南北塞浦路斯之间复杂的政治与民族关系起源于非常久远的时代。 历史上可以找到、关于此岛最早的历史记载是塞浦路斯是属于亚述帝国的版图之一，岛上的民族属于古代腓尼基人与希腊族后裔，并且在公元前58年时，成为罗马帝国的一个行省。在塞浦路斯属于罗马帝国统治的时代，包括保罗、巴拿巴与马可在内的几位耶稣门徒都曾造访过塞浦路斯岛的居比路，保罗将基督教带到该岛上，而巴拿巴则建立了第一座塞浦路斯教会。因此，塞浦路斯成为地中海地区最早开始信奉基督教的地区，而今日岛上的希腊裔居民也都是信奉希腊正教，属于基督教的一支。
伊斯兰教和土耳其移民进入
而另一方面，信奉伊斯兰教的土耳其人则得到了公元16世纪以后才来到塞浦路斯岛。1571年奥斯曼帝国从当时拥有着塞浦路斯岛的威尼斯共和国手中抢下此岛的控制权，开始鼓励土耳其士兵主动携家带眷移民到该地，新进入的土裔移民对于岛上原本的希腊裔居民来说有很强烈的排挤效应，因而种下数百年后分裂状况的伏笔。在17世纪奥图曼帝国最强盛的时代是移民潮的高峰，在这段期间岛上的希腊正教教会是希腊族裔唯一的凝聚力量。
英国殖民时代
1878年时，为了防止沙俄势力的南侵，奥斯曼帝国以塞浦路斯换取英国在俄土战争中对该国的支持，正式将该岛的行政权转移给英国，但是保留该岛的宗主权。 1925年英国与土耳其签订洛桑条约，塞浦路斯正式成为英国殖民地。而在英国统治期间，塞浦路斯岛上的希腊居民一直在讨论与争取回归希腊“祖国”的可能性，甚至组成极端右翼的塞浦路斯斗士国家组织EOKA。在EOKA组成后的四年间，他们持续地攻击了许多属于英国的设施目标，而英国当局也以保护土耳其裔居民的理由武力反击。
南北隔离
相对于希腊裔居民的激进，岛上的土耳其裔居民对于英国人的殖民统治异议较少，倾向支持维持这样的现状以求取安全保障。而为了减少治理上的困难，效法之前在英属印度因宗教而使用的印巴分治措施，英国在塞浦路斯岛上导入了“隔离区”的概念，在岛中央建立起一条分隔线将希裔与土裔人民隔开。族裔的划分方式主要是以居民的信仰为主，成为主要是信仰希腊正教的南塞浦路斯，与主要是信仰伊斯兰教的北塞浦路斯，后世有人评论认为英国这种做法让他们变成加深塞岛上族群歧异、降低国家认同感的始作俑者。
苏黎世协定与独立建国
1959年，在塞浦路斯岛上的族群冲突升高到一个无法收拾的顶点之后，各方开始在联合国的斡旋下共商思考解决问题的可能。2月11日，希腊与土耳其先在瑞士苏黎世签订关于解决塞浦路斯问题之原则性协定，而后在2月19日时苏黎世协定正式签署，由英国片面决定塞浦路斯宪法的大纲，稍后才获得希腊与土耳其双方的认同，由英国担任仲裁人的角色，希腊与土耳其作为监护人，三方共同监督和监察塞浦路斯。
苏黎世协定包含下列重点：
在塞浦路斯岛上建立一个独立的主权国家。
禁止回归土耳其或者回归希腊。
希腊与土耳其军队可以3比2的比例屯驻于塞岛上。
岛上的希腊族居民与土耳其族居民分开进行国家元首选举，希族部分选出的元首担任塞浦路斯的总统，而土族部分选出的元首则担任副总统的职务，共同治理国家。
塞浦路斯内阁需以七名由希族总统指派，与三名由土族副总统指派的阁员共同组成。
任何国政上的决议都需获得内阁绝对多数的意见才能通过，但是总统与副总统两人都拥有议案的最后否决权。
英国仍然担任塞浦路斯的担保人，并且保有岛上两个军事基地范围内的领土主权。
在苏黎世协定的签署之后，
1960年8月16日塞浦路斯共和国正式建立。希腊正教大主教马卡里奥斯三世成为塞浦路斯首任总统。塞浦路斯在独立建国后即于1961年加入联合国，成为联合国第99个会员国。南北决裂
然而，苏黎世协定虽然促成了塞浦路斯的独立，却没有彻底解决纷争。岛上的希族抨击复杂的宪法机制没办法反映希土两族群在国家统治权上的比重，在当时，土族居民仅占全国两成不到的人口，因此希族认为两成不到的土耳其人却拥有内阁决议中十席里的三席代表，是英国人主导的宪法里偏袒土耳其人的象征。
于是1963年11月时，马卡里奥总统进行了一连串宪法修正欲削减一部分土耳其人的政治特权，但却遭到土族人民的强烈反弹，最后导致内阁里的土族阁员全部退出。1964年在塞浦路斯政府的求援之下联合国维和部队进驻塞浦路斯，同年，土耳其国会通过投票决定对塞浦路斯用兵确保岛上土族人民的安全，但却在联合国与北约的反对下被阻止（希腊与土耳其皆在1952年时就已加入北约）。而回应这情况，岛上的希腊驻军也全面撤离塞浦路斯，连原本属于EOKA的地下势力也一并被要求离开。
北塞浦路斯宣布独立
1974年7月，塞浦路斯中央政府发生一场由希腊军事独裁者暗中支持的军事政变，想要利用这方式促成塞浦路斯回归希腊。这场政变给了土耳其一个发兵的机会，土国政府以手上握有的担保条约为由控告希腊方面违反约定，并于7月20日出兵塞浦路斯，在两波攻势之下占领岛上38%的领土。在冲突之中有大量原本居住在南赛境内的土耳其人逃往北塞浦路斯，同样，也有一部分原居住在土耳其控制区域内的希腊人逃往岛南，成为某种程度的种族与信仰纯化运动，再次加深原本已经非常歧异的意识。
1975年由土耳其控制的北塞浦路斯片面宣布成立塞浦路斯土族邦，该名称在1983年11月15日时更改为北塞浦路斯土耳其共和国。北塞浦路斯迄今为止只有土耳其承认，但却实际上拥有此岛北半部的实际统治权，在此状况下土耳其并不承认塞浦路斯政府对于全岛的主权，只称呼塞浦路斯共和国政府“南塞浦路斯的希腊族政权”。相对之下，岛南的塞浦路斯共和国仍然握有包括联合国会员资格在内的国际认同，但是由于其国会之内缺乏土裔代表的参与，无法满足当初国家宪法的规范，因此也不能完全代表整个塞浦路斯，塞岛一直南北分治到今天。
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