EM菌在水產養殖中的使用效果被廣泛認可。但是EM菌發酵好的原液使用起來成本較高，而且經過廠家經銷商長時間儲存，菌的活力也會下降。近幾年市場上比較受到養殖戶歡迎的是EM菌菌種。養殖戶購買回去後可以自己擴培。自己發酵的EM菌菌液使用起來成本低，而且現發酵的的菌液數量多活性好。那麼在選擇EM菌菌中的時候大家要關注菌種的好壞。一般而言，判斷菌種好壞有一個最簡單的指標pH值。因為EM菌種的乳酸菌含量最多，EM菌菌液的pH值較低說明乳酸菌含量豐富，也就意味著整體的EM菌活性較高。一般而言pH值在3.5以下就算是好菌種，如果可以達到3以下就算是質量特別好的EM菌種了。
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