中世纪的欧洲，是一个教权巅峰时代，虽然欧洲大地生活着法兰克人，日尔曼人，斯拉夫人，凯尔特人，匈牙利人等多个不同的民族，但是他们都有一个共同的信仰——天主教。教廷主宰着一切，只有顺从教廷的人死后才能得到解脱，升入天堂，凡是与教廷作对的人，最后都免不了堕入炼狱。教廷这种无上的权威，往往凌驾于王权之上，导致了多次王权和教权之争，同时也给民众带来的沉重的什一税，再加上教廷四处兜售赎罪券，购买了赎罪券的人死后就可以升入天堂，下层民众的生活苦不堪言，这就给16世纪的宗教改革运动提供了孕育的土壤。
最先开始的是路德宗（又称新教）的宗教改革，其领袖马丁路德，出生于神圣罗马帝国萨克森公国的图林根（今德国图林根州）地区。父亲给马丁的规划是在大学修习法律，毕业后到皇宫谋得一份差事，但是马丁有自己的想法，他毅然决然地放弃了父亲为他规划的路线，成为了一名教士，后不断修习法学和神学，晋升为一名神父。1510年，马丁被派往罗马教廷，抗议教廷将奥斯定会强行合并的行为，这成为了他与教廷决裂的开端。
1517年，马丁路德宣布他反对赎罪券，并发布了九十五条论纲，详细阐释了赎罪券的不合理之处，之后教廷勒令他收回他的言论和著作，但被他拒绝，此后遭受了来自天主教各方的攻击，甚至被逐出教会，但得到了萨克森公爵的支持，得以在萨克森传播他的思想。
在条顿骑士团大团长阿尔布雷希特参加神圣罗马帝国帝国议会寻求德意志王公的帮助无果后，在萨克森的维滕贝格与马丁路德相遇，路德建议阿尔布雷希特废弃骑士团禁止结婚的陈规，并把普鲁士从罗马教皇名下的骑士团领地独立出来成立世袭公国。后来波兰国王齐格蒙特一世同意了阿尔布雷希特的建议，但要求世俗化之后的普鲁士仍然是波兰王国的封地，双方达成一致后，阿尔布雷希特正式向齐格蒙特一世宣誓效忠，后者则授予他以及他的家族对普鲁士公国的统治权。其后阿尔布雷希特推动新教教义在普鲁士地区的广泛传播，罗马教廷和神圣罗马帝国虽然对他进行了制裁，但鉴于内部的宗教改革运动冲击，显得有心无力，使得普鲁士地区成为了率先接纳新教教义的地区。
此后阿尔布雷希特积极参与帝国事务，加入了新教诸侯们（如勃兰登堡，普法尔茨等）组成的托尔高联盟，这个联盟最后进化为福音派联盟，与帝国皇帝进行了长达30年的战争（史称三十年战争或第〇次世界大战）。同时他还在柯尼斯堡建立大学，发展教育事业，后来普鲁
勃兰登堡-普鲁士示意图
士内部由于宗教分歧发生内乱，阿尔布雷希特被剥夺了权力，他的儿子阿尔布雷希特 腓特烈摄政，两年之后，一代枭雄去世。
此后由于普鲁士公爵阿尔布雷希特 腓特烈绝嗣，1618年，他将公国传给女婿——同为霍亨索伦家族的勃兰登堡选帝侯约翰 希吉斯蒙德，自此，两个完全独立发展的国家走到了一起，勃兰登堡-普鲁士建立。1660年，瑞典和波兰爆发战争，此时的瑞典已从丹麦的统治下独立出来，一跃成为北方雄狮，勃兰登堡大选帝侯腓特烈 威廉周旋其中，纵横捭阖，最终迫使波兰取消了对普鲁士的宗主权，从此普鲁士从波兰剥离出来，成为一个完整的中央集权国家。
1701年，西班牙哈布斯堡王朝绝嗣，王位一度空缺，对西班牙早已垂涎三尺的法国波旁王朝意欲吞并西班牙，与奥地利哈布斯堡王朝爆发战争，最后导致整个欧洲组成联盟对抗法国。但奥地利哈布斯堡王朝空有神圣罗马帝国皇帝头衔，其实能控制的帝国土地不多，在经过几年战争的消耗之后，人力财力捉襟见肘，此时勃兰登堡兼普鲁士公爵腓特烈三世表示支持帝国皇帝哈布斯堡家族，并为皇帝提供了一支几千人的精锐部队，以此换取国王的称号。但当时神圣罗马帝国之内不允许出现多的王国，所以腓特烈将王国建立在帝国领土之外的普鲁士，成立普鲁士王国，并在柯尼斯堡加冕为普鲁士国王腓特烈一世，从此开启了普鲁士争霸欧陆的历史。
普鲁士白底黑鹰旗
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