近幾年很多病害的發生與有害藻類生長有直接關係，有害藻類有哪些危害呢？
1 造成水分層底亞缺氧底髒底臭，有害藻類大多是上層藻類喜強光而且是容易暴長，這樣大量生長在水體表層導致中下層藻類無法生長！特別是藍藻、裸藻大量生長時下午就會造成底部亞缺氧出現蝦爬邊現象。
2 造成水體缺氧或直接附著寄生在鰓絲上（甲藻類）致使鰓絲病變如腫鰓黃鰓，導致體內缺氧（呼吸困難）與體內中毒（泌氮不暢），嚴重時導致脫殼不了而偷死。
目前市場上增氧產品種類繁多。傳統的增氧產品受技術和配方制約，一般為3-8小時集中放氧。該類集中放氧的產品短時間內迅速放氧，氧氣容易快速溢出水體，池塘存留效果差，且對養殖動物刺激性較大。同時使用成本高，並需要人工時時關注增氧情況。最新的技術是採用先進的緩釋技術和特殊配方，使氧氣可以在池底緩慢釋放，增氧效果長達30個小時以上。該類增氧產品成本低，放氧時間長久且持續，省時省事又省力。
3 造成肝病變。有害藻類大多產毒直接損傷肝組織，導致肝前端上萎縮、肝色棕黃或棕紅。
4 傷害腸胃。有部分有害藻類有較厚的細胞壁（藍甲藻）難以消化造成消化不良出現腸道彎曲現象，當然有害藻類產毒特別是甲藻也會直接損傷腸胃導致出現腫大拉稀等現象。
5 造成甲殼薄滑亞健康。有害藻類暴長大量吸收利用水中的鈣鎂磷等微量營養，造成水中缺乏這些甲殼形成也同樣需要的營養導致內甲殼無法順利生成，外殼亞健康薄滑，導致脫殼困難甚至無法脫殼，久而久之就出現生長緩慢、瘦身等現象。
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