过8只神奇宝贝，但是最终陪在身边的仅有6只。和小遥一样，小光的目标也是神奇宝贝协调训练家，不过和小遥不同的是，小光在遇到小智前就已经开始了旅行。
初始小光只有从博士那拿来的波加曼。在与小智开始一起旅行后，陆续收服了卷卷耳、帕奇利兹、泳圈鼬、小山猪（象牙猪）。其中泳圈鼬和小智的长尾怪手交换，而后长尾怪手进化为双尾怪手，并且被送往神奇宝贝乒乓训练中心，从而离队。小光还从蛋里孵化出火球鼠，这只火球鼠在小光独自展开新的旅程时进化为火岩鼠。另外小光还从公主莎露比亚那获得了波克基斯。
4.艾莉丝（5只）
从艾莉丝开始，小智的女伴所拥有的神奇宝贝再也不能凑齐一对。艾莉丝仅有5只神奇宝贝，在遇到小智之前，艾莉丝就拥有了牙牙、龙头地鼠以及快龙。在和小智旅行期间，艾莉丝收服了电飞鼠。在离开小智后，艾莉丝遇到了圆陆鲨。不过虽然数量少，但是成长起来的艾莉丝恐怕是所有女主中最强的一个（在原作游戏中艾莉丝是联盟冠军，而且目前的队伍已经有了一个准神，还有一个准神幼年期）
5.莎莉娜（3只）
比起前面4个女主，莎莉娜的精灵实在是少的可怜，仅有3只，从博士那里获得了火狐狸（长尾火狐 ），在和小智的旅行中收服了顽皮熊猫以及伊布（仙子伊布）虽然数量少，但是起码都凑齐一个3V3的阵容，接下来的三个女主恐怕连3V3都凑不齐。
6.莉莉艾（1只）
莉莉艾的神奇宝贝是历代女主中最少的，仅有一只冰六尾白滚滚。虽然这只冰六尾没有进化，不过莉莉艾已经获得了进化所需的冰之石，同时也从穿山鼠那获得了冰Z，只需要一个手环就能使用Z力量。
7.水莲（2+1只）
水莲的神奇宝贝仅有两只，不过她家里的拉普拉斯应该也能算作她的神奇宝贝。应该能勉强凑个3V3的队伍去参加联盟。水莲在日月中算是编剧亲女儿的待遇，获得了水Z和海狮Z，能使用Z的力量。收服了从不知名地区流浪过来的伊布（水伊布预定中），自己的球球海狮也进化为花漾海狮，未来更是能进化为西狮海壬（不进化就用不了海狮Z）
8.玛奥（1+1只）
玛奥是日月里待遇最惨的女主，莉莉艾起码在主线上是女主，水莲获得了Z的力量还有伊布，只有玛奥仅有一只甜竹竹，虽然是最早进化为最终形态的甜冷美后。不过在最新的神奇宝贝太阳&月亮中，玛奥遇到了谢米，目前已经成功将身为幻兽的谢米拐回家，只差一个球就能收服了。
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