在我国高校中，每当提起巨无霸高校时，大家首先想起的就是川山吉（四川大学、山东大学、吉林大学）、武大、华科、中南等高校，这些高校在校学生人数都超过5万人，教职工人数和论文发表数量也非常可观。
这些巨无霸高校之所以规模庞大，大都源于本世纪初的几次大规模高校合并。1992年起，由于观念上的转变，以及苏联解体等影响，中国逐渐开始了高等教育管理体制改革和布局结构调整，即由原先的苏联模式向欧美模式（主要是美国模式）转变。
加之当时相当一部分高校存在着规模偏小、机构臃肿、部门重叠、教企不分、行政人员多于专职教师、尊师重教落不到实处等等弊端。为了实现教育减负、迅速发展，与国际教育体制接轨同步，中国高等教育届掀起了一场声势浩大的合并飓风。
上世纪90年代的院校合并飓风
1998年9月15日，设在杭州的浙江大学得风气之先，与杭州大学、浙江农业大学、浙江医科大学合并，组建成学科设置、办学规模在全国名列前茅的新浙大，在此之后，类似的高校合并消息接踵而至。
“新武汉大学”、“新吉林大学”、“新山东大学”、“新四川大学”等一批新综合性大学相继出现，“大而全”一时之间几乎成为中国高等教育的主题。
39所985高校里面，只有中国人民大学、北京师范大学、北京理工大学、中央民族大学、北京航空航天大学等13所高校没有合并过，其余26所高校都有过合并历史，西北农林科技大学甚至合并了7所高校和科研所。
即便是在许多人眼里非常“小而精”的中国科学技术大学也有合并史。2000年左右，中科大合并了中国唯一的烟草类大学——合肥经济技术学院（原名合肥烟草学院），当时该院校国家烟草局唯一直属院校，毕业生面向烟草系统就业。不过现在中科大的招生里已经没有任何烟草学院的痕迹了。
20世纪末21世纪初的985高校合并历史如下：
这场飓风有喜有忧
这次高校合并改善了教育资源的配置，实现了优势的互补，促进了学科间的渗透、融合；但同时，有的合并院校并未因此受益，并而不合或者沦为“虚胖”，各有弊病。
获益高校
四川大学
四川大学合并华西医科大学后，实现了在医学上尤其是口腔方面的领先。在双一流建设中，川大的数学、化学、材料科学与工程、基础医学、口腔医学、护理学入选一流建设学科；其中医学类学科占了50%。
浙江大学
浙江大学合并了语言类专业非常优秀的杭州大学，医科大学中排名前十的浙江医科大学，农业类院校中排名前三的浙江农业大学，这三所大学都是各专业领域中的佼佼者，和浙江大学也算是同根同源的学校。
新浙江大学合并两年后，教育部曾以“新浙大成立两年，各项事业取得新进展”为题发文件加以肯定。
武汉大学
武汉大学在合并的浪潮中合并了在各自行业里处于领头羊地位的院校， 如武汉水利电力大学是当时中国水利电力行业专业最齐全、规模最大、综合能力最强的大学。
合并后的武大在各大榜单稳居前十，在第四轮学科评估中，测绘科学与技术学科获评A+，可谓是非常成功的合并了。
华中科技大学
华科属于高校合并之后，发展最为成功的高校之一。现在的华科是教育部直属的全国重点大学，中央直管的副部级建制大学，也是国家“211工程”、“985工程”建设高校和首批“双一流”建设高校。
中南大学
合并前的中南大学主体中南工业大学在合并前也就是普通的一个重点大学，在全国大学排名中也就是六十名左右，在先后合并掉了有着南湘雅,北协和的湖南医科大学（湘雅医学院）和长沙铁道学院 后实力爆棚，综合实力在全国高校中二十多名，而且强势专业也不再只是冷门的冶金方面。
实力下降高校
吉林大学
吉林大学合并的各大高校本身都不比吉大差，白求恩医科大学、吉林工业大学、长春邮电大学、军需大学、长春科技大学都是非常有实力的重点大学。
然而，这几所高校在校史上和吉林大学完全没有关联，各个大学之间的融合度至今仍不高。现在的吉林大学有6个校区7个校园，行政设置繁琐，教学科研管理、基础设施建设的资金投入太大，为吉林大学的发展带来了阻力。
山东大学
由于山东大学在工科和医学方面的实力较弱，2000年6月，山大经过申请，合并了省内两所211工程大学：山东工业大学和山东医科大学。
合并后，山东大学综合实力排名曾有一定程度的上升，但是随着时间的流逝，却因为校区过多，人员臃肿，效率过低等问题，出现“消化不良”的现象，使得山东大学的科研实力有所下降，而山东省也失去了两所211工程大学。
美国教育学家卡扎米亚斯说过这样一段话：“所有社会，在民族危机和重大事变时期之后，都有过重大教育改组的尝试。”而我国90年代的高校合并也与当时所处的时代背景相关，那次合并改变了许多高校的命运，也改变了中国高等教育格局。
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