于谦完全有能力阻止，不过为大局着想，为了江山社稷能安稳，所以在“夺门之变”当晚，听闻政变的发生而选择按兵不动，或许他预料到自己会是什么结局，但是他宁可牺牲自己身家性命。
石亨、徐有贞这些带头策划发动政变的人本就是于谦的政敌，嫉妒畏惧于谦的威望。趁着代宗皇帝重病不起，难以视事，加上太子朱见济早夭，朝廷无储君内外人心不稳，勾结宦官曹吉祥等人，秘密联络英宗生母孙太后，要知道英宗和代宗是异母兄弟。孙太后当然希望亲儿子上位，当即点头同意。
石亨谋夺门，密白于太后，许之。
当初英宗被俘，国家危难时刻，瓦剌兵临城下，是由孙太后亲自下诏授予明代宗朱祁钰皇位。这个皇位可不是直接传自于父亲宣宗朱瞻基，意味着孙太后也同意可以否定其皇位合法性。
换言之，这场得到孙太后背书的夺门之变，按封建君臣法统而论，居然是“合法”的。
于谦在朝廷的威望如日中天，掌握军政大权，如果他愿意，完全可以登高一呼，轻而易举搞定石亨一伙，但是他得到儿子于冕的急报后没有任何行动。
明·屠隆：夺门之役，徐石密谋，左右悉知，而以报谦。时重兵在握，灭徐石如摧枯拉朽耳。……方徐石夜入南城，公悉知之，屹不为动，听英宗复辟。……公盖可以无死，而顾一死保全社稷也
代宗皇帝在深宫气奄一息，被隔绝在宫门之外的于谦，并不能真正师出有名，去制止皇太后和太上皇的行动。
皇权斗争从来落子无悔。孙太后不论从前如何支持于谦，政变后也并不想置于谦于死地，但她及其家族已经选边站了明英宗和石亨这一方，于谦如果要阻止政变，那只有和孙太后走向对立面，囚禁罢黜孙太后，接下来就会面对另一个直接问题，继位者当选谁？
政变造反，大逆不道，如果于谦强行罢黜太后和上皇，并宣布他们是谋逆作乱，则朱祁镇这个谋逆罪人或应赐死，或废为庶人；包括后来的明宪宗朱见深在内的所有朱祁镇子孙，都同样将作为罪人之子。
而明宣宗朱瞻基只生了朱祁镇和朱祁钰这两个儿子。朱祁钰现在病危难治，太子早夭，这就意味着明宣宗朱瞻基一脉将永远失去皇位继承权。如此情况下，分封各地的诸王必定想入非非，国家又将陷入动荡不安，很大概率有藩王学习明成祖朱棣，以“靖难”为名起兵入京。
就算换一种温和的处理方式，于谦不公开宣布孙太后和朱祁镇母子是谋逆，只是将他们禁锢起来，剥夺一切权力，推举英宗长子朱见深继位。
那么从明代宗、孙太后、朱见深、甚至大明朱氏皇族任何人的立场角度去看，这样的于谦不是曹操也是曹操，不是董卓也是董卓了。君臣势难两安。
一个罢黜囚禁其祖母、生父的大臣，不管哪个皇侄即位，会不把他当成曹操董卓？天下人又有多少会不把他当成曹操董卓？皇权赫赫天威，岂是人臣可以轻易掌握的？
明代宗朱祁钰对于谦可不是完全“信之用之”，也“防之惧之”。身为帝王当然清楚权力平衡的必要性，于谦功高震主，威望如日中天，自然有所提防。所以重用和于谦不和的石亨等人，以牵制于谦的权势，终于酿成祸变。
大明江山是老朱家的，这点是最重要且最基础的。病危在床的朱祁钰，听闻政变发生，第一反应竟然是“于谦耶”，而不是“快传于卿”之类话语。于谦在朱祁钰心中地位可不是相父诸葛孔明，而是一直所提防的司马懿王莽人物，生怕祖宗浴血奋战打下来的大明江山被权臣轻易和平过渡，这也是朱元璋在祖训中所提的重中之重。
得知是朱祁镇政变复位，代宗朱祁钰方长舒一口气「哥哥做，好！好！」，宁可自己身死位废，也不愿从此成为大明王朝末代皇帝、老朱家的罪人。
明代宗能从藩王到皇帝，于谦可谓第一功臣，无论是稳定局势，安定人心，努力劝进，还是坚守北京，收拾河山。但是实际上代宗内心深处对于谦却是如此忌惮，何况是朱氏皇族任何其他人来做这个新皇帝？
朱元璋所创造的“皇明祖训”从法理上给了各地藩王充足的发兵理由，大家就会纷纷四方起兵讨伐于谦这个新时代董卓了。于谦为人刚正不阿，从不结党，在师出无名的情况下，他很难迅速击平四方，稳定天下乱局。
然后呢，八王之乱，天下分崩离析，蒙古伺机入侵，百姓受苦，苍生涂炭，也不见得就是危言耸听。彼时天下人又将会怎么看这样的于谦？后世史学家又会如何评价这样的于谦？
于谦面临的难题就在这里，如此局面，已经不是明朝体制内合法的政治手段能解决的。但是，于谦毕竟不是政治野心家，而是大公无私，为国忘身的国家忠臣。
夺门之变发生的太快太突然，留给于谦决断的时间不足一晚，皇城中最合适的皇位继承人只剩下了前太子、英宗之子朱见深，生父政变再立其子，那样牵涉进去又有何意义？
于少保最留心兵事，爪牙四布，若夺门之谋，懵然不少闻，何贵本兵哉！或闻之仓卒，不及发耳！——谈迁《国榷》
所以于谦才会呵斥儿子于冕不要去管，这是国家大事，天命自有所归。
景皇帝大渐,石亨等谋拥南内,府尹公（于冕）知其谋,奔扣告变,少保公呵曰:小子何知国家大事?自有天命,汝第去!
——明·田汝成《西湖游览志馀》
那一晚，于谦在府邸深深叹息，他想到的是当年宣宗皇帝的知遇之恩，想到的是大明江山的社稷安危，虽然清楚自己很可能活不了，但是顾念大局为重，“顾一死保全社稷也”。
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