１６４４年 李自成攻破北京，大明帝國滅亡！大明遺臣擁兵東南，與入關的清軍相抗衡，其中實力最強大的乃鄭成功部，為了堅持長期與清軍對抗，１６６１年，鄭成功從荷蘭人手中收復臺灣，從而開始了鄭氏家族在臺灣的統治。
可惜的是１６６２年，一代民族英雄鄭成功在臺灣病逝，年僅３９歲！其長子鄭經 繼立，面對獨立一方的鄭氏家族，入主中原的清王朝，又該如何處置呢？
清廷鑑於當時的形勢，試圖通過談判的形式招撫鄭經，１６６７年康熙派總兵孔元璋至臺招撫鄭經，被鄭經拒絕，１６６９年，康熙帝又派刑部尚書明珠前往福建主持對臺議和工作，明珠遣人入臺再示招撫之意，並做出巨大讓步，允許鄭氏封藩，世代鎮守臺灣，對此，鄭經提出自己的要求，如果清朝能允許臺灣之人如朝鮮人一樣安排，不剃髮，就向清朝稱臣納貢。清廷不答應鄭經的要求，談判破裂！顯然，談判的方式並不能招撫鄭經，但此時政局不穩，三藩又蠢蠢欲動，統一臺灣一事便擱置下來。
１６７３年，三藩之亂爆發，靖南王耿精忠派遣使者到臺灣，希望與鄭經聯合抗清，鄭經於是親自率軍進駐廈門，但是由於耿精忠不滿鄭經所帶兵力太少，下令斷絕與鄭經的往來，恢復以前的海禁，鄭經大怒，於是派兵連續攻佔泉州、漳州和潮州，耿精忠見鄭經已經佔有三府之地，遂又重新與鄭經修好！但後來又因利益關係，復與鄭經交惡。
１６７６年，耿精忠向清廷投降，鄭經則繼續在廈門等地抗拒清軍，但是在清軍強大的攻勢下，後被迫退保廈門。
１６８０年，清軍策反了鄭軍水師的副總督朱天貴，其率領戰艦三百艘，將士兩萬餘人投降清廷，鄭經只能放棄廈門班師回臺，這期間清廷又與鄭經多次議和、談判，可惜雙方都堅持己見，不肯作出讓步最終和談破裂。
鄭經從大陸敗回臺灣後，灰心喪氣，不理朝政，所有政務都由岳父陳永華處理，另外由長子鄭克臧監國，１６８１年，鄭經病死，本應由其子鄭克臧繼立，但鄭克臧為人正直剛毅，其叔以及一些奸邪小人，早對其心懷恐懼，害怕其繼立對己不利，於是鄭經一死，侍衛馮錫範便於鄭經之弟鄭聰等人密謀，以鄭克臧並非鄭經真正血脈，而是抱養之子為由，收回鄭克臧監國之印，並將其縊殺，年僅１８歲！
隨後立鄭經次子鄭克爽繼王位，鄭克爽此時年僅１１歲，臺灣的政權實際把握在鄭聰及其黨羽之手，鄭克爽形同傀儡，臺灣的內亂無疑給康熙帝一個，武力統一臺灣的大好機會。
也是在這一年，困擾清廷八年的三藩之亂被平息，沒有了後顧之憂，於是收復臺灣的問題被提上了議事日程。
姚啟聖 浙江會稽人 字熙止 號憂庵 １６７８年被任命為福建總督，專門負責平臺事宜，在總督任上，他曾親率軍隊平定了鄭軍對沿海的襲擾，並制定了平臺方略等，同時他大力推舉施琅為徵臺主將，並願意以一家百餘人的性命做擔保！他認為施琅海戰經驗豐富，富有謀略，鄭氏對其很是畏懼，任用施琅肯定能一舉完成統一大業。
施琅 字尊候 號琢公 原本是鄭芝龍的部將，以智勇兼備聞名，１６４６年，隨鄭芝龍一起投降滿清，後隨清軍出征討伐抗清力量，當時，全國抗清鬥爭如火如荼，正在福建組織抗清鬥爭的鄭成功，聞知施琅之名，便力邀其加入，施琅遂又歸順鄭成功，並立下赫赫戰功，誰知好景不長，施琅與鄭成功因在軍事行動上的意見不合，而產生了矛盾。
１６５１年，施琅殺死了鄭成功的親信，再次惹怒了鄭成功，下令逮捕施琅及其族人，施琅設法逃脫，但其父及弟弟卻被鄭成功殺害，施琅憤怒之下再次降清！並與鄭成功長期對壘。
１６８３年７月，已年過花甲的施琅，率領清朝水兵兩萬餘人，大型戰艦三百餘艘，中小型戰艦兩百三十餘艘，從福建開拔直指臺灣前哨澎湖島，而姚啟聖則駐紮在廈門，負責後勤運輸事宜，７月正是颶風肆虐之時，施琅前兩次徵臺正是因為颶風而導致功虧一簣，而這次他又選擇瞭如此敏感的時機出兵，是孤注一擲還是胸有成竹？
對於他這一異常的舉動，其他將領都紛紛質疑，反對之聲四起，而臺軍主將劉國軒也斷定，清軍必不會在此時冒險渡海，臺軍可以無需防備，高枕無憂！
７月９日清軍到達澎湖望安島，隔日便發起了猛攻，幾戰下來，臺軍戰船、兵員損失慘重，而清軍僅陣亡三百餘人，戰船毫無損傷，面對清軍猛烈的攻勢，劉國軒仍將希望寄託在，不知何時會來的颶風上！坐失了扭轉戰局的良機，最後，只能趁著水漲風順之時，帶著幾十艘小船倉惶逃回臺灣。
施琅澎湖一戰，殲滅了臺軍的精銳部隊，鄭氏敗局已定，臺灣島內人心惶惶，而施琅卻並不急於繼續進攻臺灣本島，而是留在澎湖，安撫該地居民，還宣告免除３年徭稅差役，以利休養生息，這使得澎湖居民無不感恩戴德，表示願意歸順清廷。同時，施琅上書朝廷，建議招撫鄭克爽，爭取和平統一臺灣。
為了消除鄭氏集團的疑慮，康熙帝及時下詔，如果鄭克爽等人能率軍民投降，就赦免以前抗清的所有罪責，最後，在清廷的感召之下，鄭克爽等人表示願意歸降。
１６８３年８月，施琅率軍到達臺灣，鄭克爽率眾迎接，後又遞送了正式的降書，並繳納了延平王的金印，出人意料的是，施琅並沒有手刃仇人以報家仇！而是平靜的前往鄭成功之廟，進行了祭拜，並對鄭氏父子經營臺灣的功績，做出了高度評價。
１６８４年，清政府在臺灣設立一府三縣隸屬福建省，至此，臺灣正式歸屬中央管轄，成為中國領土神聖不可侵犯的一部分。
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