根除幽门螺杆菌的抗生素，常见的有6种，我们可以分为两组: 一组是幽门螺杆菌（Hp）耐药率低的阿莫西林、四环素、呋喃唑酮；另一类是Hp耐药率高的克拉霉素、甲硝唑、左氧氟沙星。
通常医生会综合评估患者原有的疾病情况、当地Hp对抗生素的耐药情况以及抗生素用药史等来决定选择何种药物。如果患者青霉素过敏，就不能选用阿莫西林；不论用于其他疾病或根除Hp治疗，曾经应用过Hp耐药率高的克拉霉素、左氧氟沙星等喹诺酮类药物和甲硝唑者，其感染的Hp有潜在耐药可能，在根除方案中应避免选用这些抗生素。此外，方案的选择应该权衡疗效、费用、潜在不良反应和药物可获得性，做出个体化抉择。
根除治疗的疗程为2周，服用抗生素的安全性较高。有些患者服药之后出现消化道症状，如口苦、恶心、腹痛、腹泻、黑便等，这些通常都是轻微的，短暂的，停药之后可恢复。药物造成的胃肠道不良反应通常是可逆的，疗程结束之后可以恢复，如果中途停药会导致根除失败，还有可能造成幽门螺杆菌对抗菌药物产生耐药，影响进一步的根除治疗。因此不建议随意停药，出现药物不良反应可咨询医生或药师。
如果没有根除成功，幽门螺杆菌可能本身对选用的抗生素就已经耐药，或者在治疗过程中产生了耐药。如果出现耐药之后，再次根除治疗时，两种抗生素中耐药率低的阿莫西林等药物可以继续使用，耐药率高的克拉霉素、左氧氟沙星不建议继续选用，甲硝唑如果之前采用的是400mg，1日3次的用法用量，可以考虑提高剂量到400mg，1日4次，达到更强的杀菌效果。此外，根除治疗的药物应按处方要求规范服用，避免自行减少药物剂量、漏服，疗程尽量达到14天，确保较高的根除率。还可以检测幽门螺杆菌对抗生素的敏感性，指导选药。
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